R 中的 Ensemble 模型和调优错误

Question

我一直在尝试在 R 中使用 Ensemble 方法，并在 BostonHousing2 数据集上尝试插入符模型的集成。在设置贪婪系综和线性系综时，出现错误。代码如下：

library(caret)
library(caretEnsemble)
library(mlbench)
data(BostonHousing2)
X <- model.matrix(cmedv~crim+zn+indus+chas+nox+rm+age+dis+
                rad+tax+ptratio+b+lstat+lat+lon, BostonHousing2)[,-1]
X <- data.frame(X)
Y <- BostonHousing2$cmedv
train <- runif(nrow(X)) <= 0.7
folds=5
repeats=1
myControl <- trainControl(method='cv', number=folds, repeats=repeats, returnResamp='none', 
                      returnData=FALSE, savePredictions=TRUE, 
                      verboseIter=TRUE, allowParallel=TRUE,
                      index=createMultiFolds(Y[train], k=folds, times=repeats))
PP <- c('center', 'scale')
model1 <- train(X[train,], Y[train], method='gbm', trControl=myControl,
            tuneGrid=expand.grid(.n.trees=500, .interaction.depth=15, .shrinkage = 0.01))
model2 <- train(X[train,], Y[train], method='blackboost', trControl=myControl)
model3 <- train(X[train,], Y[train], method='parRF', trControl=myControl)
model4 <- train(X[train,], Y[train], method='mlpWeightDecay', trControl=myControl, trace=FALSE, preProcess=PP)
model5 <- train(X[train,], Y[train], method='ppr', trControl=myControl, preProcess=PP)
model6 <- train(X[train,], Y[train], method='earth', trControl=myControl, preProcess=PP)
model7 <- train(X[train,], Y[train], method='glm', trControl=myControl, preProcess=PP)
model8 <- train(X[train,], Y[train], method='svmRadial', trControl=myControl, preProcess=PP)
model9 <- train(X[train,], Y[train], method='gam', trControl=myControl, preProcess=PP)
model10 <- train(X[train,], Y[train], method='glmnet', trControl=myControl, preProcess=PP)
all.models <- list(model1, model2, model3, model4, model5, model6, model7, model8, model9, model10)
names(all.models) <- sapply(all.models, function(x) x$method)
sort(sapply(all.models, function(x) min(x$results$RMSE)))
greedy <- caretEnsemble(all.models, iter=1000L)
Error: is(list_of_models, "caretList") is not TRUE

有几个例子让我卡住了：在设置 model1 时，我收到以下错误消息：

The tuning parameter grid should have columns n.trees, interaction.depth, shrinkage, n.minobsinnode

此外，在设置贪婪集成和线性集成时，我在组合模型时遇到列表错误。请请求帮助。

PS：抱歉，如果这些问题需要单独提出。

Answer 1

您必须使用函数 caretlist() 才能创建可以传递给 caretEnsemble 的插入符号模型列表，如下面的插图示例所示：

model_list <- caretList(
  Class~., data=training,
  trControl=my_control,
  methodList=c("glm", "rpart")
  )

回答您的第二个问题，您希望以下行做什么？

expand.grid(.n.trees=500, .interaction.depth=15, .shrinkage = 0.01)

您可以测试它只是三个值的单个组合。您应该在任何列中至少有两个值以生成超过 1 个参数值组合以进行调整。此外，为什么名称有一个额外的“。” （点）开头？

Answer 2

回答第二部分：

method="gbm" 的更新版本要求在 tuneGrid 中存在 n.trees、interaction.depth、收缩、n.minobsinnode。

tuneGrid=expand.grid(.n.trees=500, .interaction.depth=6, .shrinkage = 0.01,.n.minobsinnode = c(10))

在上述情况下就可以正常工作。

Answer 3

如果我们使用代码 -

将普通列表 'all.models' 转换为 Caret_List，它就会起作用

class(all.models) <- "caretList"

谢谢！

R 中的 Ensemble 模型和调优错误

Error with Ensemble models and tuning in R

r

ensemble-learning

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