如何在层次聚类后提取从使用 gplots 创建的热图派生的矩阵？

Question

我正在制作热图，但无法将结果分配给变量以在绘图前检查结果。 Rstudio 会自动绘制它。我想按照热图的顺序获取行名列表。我不确定这是否可能。我正在使用此代码：

hm <-    heatmap.2( assay(vsd)[ topVarGenes, ], scale="row", 
         trace="none", dendrogram="both", 
         col = colorRampPalette( rev(brewer.pal(9, "RdBu")) )(255),
         ColSideColors = c(Controle="gray", Col1.7G2="darkgreen", JG="blue", Mix="orange")[
           colData(vsd)$condition ] )

Answer 1

您可以将地块分配给对象。该图仍将绘制在图 window 中，但是，您还将获得一个列表，其中包含每个图元素的所有数据。然后您只需要从列表中提取所需的绘图元素。例如：

library(gplots)

p = heatmap.2(as.matrix(mtcars), dendrogram="both", scale="row")

p 是一个包含情节所有元素的列表。

p # Outputs all the data in the list; lots of output to the console

str(p) # Struture of p; also lots of output to the console

names(p) # Names of all the list elements

p$rowInd # Ordering of the data rows

p$carpet # The heatmap values

如果您探索列表元素，您将看到与树状图和热图关联的所有其他值。

Answer 2

对于那里的其他人，一种更完整的描述方法来捕获由 gplots 创建的热图的矩阵表示：

matrix_map <- p$carpet
matrix_map <- t(matrix_map)

如何在层次聚类后提取从使用 gplots 创建的热图派生的矩阵？

How can I extract the matrix derived from a heatmap created with gplots after hierarchical clustering?

r

heatmap

gplots