更改 fasta headers 以包含计数信息
changing fasta headers to contain count info
我有一个包含多行的文件，如下所示：
fg-000001 ATGGATGACCGATGCTAGC 34 23 33 45 34 23 34 35 34 35 56 47
我想将它转换为一个 fasta 文件，其中包含计数信息的总和以及名称，基本上是一个 fasta 文件
fg-000001_x433
ATGGATGACCGATGCTAGC
这可能吗？
提前致谢！
这个 awk 脚本应该可以满足您的要求：
awk '{sum=0; for (i=3; i<=NF; i++) {sum += $i}; print "_x"sum, }' file
我有一个包含多行的文件，如下所示：
fg-000001 ATGGATGACCGATGCTAGC 34 23 33 45 34 23 34 35 34 35 56 47
我想将它转换为一个 fasta 文件，其中包含计数信息的总和以及名称，基本上是一个 fasta 文件
fg-000001_x433 ATGGATGACCGATGCTAGC
这可能吗？ 提前致谢！
这个 awk 脚本应该可以满足您的要求：
awk '{sum=0; for (i=3; i<=NF; i++) {sum += $i}; print "_x"sum, }' file