获取 hextop 自组织映射神经元连接

Question

如何获得包含 SOM 中神经元连接的 n×2 向量？例如，如果我有一个简单的 2x2 hextop SOM，连接向量应该如下所示：

[ 1 2 1 3 1 4 ]

这个向量表示神经元1连接到神经元2，神经元1连接到神经元3，等等

如何从任何给定的 SOM 中检索此连接向量？

Answer 1

假设 SOM 定义为邻域距离 1（即，对于每个神经元，所有神经元的边在欧几里德距离 1 内），Matlabs hextop(...) 命令的默认选项，您可以创建连接矢量如下：

pos = hextop(2,2);

% Find neurons within a Euclidean distance of 1, for each neuron.

% option A: count edges only once
distMat = triu(dist(pos));
[I, J] = find(distMat > 0 & distMat <= 1);
connectionsVectorA = [I J]

% option B: count edges in both directions
distMat = dist(pos);
[I, J] = find(distMat > 0 & distMat <= 1);
connectionsVectorB = sortrows([I J])

% verify graphically
plotsom(pos)

上面的输出如下：

connectionsVectorA =

     1     2
     1     3
     2     3
     2     4
     3     4


connectionsVectorB =

     1     2
     1     3
     2     1
     2     3
     2     4
     3     1
     3     2
     3     4
     4     2
     4     3

如果您的 SOM 具有非默认邻域距离 (!= 1)，例如 nDist，只需将上面的 find(..) 命令替换为

... find(distMat > 0 & distMat <= nDist);

获取 hextop 自组织映射神经元连接

Get hextop self-organizing map neuron connections

matlab

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