如何使用 R 中的 x、y 数据绘制条形图和误差条

Question

我有以下格式的数据。

X        ID         Mean       Mean+Error Mean-Error
61322107 cg09959428 0.39158198 0.39733463 0.38582934
61322255 cg17147820 0.30742542 0.31572314 0.29912770
61322742 cg08922201 0.47443355 0.47973039 0.46913671
61322922 cg08360511 0.06614797 0.06750279 0.06479315
61323029 cg00998427 0.05625839 0.05779519 0.05472160
61323113 cg15492820 0.10606674 0.10830587 0.10382761
61323284 cg02950427 0.36187007 0.36727818 0.35646196
61323413 cg01996653 0.35582920 0.36276991 0.34888849
61323667 cg14161454 0.77930230 0.78821970 0.77038491
61324205 cg25149253 0.93585347 0.93948514 0.93222180

我如何用列（条）绘制误差线图 enter image description here

其中 X 轴具有 X 值。因此，每个条形图都将绘制在固定宽度的 X 处。

Answer 1

我会尽力回答。我正在使用一个名为 plotly 的包。您可以查看 here 了解更多详情。

df <- read.csv('test.csv')
colnames(df) <- c("x", "id", "mean", "mean+error", "mean-error")
df$`mean+error` = df$`mean+error` - df$mean
df$`mean-error` = df$mean - df$`mean-error`

library(plotly)

p <- ggplot(df, aes(factor(x), y = mean)) + geom_bar(stat = "identity")
p <- plotly_build(p)

length(p$data)

p$layout$xaxis

plot_ly(df, x = 1:10, y = mean, type = "bar",  
        error_y = list(symmetric = F, 
                       array = df$`mean+error`,
                       arrayminus = df$`mean-error`,
                       type = "data")) %>% 
  layout(xaxis = list(tickmode = "array",tickvals = 1:10,ticktext = df$x))

我明白了：

Answer 2

最流行的方法可能是在 ggplot2 中使用 geom_errorbar()。

library("ggplot2")
ggplot(df, aes(x=ID, y = Mean)) + 
  geom_bar(stat="identity", fill="light blue") +
  geom_errorbar(aes(ymin = Mean.Error, ymax = Mean.Error.1))

其中 Mean.Error 和 Mean.Error.1 是当您尝试以文本形式阅读示例时遇到的均值 +/- 错误的 header 名称。

如何使用 R 中的 x、y 数据绘制条形图和误差条

How to plot bar plot and error bar with x,y data in R

plot

r

errorbar