运行 Rscript 通过 Python 使用 os.system() 或 subprocess()

Question

我遇到问题运行使用 os.system() 或 subprocess() 通过 Python 设置 Rscript。

通过 python 使用 os.system() 到运行命令通常对我来说很好（例如 gdalwarp.exe），但对 Rscript.exe 就不行。

我能看到的唯一区别是路径中的空格。

通过将路径放在引号中，在 CMD-window 中很容易解决路径中的空格问题。执行以下命令成功。

"C:/Program Files/R/R-3.0.2/bin/Rscript.exe" "D:/.../otsu_Script.R"

但我坚持 Python。到目前为止我用 python:

尝试了什么

os.system("C:/Program Files/R/R-3.0.2/bin/Rscript.exe" "D:/.../otsu_Script.R")
os.system(r"C:/Program Files/R/R-3.0.2/bin/Rscript.exe" "D:/.../otsu_Script.R")
os.system(r'"C:/Program Files/R/R-3.0.2/bin/Rscript.exe" "D:/.../otsu_Script.R"')
subprocess.call([r'C:/Program Files/R/R-3.0.2/bin/Rscript.exe', r'D:/.../otsu_Script.R'])

有人看到我做错了什么吗？提前致谢，艾克

Answer 1

在对这么简单的问题动了脑筋之后。我决定将 RStatistics 重新安装到没有空格或点的路径，例如： C:/R/bin/Rscript.exe。

现在 subprocess.call(["C:/R/bin/Rscript.exe", "D:/otsu_Script.R"] ) 或 os.system("C:/R/bin/Rscript.exe D:/otsu_Script.R") 工作正常。应该在两天前尝试过...

...但无论如何我现在是一只快乐的猴子:-)

Answer 2

现在可能已经太晚了，我已经看到你解决了这个问题，但我也遇到了类似的问题（尽管在 Linux 系统中），它现在可能对其他人有帮助；尽管在 terminal/command-line.

中直接起作用，但在 python 中调用此命令时不起作用

os.system("R CMD BATCH ./read_lengths_batch.R")

我尝试了很多解决方案，包括 subprocess 和其他解决方案，但发现它比这更容易。在我的例子中，我知道它在 Windows 中可能有所不同，我只需要在调用结束时添加一个 & 到后台的运行。不知何故，R 似乎会关闭 Python 脚本而不是执行它的工作。

os.system("R CMD BATCH ./read_lengths_batch.R &")

奇怪的是，如果在我的文件夹中复制带有 .txt 扩展名的相同文件，它也能正常工作：read_lengths_batch.R 和 read_lengths_batch.txt.

希望对大家有所帮助！

运行 Rscript 通过 Python 使用 os.system() 或 subprocess()

Running Rscript via Python using os.system() or subprocess()

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command-line

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