检查两个间隔是否在 R 中重叠

Question

给定四列值（FromUp、ToUp、FromDown、ToDown），其中两列始终定义一个范围（FromUp、ToUp 和 FromDown、ToDown）。如何测试这两个范围是否重叠。重要的是要声明范围值未排序，因此 "From" 值可以高于 "To" 值，反之亦然。

一些示例数据：

FromUp<-c(5,32,1,5,15,1,6,1,5)
ToUp<-c(5,31,3,5,25,3,6,19,1)

FromDown<-c(1,2,8,1,22,2,1,2,6)
ToDown<-c(4,5,10,6,24,4,1,16,2)

ranges<-data.frame(FromUp,ToUp,FromDown,ToDown)

所以结果看起来像：

FromUp ToUp FromDown ToDown   Overlap
      5    5        1      4    FALSE
     32   31        2      5    FALSE
      1    3        8     10    FALSE
      5    5        1      6    TRUE
     15   25       22     24    TRUE
      1    3        2      4    TRUE
      6    6        1      1    FALSE
      1   19        2     16    TRUE
      5    1        6      2    TRUE

我尝试了一个视图，但没有让它工作，特别是间隔不是 "sorted" 的事情使得我的 R 技能很难找到解决方案。我想找到成对的列（例如 FromUp、ToUp）的最小值和最大值，然后比较它们？

如有任何帮助，我们将不胜感激。

Answer 1

排序

rng = cbind(pmin(ranges[,1], ranges[,2]), pmax(ranges[,1], ranges[,2]),
            pmin(ranges[,3], ranges[,4]), pmax(ranges[,3], ranges[,4]))

并写入条件

olap = (rng[,1] <= rng[,4]) & (rng[,2] >= rng[,3])

在一个步骤中，这可能是

(pmin(ranges[,1], ranges[,2]) <= pmax(ranges[,3], ranges[,4])) &
    (pmax(ranges[,1], ranges[,2]) >= pmin(ranges[,3], ranges[,4]))

如果您正在寻找 any[=30= 之间的重叠，
其他人（或 IRanges::findOveralaps()）提到的 foverlap() 函数将是合适的] 范围，但您正在寻找 'parallel'（行内？）重叠。

这里的解决逻辑和@Julius的答案是一样的，但是是'vectorized'（例如，1次调用pmin()，而不是nrow(ranges)次调用sort()) 并且对于可能范围更长的向量应该更快（尽管使用更多内存）。

Answer 2

总的来说：

apply(ranges,1,function(x){y<-c(sort(x[1:2]),sort(x[3:4]));max(y[c(1,3)])<=min(y[c(2,4)])})

或者，如果间隔不能仅在一点重叠（例如，因为它们是开放的）：

!apply(ranges,1,function(x){y<-sort(x)[1:2];all(y==sort(x[1:2]))|all(y==sort(x[3:4]))})

检查两个间隔是否在 R 中重叠

Check if two intervals overlap in R

r

range

intervals