在 R jupyter notebook 中使用 ipython 魔法？

Question

我用 conda install jupyter 安装了 jupyter，并且运行正在用 conda create -n my-r-env -c r r-essentials

安装的 r 内核安装笔记本

我正在运行笔记本电脑，想从 shell.

运行 bash 命令

!echo "hi"
Error in parse(text = x, srcfile = src): <text>:1:7: unexpected string constant
1: !echo "hi"

为了比较，在具有 python 内核的笔记本中：

!echo "hi"
hi

有没有办法将 R 笔记本设置为与 ipython 笔记本在 bash 命令（以及其他魔法）方面具有相同的功能？

Answer 1

只需 bash 命令，就可以使系统命令起作用。例如，在 IRkernel 中：

system("echo 'hi'", intern=TRUE)

输出：

'hi'

或查看文件的前 5 行：

system("head -5 data/train.csv", intern=TRUE)

由于 IPython 魔法在 IPython 内核中可用（但在 IRkernel 中不可用），我快速检查了是否可以使用 rPython 和PythonInR 个图书馆。但是，问题是 get_ipython() 对 Python 代码不可见，因此以下 none 有效：

library("rPython")
rPython::python.exec("from IPython import get_ipython; get_ipython().run_cell_magic('writefile', 'test.txt', 'This is a test')")

library("PythonInR")
PythonInR::pyExec("from IPython import get_ipython; get_ipython().run_cell_magic('head -5 data/test.csv')")

Answer 2

通过将调用包装在 cat 中并将 '\n' 指定为分隔符，可以对 system 的输出进行外观改进，这将在单独的行上显示输出而不是由 whitespaces 分隔，这是字符向量的默认设置。这对于像 tree 这样的命令非常有用，因为除非用换行符分隔，否则输出的格式毫无意义。

比较名为 test 的示例目录的以下内容：

Bash

$ tree test
test
├── A1.tif
├── A2.tif
├── A3.tif
├── README
└── src
    ├── sample.R
    └── sample2.R

1 directory, 6 files

Jupyter Notebook 中的 R

仅

system，难以理解输出：

> system('tree test', intern=TRUE)

'test' '├── A1.tif' '├── A2.tif' '├── A3.tif' '├── README' '└── src' '    ├── sample.R' '    └── sample2.R' '' '1 directory, 6 files

cat + system，输出看起来像 bash:

> cat(system('tree test', intern=TRUE), sep='\n')

test
├── A1.tif
├── A2.tif
├── A3.tif
├── README
└── src
    ├── sample.R
    └── sample2.R

1 directory, 6 files

请注意，对于像 ls 这样的命令，上面会引入一个换行符，其中输出通常由 bash 中的 space 分隔。

您可以创建一个函数来节省您的输入时间：

> # "jupyter shell" function
> js <- function(shell_command){
>     cat(system(shell_command, intern=TRUE), sep='\n')
> }
>
> # brief syntax for shell commands
> js('tree test')

在 R jupyter notebook 中使用 ipython 魔法？

Using ipython magics in R jupyter notebook?

r

jupyter-notebook

jupyter-irkernel