使用 caper 在 r 中读取 newick 格式系统发育

Question

我希望使用独立对比进行比较分析，我相信这可以在猿类中完成。我有 newick 格式的猫科动物系统发育学，当我尝试读取文件时，出现以下错误：

phy<-read.tree("phylogeny.txt") Error in if (sum(obj[[i]]$edge[, 1] == ROOT) == 1 && dim(obj[[i]]$edge)[1] > : missing value where TRUE/FALSE needed

任何人都可以非常友好地向我解释这个错误是什么意思吗？

亲切的问候， K.

编辑，newick 字符串贴在下面：

((((Tiger_108,雪leopard_024),(Jaguar_026,(Lion_127,Leopard_028))),(云leopard_25,(巽他云leopard_036))),((Serval_001,(Caracal_020,非洲金cat_002)),(((潘帕斯cat_3 ,(TigrinaCA_13,(TigrinaSA_6,(若弗鲁瓦的cat_003,Kodkod_003)))),(安第斯山脉cat_1,(Margay_022,Ocelot_006))),(((Bobcat_004,(加拿大lynx_3,(欧亚lynx_001,伊比利亚lynx_2))),(大理石cat_005 ,(海湾cat_2,亚洲金cat_8))),((丛林cat_20,(黑足cat_0006,(沙地cat_8,( (欧洲野cat_007,国内cat_4804),(非洲野cat_0004,中国沙漠cat_5)))),(帕拉斯cat_65,(Rusty-斑点cat_1,(平头cat_6,(钓鱼cat_02A,亚洲豹cat_054))))),(Cheetah_234,(Jaguarundi_5,Puma_28))))));

Answer 1

您的 newick 树有单个节点，read.tree 无法处理。安装 phytools 库并改用 read.newick 函数。

请注意，您可能需要使用 collapse.singles() 折叠单例节点以执行任何分析

library(phytools)
tree = read.newick("phylogeny.txt")
# Read 1 item

使用 caper 在 r 中读取 newick 格式系统发育

Reading a newick format phylogeny in r using caper

r

phylogeny