如何在不让计算机崩溃的情况下在程序 R 中剪辑大型 shapefile？

Question

我想在程序 R 中剪辑一个大的 shapefile (67MB)，并从大约 5% 的文件中导出一个小得多的栅格。加载后，shapefile 具有 221388 个特征和 5 个字段 - 并激增至 746 MB。

我的困难在于尝试将文件剪辑到可行的大小 - 程序在几分钟后崩溃。我尝试了 crop（来自 raster）和 gIntersection（来自 rgeos）但都没有成功。我有 8GB RAM - 显然存在内存问题。

我猜可能有解决方法。我知道那里有一些大内存包 - 但它们中的任何一个都可以帮助我解决这种情况吗？我当前的代码如下：

# dataset can be found at 
# http://data.fao.org/map?entryId=271096b2-8a12-4050-9ff2-27c0fec16c8f

# location of files
ogrListLayers("C:/Users/Me/Documents/PNG Glob")

# import shapefile
ogrDrivers()[10,]

# shapefiles
Glob<-readOGR("C:/Users/Me/Documents/PNG Glob", layer="png_gc_adg_1")

# assign projection
Glob@proj4string<- CRS("+proj=longlat")

#object size
object.size(Glob) 

# clipping
crop(Glob, extent(c(144,146,-7,-5)))

Answer 1

正如@Pascal 所建议的，GDAL 的 ogr2ogr 对此很有用。您可以使用 system 从 R 中调用它，如下所示（包括 Windows），尽管这假设 (1) 您有一个有效的 GDAL 安装，并且 (2) GDAL 二进制文件的路径存在于您的PATH 环境变量：

下载并解压 PNG 形状文件：

download.file('http://www.fao.org/geonetwork/srv/en/resources.get?id=37162&fname=png_gc_adg.zip&access=private', 
              f <- tempfile(fileext='.zip'))
unzip(f, exdir=tempdir())

使用 system 从 R 调用 ogr2ogr 以剪辑 PNG shapefile 并将生成的 .shp 保存到工作目录：
```
system(sprintf('ogr2ogr -clipsrc 144 -7 146 -5 png_clip.shp %s', 
               file.path(tempdir(), 'png_gc_adg_1.shp')))
```
在我的系统上，这花费了大约 70 秒，内存使用量的增加似乎没有超过 100MB。（我确实收到了很多类似 Warning 1: Value 138717513240 of field AREA of feature 0 not successfully written. Possibly due to too larger number with respect to field width 的警告 - 不确定那是什么。）

加载剪切的 shapefile：

library(rgdal)
p <- readOGR('.', 'png_clip')
plot(p)

如何在不让计算机崩溃的情况下在程序 R 中剪辑大型 shapefile？

How can I clip large shapefiles in program R without the computer crashing?

gis

ram

r

raster

shapefile