使用 ggplot 绘制方差和置信区间

Question

考虑来自标准数据集 mtcars.

的变量 gear 和 qsec

require(ggplot2)
ggplot(mtcars, aes(x=gear, y=qsec)) + geom_point()

我正在尝试用误差条绘制组内方差（对于每个组）。

这是我目前的解决方案（使用误差线的 95% 置信区间）：

require(data.table)
dtmtcars = data.table(mtcars)[,list(var.qsec = var(qsec)),by=list(gear)]
samplesize = sapply(unique(mtcars$gear), function(x) nrow(subset(mtcars, gear == x)))
high.EB =  ((samplesize-1)*dtmtcars$var.qsec)/qchisq(0.025,n-1)
low.EB = ((samplesize-1)*dtmtcars$var.qsec)/qchisq(0.975,n-1)
ggplot(dtmtcars, aes(x=gear, y=var.qsec)) + geom_point() + geom_errorbar(aes(ymin=low.EB, ymax=high.EB))

有没有更简单的解决方案（比如 ggplot2 中已经实现的功能）？如果不是，请确认我的解决方案是否正确？

Answer 1

使用stat_summary。请注意，当文档说 fun.data 应该 "take data frame as input".

时，文档是错误的

ggplot(mtcars, aes(x=gear, y=qsec)) + 
  stat_summary(fun.y = var, geom = "point") +
  stat_summary(fun.data = function(y) {
    data.frame(y = var(y),
               ymin = ((length(y)-1)*var(y))/qchisq(0.025,length(y)-1),
               ymax = ((length(y)-1)*var(y))/qchisq(0.975,length(y)-1))
  }, geom = "errorbar") +
  ylab("var.qsec")

使用 ggplot 绘制方差和置信区间

Plot variance and confidence interval for variance with ggplot

statistics

r

variance

ggplot2

data.table