使用 knitr，在将块放入单独的文件时保留块选项

Question

出于教学目的，我想 purl 我的 .Rnw 文件的块分成单独的文件。这个答案解释了如何去做：

How to purl each chunks in .Rmd file to multiple .R files using Knitr

但是该方法不保留块选项。由于我生成的块会生成图，因此保留 fig.width 和 fig.height 选项很重要。理想情况下，我想要一个看起来像这样的块：

<<plot, fig.width = 3, fig.height = 5, outwidth = '.75\textwidth'>>=
plot (1,1)
@

成为一个名为 plot.R 的文件，如下所示：

#+ fig.width = 3, fig.height = 5
plot (1,1)

也就是把块选项fig.width和fig.height变成spin()可以识别的格式，就像purl()一样，去掉不相关的块选项，或者为 spin() 到 Word 中创建问题，例如 out.width。本着创建用户友好的代码文件的精神。

Answer 1

由于您引用的答案没有从 purl 的结果中复制 header 行，因此您丢失了除块名称之外的所有内容。虽然您可以调整它以粘贴到 header 中，但实际上构建一个函数来解析 purl 的输出并不难——比尝试解析 Rmd 或 [= 容易得多14=] 文档，无论如何，比弄清楚 knitr 是如何做到的更容易。

purl_chunks <- function(input_file){
  purled <- knitr::purl(input_file)    # purl original file; save name to variable
  lines <- readLines(purled)    # read purled file into a character vector of lines
  starts <- grep('^## ----.*-+', lines)    # use grep to find header row indices
  stops <- c(starts[-1] - 1L, length(lines))   # end row indices
  # extract chunk names from headers
  names <- sub('^## ----([^-]([^,=]*[^,=-])*)[,-][^=].*', '\1', lines[starts])
  names <- ifelse(names == lines[starts], '', paste0('_', names)) # clean if no chunk name
  # make nice file names with chunk number and name (if exists)
  file_names <- paste0('chunk_', seq_along(starts), names, '.R')
  for(chunk in seq_along(starts)){    # loop over header rows
    # save the lines in the chunk to a file
    writeLines(lines[starts[chunk]:stops[chunk]], con = file_names[chunk])
  }
  unlink(purled)    # delete purled file of entire document
}

几个注意事项：

虽然正则表达式可以满足我的要求，但它可能会出错。测试：
- 没有区块名称
- 没有名称，只有区块设置
- 带连字符的名称
- 单字符名称
- 带空格的名称，包括之后（comma/brace之前）
由于 .Rnw 和 .Rmd 文件都 purl 相同，它适用于任何一个。
purl 的 documentation 参数使用默认设置 (1L)。 0L 不会有块 headers，因此在这里毫无意义，但它会愚蠢地处理 2L （这将包括文本块作为 roxygen 评论）。但是，如果您想要具有以下代码块的文本块，则可以为此重建它。
虽然 purl 的输出 header 行看起来与上面的示例不完全相同（它们以 ## ---- 开头并用连字符填充），但它们 spin 适当地;结果服从块选项。

使用 knitr，在将块放入单独的文件时保留块选项

With knitr, preserve chunk options when purling chunks into separate files

r

knitr

rnw