创建折线图（平均值），按面排列，具有平均误差条的标准误差：ggplot

Question

嗨 Stack Overflow 社区，

我有一个数据集：

conc branch  length stage factor
1    1000      3   573.5   e14   NRG4
2    1000      7   425.5   e14   NRG4
3608 1000     44  5032.0   P10   NRG4
3609 1000      0     0.0   P10   NRG4

仅供参考

> str(dframe1)
'data.frame':   3940 obs. of  5 variables:
$ conc  : Factor w/ 6 levels "0","1","10","100",..: 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 ...
$ branch: int  3 7 5 0 1 0 0 4 1 1 ...
$ length: num  574 426 204 0 481 ...
$ stage : Factor w/ 8 levels "e14","e16","e18",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
$ factor: Factor w/ 2 levels "","NRG4": 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 ...

我想创建多面线图，绘制平均值 +/- 平均值的标准误差

我已经尝试过从其他人那里（在这里和在网络上）试验和构建一个 ggplot。

我已经成功地使用了以这种方式制作条形图的脚本：

errbar.ggplot.facets <- ggplot(dframe1, aes(x = conc, y = length))

### function to calculate the standard error of the mean
se <- function(x) sd(x)/sqrt(length(x))

### function to be applied to each panel/facet
my.fun <- function(x) {
  data.frame(ymin = mean(x) - se(x), 
         ymax = mean(x) + se(x), 
         y = mean(x))}

g.err.f <- errbar.ggplot.facets + 
  stat_summary(fun.y = mean, geom = "bar", 
           fill = clrs.hcl(48)) + 
  stat_summary(fun.data = my.fun, geom = "linerange") + 
  facet_wrap(~ stage) +
  theme_bw()

print(g.err.f)

来源：http://teachpress.environmentalinformatics-marburg.de/2013/07/creating-publication-quality-graphs-in-r-7/

事实上，我已经用这个脚本创建了多面线图：

 `ggplot(data=dframe1, aes(x=conc, y = length, group = stage)) + 
  geom_line() + facet_wrap(~stage)`

图片：postimg.org/image/ebpdc0sb7

然而，我在另一列中使用了仅均值的转换数据集，SEM，但我不知道如何添加它们。

考虑到上面的条形图 + 错误行脚本的复杂性（对我来说），我还不能 integrate/synthesize 将它们变成我需要的东西。

在这种情况下，颜色是否重要并不重要。

P.S。我为长线道歉（也许在某些细节上矫枉过正）。这是我的第一个在线 R 问题，所以不确定正确的礼仪。提前感谢大家的帮助！

达里安

Answer 1

如果您的数据框有一列表示均值和 se，您可以这样做：

library("dplyr")
library("ggplot2")

# Create a dummydataframe with columns mean and se
df <- mtcars %>%
  group_by(gear, cyl) %>%
  summarise(mean_mpg = mean(mpg), se_mpg = se(mpg))

ggplot(df, aes(x = gear, y = mean_mpg)) +
  geom_bar(stat = "identity") +
  geom_errorbar(aes(ymin = mean_mpg - se_mpg, ymax = mean_mpg + se_mpg)) +
  facet_wrap(~cyl)

创建折线图（平均值），按面排列，具有平均误差条的标准误差：ggplot

Creating a line graph (mean), arranged by facets, with standard error of mean error bars: ggplot

r

linegraph

ggplot2

errorbar