从 linux shell 脚本调用 Rscript

Question

任何人都可以建议我如何让它工作....

我有一个 R 脚本，需要几分钟运行并写入几百行输出。我想围绕这个 R 脚本编写一个 shell 脚本包装器，它将在后台启动 R 脚本，将其输出通过管道传输到一个文件并开始跟踪该文件的底部。如果用户随后输入 CTRL-C，我希望它终止 shell 脚本和 tail 命令，而不是 R 脚本。听起来很简单吧？

我在下面制作了一个简化示例，但我不明白为什么这不起作用。每当我杀死 shell 脚本时，尽管显然运行ning 在后台，R 脚本也会被杀死。我试过 nohup、disown 等都没有成功。

example.R

for(i in 1:1000){
   Sys.sleep(1)
   print(i)
}

wrapper.sh

#!/bin/bash

Rscript example.R > logfile &

tail -f logfile

提前致谢！

Answer 1

以下似乎适用于我的 Ubuntu 机器：

#!/bin/bash

setsid Rscript example.R > logfile.txt &

tail -f logfile.txt

以下是发送SIGINT到wrapper.sh之前的一些相关流程：

 5361 pts/10   00:00:00 bash
 6994 ?        00:00:02 update-notifier
 8519 pts/4    00:00:00 wrapper.sh
 8520 ?        00:00:00 R
 8521 pts/4    00:00:00 tail

和Ctrl+C之后，可以看到R还是运行，但是wrapper.sh和tail已经被kill掉了：

 5361 pts/10   00:00:00 bash
 6994 ?        00:00:02 update-notifier
 8520 ?        00:00:00 R

尽管将 Rscript [...] 命令附加到 & 会将其发送到后台，但它仍然是同一进程 group 的一部分，因此会收到SIGINT 还有。

我不确定这是否是你的意图，但由于你正在呼叫 tail -f，如果没有被 Ctrl+c 打断，你的 shell 即运行 wrapper.sh 即使在 R 进程完成后也会继续挂起。如果你想避免这种情况，下面的方法应该有效，

#!/bin/bash

setsid Rscript example.R > logfile.txt &

tail --pid="$!" -f logfile.txt

其中 "$!" 是最后执行的后台进程（Rscript [...] 调用）的进程 ID。

从 linux shell 脚本调用 Rscript

Calling Rscript from linux shell script

r

linux

bash

shell

rscript