降低假发分辨率

Question

我有一些来自 ChIP-seq 绑定配置文件的非常大的 WIG 文件，但我想将假发文件上传到某个在线基因组浏览器。因此我需要通过降低分辨率来减小假发文件的大小。

假设我不需要 100 bp window，我可以接受 1000 bp window 来可视化结合配置文件。不确定是否有一些有效的算法可以做到这一点？

我可以使用 java 或 R 来实现。

Answer 1

目前最方便的方法是在Bam生成假发的同时使用SPP降低分辨率。

以下脚本可能会有用。

bamtowig("treat.bam","control.bam","name","OutDir",150, 50)
tag.dens<-get.smoothed.tag.density(chip.data, control.tags=input.data, bandwidth=bandwidth, step=step) 
writewig(tag.dens, fname=paste(nam, ".TagDens.bd",bandwidth,".st",step,".wig", sep=""),paste("Tag Density", bandwidth, step))

另一种方法是直接解析假发，因为假发是文本文件，你可以编写一个脚本逐行读取假发并合并到大windows应该是一个选项。对于大windows，可以使用平均值。

降低假发分辨率

Reduce Resolution of Wig

java

r

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