大型矩阵的热图并获得清晰的标签

Question

如何在 R 中从 305 列和 865 行的矩阵绘制热图。

我为矩阵写的代码是

nba <- read.csv("mydata.csv", sep=",")

row.names(nba) <- nba[,1]
nba <- nba[,2:865]

nba_matrix <- data.matrix(nba)
nba_heatmap <- heatmap(nba_matrix, Rowv=NA, Colv=NA, col = brewer.pal(9, "Blues"), scale="column", margins=c(5,10))

现在代码给出了如下所示的热图，但标签不清晰。请帮助我获得清晰的热图。

Answer 1

既然你说你需要所有的标签，我看到的唯一方法就是减小字体大小。您可以通过在调用 heatmap() 时设置 cexCol 和 cexRow 参数来实现；例如像这样：

heatmap(as.matrix(iris[,1:3]),cexRow = 0.1, cexCol = 0.1,)

大型矩阵的热图并获得清晰的标签

Heatmap for a large matrix and get the clear labels

r

matrix

heatmap

large-data