运行 带扭矩 PBS 和 qsub 的 RapSearch 程序
Run RapSearch-Program with Torque PBS and qsub
我的问题是我有一个带有 Torque PBS 的集群服务器，我想用它来 运行 与程序 rapsearch 进行序列比较。
正常的 RapSearch 命令是：
./rapsearch -q protein.fasta -d database -o output -e 0.001 -v 10 -x t -z 32
现在我想 运行 它在集群服务器上有 2 个节点。
我试过：echo "./rapsearch -q protein.fasta -d database -o output -e 0.001 -v 10 -x t -z 32" | qsub -l nodes=2 但什么也没发生。
你有什么建议吗？我哪里错了？请帮忙
标准输出（和错误输出）文件默认放置在您的主目录中；看一看。您正在查找名为 STDIN.e[numbers] 的文件，它将包含错误消息。
但是，我看到您正在使用 ./rapsearch，但并没有明确说明您所在的目录。因此，您的问题可能是将目录更改为您提交的目录.当您的终端位于 rapsearch 可执行文件的目录中时，尝试 echo "cd $PBS_O_WORKDIR && ./rapsearch [arguments]" | qsub [arguments] 将您的作业提交到集群。
其他提示：
如果您经常使用 rapsearch，可以将它添加到您的路径中。然后你可以在任何地方像普通命令一样使用它。只需将 export PATH=/full/path/to/rapsearch/bin:$PATH 行添加到 .bashrc 文件即可。
创建用于 qsub 的提交脚本。 Here 就是一个很好的例子。
我的问题是我有一个带有 Torque PBS 的集群服务器，我想用它来 运行 与程序 rapsearch 进行序列比较。 正常的 RapSearch 命令是：
./rapsearch -q protein.fasta -d database -o output -e 0.001 -v 10 -x t -z 32
现在我想 运行 它在集群服务器上有 2 个节点。
我试过：echo "./rapsearch -q protein.fasta -d database -o output -e 0.001 -v 10 -x t -z 32" | qsub -l nodes=2 但什么也没发生。
你有什么建议吗？我哪里错了？请帮忙
标准输出（和错误输出）文件默认放置在您的主目录中；看一看。您正在查找名为 STDIN.e[numbers] 的文件，它将包含错误消息。
但是，我看到您正在使用 ./rapsearch，但并没有明确说明您所在的目录。因此，您的问题可能是将目录更改为您提交的目录.当您的终端位于 rapsearch 可执行文件的目录中时，尝试 echo "cd $PBS_O_WORKDIR && ./rapsearch [arguments]" | qsub [arguments] 将您的作业提交到集群。
其他提示：
如果您经常使用 rapsearch，可以将它添加到您的路径中。然后你可以在任何地方像普通命令一样使用它。只需将
export PATH=/full/path/to/rapsearch/bin:$PATH行添加到.bashrc文件即可。创建用于 qsub 的提交脚本。 Here 就是一个很好的例子。