无法访问 R 中的用户库 - "Non-Zero Exit Status" 警告

Question

当我尝试在我的工作笔记本电脑上安装软件包时，出现错误。有人告诉我，我对笔记本电脑拥有全部权限，所以应该没有任何障碍。

我认为这可能与安装包所在库的文件路径有关？我正在使用最新版本的 R 和 R Studio，64 位，并使用加拿大的 U of T CRAN 镜像站点。

这是我尝试使用

安装 plyr 时出现的情况

install.packages("plyr")

also installing the dependency ‘Rcpp’ Packages which are only available in source form, and may need compilation of C/C++/Fortran: ‘Rcpp’ ‘plyr’

当我尝试安装 ggplot2 时，这是一条很长的错误消息：

ERROR: dependency 'stringi' is not available for package 'stringr' * removing 'C:/RPackages/R-3.2.3/library/stringr' Warning in install.packages : running command '"C:/RPACKA~1/R-32~1.3/bin/x64/R" CMD INSTALL -l "C:\RPackages\R-3.2.3\library" C:\Users\MICHAE~1.COL\AppData\Local\Temp\RtmpGs24zA/downloaded_packages/stringr_1.0.0.tar.gz' had status 1 Warning in install.packages : installation of package ‘stringr’ had non-zero exit status ERROR: dependency 'colorspace' is not available for package 'munsell' * removing 'C:/RPackages/R-3.2.3/library/munsell' Warning in install.packages : running command '"C:/RPACKA~1/R-32~1.3/bin/x64/R" CMD INSTALL -l "C:\RPackages\R-3.2.3\library" C:\Users\MICHAE~1.COL\AppData\Local\Temp\RtmpGs24zA/downloaded_packages/munsell_0.4.3.tar.gz' had status 1 Warning in install.packages : installation of package ‘munsell’ had non-zero exit status ERROR: dependencies 'digest', 'plyr', 'reshape2', 'scales' are not available for package 'ggplot2' * removing 'C:/RPackages/R-3.2.3/library/ggplot2' Warning in install.packages : running command '"C:/RPACKA~1/R-32~1.3/bin/x64/R" CMD INSTALL -l "C:\RPackages\R-3.2.3\library" C:\Users\MICHAE~1.COL\AppData\Local\Temp\RtmpGs24zA/downloaded_packages/ggplot2_2.0.0.tar.gz' had status 1 Warning in install.packages : installation of package ‘ggplot2’ had non-zero exit status The downloaded source packages are in ‘C:\Users\michael.colangelo\AppData\Local\Temp\RtmpGs24zA\downloaded_packages’

"non-zero exit status"是什么意思？它是否在尝试为安装寻找库？> 代码中提到的 appData 文件似乎不存在或我无法访问它。如何将其更改为另一个本地文件夹？

Answer 1

非零退出状态意味着在这种情况下系统无法安装包。安装过程中似乎有许多未解决的依赖关系。您可以尝试使用 dependencies=TRUE 选项安装软件包来解决此问题；像这样：

install.packages("ggplot2", dependencies=TRUE)

Answer 2

我一直在为同样的问题苦苦挣扎，很长一段时间，麦克风的解决方案也没有帮助我。我尝试了一切直到重新安装 R。仍然没有用。但是，就我而言，解决方案非常简单。在终端中不要运行 R 作为 R 但使用：

sudo -i R

或更改 r 包文件夹的所有权，因为如果它由 root 拥有，则不允许您在其中读取或写入。

Answer 3

我遇到了同样的问题，通过安装g++编译器解决了

$ sudo apt 安装 g++

Answer 4

我的几个学生在使用 R3.3.3 (Mac) 和 R3.5.0（全部）时遇到过这样的问题。我们发现安装 devtools 和从 github 加载包有助于解决奇怪的 "non zero exit status" 问题，例如在 https://github.com/topepo/C5.0:

获取 C50 包

require("devtools")
install_github("topepo/C5.0")

在该方法最终起作用之前，我们尝试了此页面上列出的所有解决方案。

Answer 5

RCpp必须由Rtools编译。您应该检查 Rtools.

的路径

顺便说一句，在我的电脑上（WIN10，R-3.5.1），Rtools必须安装在C:\Rtools。如果我更改安装位置，R 将找不到它。

Answer 6

通过授予我对 Resources/library 文件夹的所有权权限，我的问题得到了解决。

我解决它的方法是进入恢复模式（启动时按 Command + R），然后进入实用程序 > 终端。

我暂时禁用了配置系统完整性保护（警告：之后记得启用它）：

csrutil disable

返回 macOS，右键单击库文件夹 > 获取信息 > 共享和权限 > 单击锁并输入您的管理员密码 > 并将自己添加到 read/write.

重启mac，再次进入恢复模式，进入终端，启用完整性保护

csrutil enable

希望对您有所帮助，请记住重新启用 csrutil，您的系统在该状态下非常脆弱，因此如果您怀疑自己有某种恶意软件，请不要使用此解决方案。

Answer 7

安装所有 tidyverse 软件包是唯一对我有用的东西。

install.packages("tidyverse")

Answer 8

你好，我遇到了同样的问题，我在 Rstudio 中卸载了 R、Rtools，然后我下载了运行作为管理员 1)R 2)Rtools and 3)Rstuido，顺序很重要，然后一切正常。

无法访问 R 中的用户库 - "Non-Zero Exit Status" 警告

Can't access User Library in R - "Non-Zero Exit Status" warning

installation

r

install.packages