dplyr 屏蔽 GGally 并破坏 ggparcoord

Question

给了一个新的会话，执行函数文档中提供的 ggparcoord(.) 小示例

library(GGally)

data(diamonds, package="ggplot2")
diamonds.samp <- diamonds[sample(1:dim(diamonds)[1], 100), ]
ggparcoord(data = diamonds.samp, columns = c(1, 5:10))

结果如下图：

再次开始一个新的会话并使用加载的 dplyr 执行相同的脚本

library(GGally)
library(dplyr)

data(diamonds, package="ggplot2")
diamonds.samp <- diamonds[sample(1:dim(diamonds)[1], 100), ]
ggparcoord(data = diamonds.samp, columns = c(1, 5:10))

结果：

Error: (list) object cannot be coerced to type 'double'

请注意 library(.) 语句的顺序不重要。

问题

代码示例有问题吗？
有没有办法解决这个问题（通过一些命名空间函数）？
或者这是一个错误？

我需要 dplyr 和 ggparcoord(.) 进行更大的分析，但这个最小的例子反映了我面临的问题。

版本

R @ 3.2.3
dplyr @ 0.4.3
GGally @ 1.0.1
ggplot @ 2.0.0

更新

总结 Joran 给出的出色答案：

答案

代码示例实际上是错误的，因为 ggparcoord(.) 期望 data.frame 而不是 tbl_df 由钻石数据集给出（如果加载了 dplyr）。
通过将 tbl_df 强制转换为 data.frame.
不，这不是错误。

工作代码示例：

library(GGally)
library(dplyr)

data(diamonds, package="ggplot2")
diamonds.samp <- diamonds[sample(1:dim(diamonds)[1], 100), ]
ggparcoord(data = as.data.frame(diamonds.samp), columns = c(1, 5:10))

Answer 1

正在将我的评论转化为答案...

这里的 GGally 包做出了合理的假设，即在数据框上使用 [ 应该像往常一样运行。然而，这一切都在 Hadley-verse 中，diamonds 数据集是 tbl_df 和 data.frame。

当加载 dplyr 时，[ 的行为被覆盖，因此 drop = FALSE 始终是 tbl_df 的默认值。所以在 GGally 中有一个地方 data[,"cut"] 应该是 return 一个向量，但它 return 是另一个数据框。

...具体来说，您的示例在尝试执行时抛出错误：

data[, fact.var] <- as.numeric(data[, fact.var]).

由于 data[,fact.var] 仍然是一个数据框，因此是一个列表，as.numeric 将不起作用。

至于你的结论，这不是一个错误，我会说......也许。大概。至少 GGally 包作者可能不需要做任何事情来解决它。您只需要注意，将 tbl_df 与非 Hadley 编写的程序包一起使用可能会造成破坏。

如您所述，删除额外的 class 属性可以解决问题，因为 returns R 可以使用正常的 [ 方法。

Answer 2

解决方法： 将 ggparcoord 的数据强制转换为 as.data.table(...) 或 as.data.table(... , keep.rownames=TRUE)，除非您想丢失所有行名。

原因： 根据@joran 的调查，当加载 dplyr 时，tbl_df 会覆盖 [，因此 drop = FALSE。

解决方案： 在 GGally 上提交拉取请求。编辑：已在 v1.3.0 中修复 (https://github.com/ggobi/ggally/commit/bfa930d102289d723de2ce9ec528baf42b3b7b40)

dplyr 屏蔽 GGally 并破坏 ggparcoord

dplyr masks GGally and breaks ggparcoord

r

ggplot2

dplyr

parallel-coordinates

ggally