从距离矩阵到邻接矩阵

Question

我有一个 1024x1024 的距离矩阵，其中包含所有项之间的所有距离。我想从那开始定义一个图表。所以我定义了一个最小生成树并计算了它的邻接矩阵。

我的距离矩阵是 distMat。

matrix_of_distances <- as.matrix(distMat)
myGraph <- graph.adjacency(matrix_of_distances, weighted=TRUE)

我的图是一个包含所有可能弧线的图（因为所有两个项之间的距离都是有限值）。我需要另一个图表，更稀疏：

mst <- as.undirected(minimum.spanning.tree(myGraph))

从那个稀疏图中我可以计算邻接矩阵：

adjacency <- as_adjacency_matrix(mst, type = c("both", "upper", "lower"), attr = NULL, edges = FALSE, names = TRUE, sparse =igraph_opt("sparsematrices"))

现在我想以不同的方式创建矩阵邻接，传递另一个最小生成树对象。假设我创建了另一个生成树：

spt <- spantree(matrix_of_distances)

如果我这样做：

adjacency <- as_adjacency_matrix(spt, type = c("both", "upper", "lower"), attr = NULL, edges = FALSE, names = TRUE, sparse =igraph_opt("sparsematrices"))

我收到错误：

Error in as_adjacency_matrix(spt, type = c("both", "upper", "lower"), : Not a graph object

同样，我正在尝试从最小生成树生成邻接矩阵。我该如何解决？

Answer 1

错误来自于您在 class spantree 的对象上使用函数 as_adjacency_matrix 而它期望 igraph.

由于您使用的是 igraph，一个简单的解决方案是使用 igraph 的函数 mst 从原始 "distance graph" 计算最小生成树。

下面是spantree如何计算最小生成树：

require(vegan)
data(dune)
dis <- vegdist(dune)
tr <- spantree(dis)

结果是下面的树(plot(tr, type="t"))

:

只有使用 igraph 个函数才能得到相同的结果：

library(igraph)
g  <- graph.adjacency(as.matrix(dis), weighted=TRUE)
g_mst <- mst(g)

生成的树如下所示 (plot(g_mst, vertex.color=NA, vertex.size=10, edge.arrow.size=0.5)):

一旦你有了你的 igraph 树，你就已经知道你可以将它转换成一个具有函数 as_adjacency_matrix:

的邻接矩阵

A <- as_adjacency_matrix(mst)

从距离矩阵到邻接矩阵

From a matrix of distances to a matrix of adjacency

r

distance

igraph

minimum-spanning-tree

adjacency-matrix