素食主义者 (R) 中 CCA 图的环境载体

Question

我正在使用 CCA 函数在 vegan 包中执行约束排序。我有一个不同地点的物种组成矩阵和一个相关的环境矩阵。

invertcca<-cca(invert.rel~X100m, env)
plot(invertcca)

默认图为我提供了地点和物种分数，以及显示环境变量的向量。它很乱，但它看起来像这样：

然后我在玩自定义情节。除了重新添加环境矢量之外，我几乎所有的东西都在工作。我确实找到了 'envfit' 的代码，但我认为它不正确。它创建了箭头，但位置与上图不同。我在下面包含了我的代码和图片。有什么建议吗？

colvec<-c("magenta", "seagreen", "deepskyblue")
fit <- envfit(invertcca~X100m, env)

plot(invertcca, main="Invert CCA", type="n")
with(env, points(invertcca,display="sites",col=colvec[Disturbance], cex=1.2, pch=21, bg=colvec[Disturbance]))
text(invertcca, display="species", cex=0.5, col="gray0")
with(env, legend("topright", legend=levels(Disturbance), col=colvec, pch=21, pt.bg=colvec))
plot(fit, cex=1.0, axis=TRUE)

Answer 1

据我所知，这可能与您对 envfit 的呼吁有关。尝试：

fit <- envfit(invertcca~100m,env,perm=999,display="lc")

我使用 vegan 包中的 varespec 数据集进行了尝试，但遇到了同样的问题，直到我按照 vegan 手册中示例中的说明进行操作。

data(varespec)
data(varechem)
ord <- cca(varespec~Al,varechem)
fit <- envfit(ord~Al,varechem,perm=999,display="lc")
plot(ord)

plot(ord,type="n")
plot(fit)
points(ord)

希望这对您有所帮助

素食主义者 (R) 中 CCA 图的环境载体

Environmental Vectors to CCA plot in vegan (R)

plot

r

vegan