在 ImageJ (FIJI) 宏中设置阈值和批处理

Question

我知道这已在其他地方发布，这并不意味着是一个难题，但我对在 FIJI 中编写宏还很陌生，甚至很难理解各种在线资源中描述的解决方案。

我有一系列图像都在同一个文件夹中，我想对它们应用相同的操作并将生成的 excel 文件和图像保存在输出文件夹中。具体来说，我想打开图像，平滑图像，进行最大强度 Z 投影，然后将图像阈值化为相同的相对值。

这个阈值是导致问题的一个步骤。通过相对值，我的意思是我想设置阈值，以便包含相同百分比的强度直方图。目前，在 FIJI 中，如果你转到图像>调整>阈值，你可以移动滑块，使图像的一定百分比被阈值化，它会在开放 window 中为你显示该值。在我的例子中，98% 是我想要达到的目标，例如，对除前 2% 的数据之外的所有数据进行阈值处理。

将阈值应用于 MIP 后，我将其转换为二进制并进行粒子分析并保存结果（摘要 table、结果、图像叠加。

我的方法是尝试自动执行所有步骤/进行批处理，但我一直很难根据网上找到的说明调整我编写的内容。相反，我只是一张一张地打开目录中的每个图像并应用我编写的宏，然后手动保存结果。显然这是一种乏味的方法，因此我们将不胜感激！

我在简单宏中使用的内容：

 run("Smooth", "stack");
 run("Z Project...", "projection=[Max Intensity]");

 setAutoThreshold("Default");
 //run("Threshold...");
 run("Convert to Mask");

 run("Make Binary");
 run("Analyze Particles...", "  show=[Overlay Masks] display exclude clear include summarize in_situ");

Answer 1

您可以为此使用 Process ▶ Batch ▶ Macro... 命令。

有关详细信息，请参阅 ImageJ wiki 的 Batch Processing 页面。

在 ImageJ (FIJI) 宏中设置阈值和批处理

setting threshold and batch processing in ImageJ (FIJI) macro

imagej

imagej-macro