R：如何使用 testthat 测试依赖于外部程序的函数？

Question

我有一个调用 bowtie2-build 的函数 bowtieIndex(bowtieBuildLocation, filename)。它的参数是我系统上的 bowtie2-build 位置和输出文件名。

如何在不对 bowtie2-build 位置进行硬编码的情况下为此函数编写测试？

Answer 1

如果您在函数内部所做的只是调用外部程序，那么您无法直接测试它是否有效。如果没有代码本身，这很难具体回答，但是，例如，如果 bowtieIndex 调用 system 到运行一个外部程序，你可以模拟 system 会做什么做，假装它成功了，或者失败了。查看 testthat::with_mock.

的文档

下面是三个例子。第一个参数是将要执行的新代码，而不是真正的 system 函数。如果您想做非常具体的事情，system 函数使用 调用的参数在函数定义中可以正常使用 。我发现重复测试比编写复杂的替换函数更容易。第二个参数（代码块 { }）中的所有内容都在上下文中执行，该上下文仅查看替换系统函数，包括所有嵌套函数调用。在此代码块之后，with_mock 函数退出，真正的 base::system 自动返回范围。可以模拟的函数有一些限制，但是可以覆盖数量惊人的基本函数。

# Pretend that the system call exited with a specific error
with_mock(
    `base::system`= function(...) {
        stop("It didn't work");
    }, {
    expect_error( bowtieIndex( bowtieBuildLocation, filename ),
                  "It didn't work"
    )
})

# Pretend that the system call exited with a specific return value
with_mock(
    `base::system`= function(...) {
        return(127);
    }, {
    expect_error( bowtieIndex( bowtieBuildLocation, filename ),
                  "Error from your function on bad return value." )
    expect_false( file.exists( "someNotGeneratedFile" ))
})

# Pretend that the system call worked in a specific way
with_mock(
    `base::system`= function(...) {
        file.create("someGeneratedFile")
        return(0);
    }, {
    # No error
    expect_error( got <- bowtieIndex(bowtieBuildLocation, filename), NA )

    # File was created
    expect_true( file.exists( "someGeneratedFile" ))
})

# got variable holding results is actually available here, outside
# with_mock, so don't need to test everything within the function.
test_equal( got, c( "I", "was", "returned" ))

R：如何使用 testthat 测试依赖于外部程序的函数？

R: How to test a function that relies on an external program using testthat?

r

testthat