拟合多个 Gompertz 曲线并跳过 R 中的错误（nlsList 和 SSgompertz）

Question

我正在尝试使用 SSgompertz 拟合数百条 gompertz 形曲线。该数据集包含三列，其中包含 "x" 和 "y" 值，以及一个编码列以将数据分成不同的样本："GROUPING"。稍后，参数将用于使用 predict() 从 y 轴上的固定点确定 x（拟合点方法）。

在使用以下代码将参数输入 predict() 之前，我设法将多个多项式拟合到数据中：

Parameters<-lmList(x~poly(y,3,raw=TRUE)|GROUPING,data=data, na.action=na.omit)

虽然他们中的许多人并不适合。理想情况下，我可以使用非线性回归将数据拟合到 Gompertz 曲线。所以我尝试了这个：

Parameters<-nlsList(y~SSgompertz(x, Asym, xmid, scal)|GROUPING, data=dataframe)

但是，无法获得拟合的情况（不良样本或非典型曲线形状）会导致错误并停止整个过程。

例如。 "iterations exceeded maximum of 50"

有没有办法忽略不建模的样本，但保留建模样本的参数？

编辑：我已尝试按照建议使用循环，但无法使其正常工作（请参阅下面的脚本）。输出也不能输入 coef()

uniq <- unique(unlist(data$GROUPING)) 
results=list()
for (i in uniq){
Singledata <-data[which(data$GROUPING ==uniq[i]), ]
x<-Singledata$x
y<-Singledata$y
ModelSS <- tryCatch(nls(y~SSgompertz(x, Asym, xmid, scal)))
print(ModelSS)
results[i] = ModelS
}
coef(results)

有人可以帮我理解我哪里出错了吗？

示例数据：

data<-data.frame(x=c(0,1,2,4,8,16,32,64,0,1,2,4,8,16,32,64,0,1,2,4,8,16,32,64),
                 y=c(70,90,160,250,410,510,610,650,
                     NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
                     70,90,160,250,410,510,610,650),
                 GROUPING=c(1,1,1,1,1,1,1,1,
                            45,45,45,45,45,45,45,45,643,643,643,643,643,643,643,643))

Answer 1

nlsList 已经在内部使用了 try。您的问题似乎是 na.action 设置（na.fail 是默认设置）。使用 na.omit:

nlsList(y~SSgompertz(x, Asym, xmid, scal)|GROUPING, data=data, na.action = na.omit)
#Call:
#  Model: y ~ SSgompertz(x, Asym, xmid, scal) | GROUPING 
#   Data: data 
#
#Coefficients:
#       Asym     xmid     scal
#1   618.774 2.031473 0.831752
#643 618.774 2.031473 0.831752

Degrees of freedom: 16 total; 10 residual
Residual standard error: 30.44042

拟合多个 Gompertz 曲线并跳过 R 中的错​​误（nlsList 和 SSgompertz）

Fit multiple Gompertz curves and skip errors in R (nlsList and SSgompertz)

r

nls

lm

拟合多个 Gompertz 曲线并跳过 R 中的错误（nlsList 和 SSgompertz）