R 热图 - 如何获得统一的颜色图?
R heatmap - how to get uniform colour map?
我试图让热图在 R 中工作,但我注意到颜色图的一些相当不稳定的行为。数据的小摘录:
data = matrix(c(0,0,1,1,1,2,2,2,2,2,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0),5,5,byrow=TRUE)
这会产生一个 5x5 矩阵,其中三行分别由全 2、全 1 和全 0 占据。但是,当我尝试应用颜色贴图时,我在所有三行上都得到了纯白色,而不是预期的不同颜色。
library(RColorBrewer)
heatmap(data,col=brewer.pal(3,'RdBu'),Colv=NA,Rowv=NA)
这不是选择的颜色图不稳定,当我保留默认颜色图时,我观察到类似的行为。这是怎么回事,我该如何让它消失?我希望 0 是一种颜色,1 是一种颜色,2 是一种颜色。在宏大的范围内,我还需要能够将单独计算的树状图添加到 rows/columns,由于我无法控制的原因,树状图不能转换为 hclust,这使得 pheatmap 不是立即可行的解决方案。
提交这个问题后,我立即找到了热图的比例选项。解决方案因此变成:
heatmap(data,col=brewer.pal(3,'RdBu'),Colv=NA,Rowv=NA,scale="none")
抱歉,我会现身的
我试图让热图在 R 中工作,但我注意到颜色图的一些相当不稳定的行为。数据的小摘录:
data = matrix(c(0,0,1,1,1,2,2,2,2,2,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0),5,5,byrow=TRUE)
这会产生一个 5x5 矩阵,其中三行分别由全 2、全 1 和全 0 占据。但是,当我尝试应用颜色贴图时,我在所有三行上都得到了纯白色,而不是预期的不同颜色。
library(RColorBrewer)
heatmap(data,col=brewer.pal(3,'RdBu'),Colv=NA,Rowv=NA)
这不是选择的颜色图不稳定,当我保留默认颜色图时,我观察到类似的行为。这是怎么回事,我该如何让它消失?我希望 0 是一种颜色,1 是一种颜色,2 是一种颜色。在宏大的范围内,我还需要能够将单独计算的树状图添加到 rows/columns,由于我无法控制的原因,树状图不能转换为 hclust,这使得 pheatmap 不是立即可行的解决方案。
提交这个问题后,我立即找到了热图的比例选项。解决方案因此变成:
heatmap(data,col=brewer.pal(3,'RdBu'),Colv=NA,Rowv=NA,scale="none")
抱歉,我会现身的