如何使用 OpenMP 编译使 R 包 xgboost 在 OS X 中并行？

Question

我在 R 中使用 xgb.cv 和 xgboost。但是，它不能并行工作

我的示例代码如下

library(xgboost)
library(parallel)
param <- list("objective" = "reg:logistic"
          , "eval_metric" = "logloss"
          ,"nthread" = 8
          ,"bst:eta" = .025
          ,"bst:max_depth" = 3
          ,"lambda" = 1
          ,"lambda_bias" = 0
          ,"alpha" = .8
          ,"min_child_weight" = 3
          ,"subsample" = .9
          ,"colsample_bytree" = .6)
bst.cv3 = xgb.cv(param=param, data = x, label = y,
             nfold = 3, nrounds=cv.nround, missing = NA
             ,prediction = TRUE)

但是，上面的代码不起作用。我必须做些什么才能使它们平行？

我在 xgboost 网站上找到了这个东西 github

但是，我无法运行

brew install clang-omp

或

brew install gcc --without-multilib

sudo 也不起作用谢谢

Answer 1

好的，我明白了。

创建一个新文件vi ~/.R/Makevars 并将其放入

CC=clang-omp
CXX=clang-omp++
CXX1X=clang-omp++
SHLIB_OPENMP_CFLAGS=-fopenmp
SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS=-fopenmp
SHLIB_OPENMP_FCFLAGS=-fopenmp
SHLIB_OPENMP_FFLAGS=-fopenmp

然后安装 install.packages("xgboost", repos="http://dmlc.ml/drat/", type = "source")

如果这不起作用，请使用 brew 安装 clang 和 gcc

brew reinstall clang-omp

然后运行上面的代码。

Answer 2

不幸的是，之前选择的答案现在已经过时了。 clang-omp 包在自制软件中不再可用。所以这对我有用。

首先，在 shell:

brew reinstall gcc --without-multilib

然后，创建包含以下内容的文件 ~/.R/Makevars，确保更新路径以正确反映安装的 gcc 版本自制程序：

CC=/usr/local/Cellar/gcc/6.1.0/bin/gcc-6
CXX=/usr/local/Cellar/gcc/6.1.0/bin/g++-6
SHLIB_CXXLD=/usr/local/Cellar/gcc/6.1.0/bin/g++-6
FC=/usr/local/Cellar/gcc/6.1.0/bin/gfortran-6
F77=/usr/local/Cellar/gcc/6.1.0/bin/gfortran-6
MAKE=make -j8

SHLIB_OPENMP_CFLAGS=-fopenmp
SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS=-fopenmp
SHLIB_OPENMP_FCFLAGS=-fopenmp
SHLIB_OPENMP_FFLAGS=-fopenmp

最后，重新启动 R 或 RStudio 并从源代码重新安装包。

顺便说一句，在 https://asieira.github.io/using-openmp-with-r-packages-in-os-x.html 上写了一篇关于此的小博客 post。

Answer 3

这似乎已在最近的 xgboost 提交中修复 [1]

[1] https://github.com/dmlc/xgboost/commit/d754ce7dc19e0d7c7465999d464e13f9bf21b40d

如何使用 OpenMP 编译使 R 包 xgboost 在 OS X 中并行？

How to make R package xgboost parallel in OS X with OpenMP compilation?

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macos

xgboost