未检测到或不支持 Rqc 文件格式 r 闪亮

Question

我想上传一个 fastq 文件并使用 Rqc 包渲染一些图，尤其是 rqcQA 函数。

这是代码：

library(shiny)
library(Rqc)
  ui <- fluidPage(
    titlePanel("Uploading Files"),
    sidebarLayout(
      sidebarPanel(
        fileInput('file1', 'Choose file to upload',
                  accept = c('.fastq')
        )
      ),
      mainPanel(
        plotOutput("plot1")
      )
    ))

  server <- function(input, output) {
      output$plot1 <- renderPlot({
        inFile <- input$file1
        if (is.null(inFile))
          return(NULL)
        # folder <- "D:/sample.fastq"
      rqcResultSet <- rqcQA(inFile$datapath, workers=1)
        rqcReadQualityBoxPlot(rqcResultSet)
      })
  }

  shinyApp(ui, server)

读取输入时出现错误：

'rqcQA' : Error in FUN(X[[i]], ...) : File format not detected or supported: 0

当我用 folder 变量替换 inFile$datapath 时，我没有收到任何错误：

folder <- "D:/sample.fastq"
rqcResultSet <- rqcQA(folder, workers=1)

我做了一些研究，我在 Github 中找到了源代码，detectFileFormat.R 是包含指定类型格式的函数的文件。

我们将不胜感激。

Answer 1

问题是当您将文件上传到 shiny 并且未通过 rqcQA 文件测试时，该文件被重命名为 0。尝试运行:

file.rename(inFile$datapath,inFile$name)
rqcResultSet <- rqcQA(inFile$name,workers=1)

这只是将文件重命名为当前wd中的原始名称。

您也可以

rqcResultSet <- rqcQA(FastqFile(inFile$datapath))

跳过文件检查。

未检测到或不支持 Rqc 文件格式 r 闪亮

Rqc file format not detected or supported r shiny

file-upload

r

shiny

fastq