`R` 中包 `IRanges` 的整数溢出

Question

问题

我正在使用包 [IRanges][1]，我需要准确编码超过 2^31 约 10 倍的超长序列。

从下面看来，IRanges用的是int32

##### INSTALLATION FROM SRC CODE ######
## try http:// if https:// URLs are not supported
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("IRanges")

##### CALL PACKAGE #####
require(IRanges)


IRanges(start=1,end=2^31-1) # Works fine

IRanges(start=1,end=2^31)   # Fail
Error in .Call2("solve_user_SEW0", start, end, width, PACKAGE = "IRanges") : 
  solving row 1: range cannot be determined from the supplied arguments (too many NAs)
In addition: Warning message:
In .normargSEW0(end, "end") : NAs introduced by coercion to integer range

由于此包经常用于 DNA 序列，因此能够处理大于 2^32 (≈ 10^9) 的值将非常有用，因为许多生物体的基因组大小更长比那个。

问题

我认为这是整数溢出问题对吗？
您遇到同样的问题吗？
有办法解决这个问题吗？
- 是否可以（并且容易）找到源代码并仅修改对象类型
- 你认为这个包还有另一个版本吗？

我找到的唯一解决方案是接受降低我的准确度并将每个宽度除以 100...但我对降低我的准确度不是很满意。

R版

R version 3.2.3 (2015-12-10) -- "Wooden Christmas-Tree"
Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)

Answer 1

您已达到可以用 R 表示的整数的大小限制。

> .Machine$integer.max
#[1] 2147483647
> log2(.Machine$integer.max)
#[1] 31

有像 bit64 or gmp 这样的特殊库可用于处理 64 位有符号整数等。但是，不确定此类包所表示的整数是否与其他库兼容。

`R` 中包 `IRanges` 的整数溢出

Integer overflow with package `IRanges` in `R`

r

int

integer-overflow

int32

iranges