使用 Bash 手动编辑文本或 Fastq 文件
Using Bash to Manually Edit a Text or Fastq file
我想使用 Bash 将 Fastq 文件手动编辑为多个相似行。
在 Fastq 文件中，序列读取从第 2 行开始，然后每四行找到一次（即第 2、6、10、14 行...）。
我想创建一个与 Fastq 文件相同的编辑文本文件，除了序列读取的前 6 个字符被剪掉。
未经编辑的 Fastq：
@M03017:21:000000000
GAGAGATCTCTCTCTCTCTCT
+
111>>B1FDFFF
已编辑 Fastq：
@M03017:21:000000000
TCTCTCTCTCTCTCT
+
111>>B1FDFFF
我想 awk 非常适合这个:
$ awk 'NR%4==2 {gsub(/^.{6}/,"")} 1' file
@M03017:21:000000000
TCTCTCTCTCTCTCT
+
111>>B1FDFFF
这将删除所有行中第 4k+2 个位置的前 6 个字符。
说明
NR%4==2 {}记录数（行数）为4k+2形式时做事gsub(/^.{6}/,"") 将前 6 个字符替换为空字符串。1 评估为 True，打印该行。
GNU sed 可以做到这一点：
sed -i~ '2~4s/^.\{6\}//' file
地址2~4表示"start on line 2, repeat each 4 lines"。
s表示替换，^匹配行首，.匹配任意字符，\{6\}指定长度（一个"quantifier"）。替换字符串为空 (//).
-i~ 替换原文件，留下文件名附加 ~ 的备份。
我想使用 Bash 将 Fastq 文件手动编辑为多个相似行。
在 Fastq 文件中，序列读取从第 2 行开始，然后每四行找到一次（即第 2、6、10、14 行...）。
我想创建一个与 Fastq 文件相同的编辑文本文件，除了序列读取的前 6 个字符被剪掉。
未经编辑的 Fastq：
@M03017:21:000000000
GAGAGATCTCTCTCTCTCTCT
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111>>B1FDFFF
已编辑 Fastq：
@M03017:21:000000000
TCTCTCTCTCTCTCT
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111>>B1FDFFF
我想 awk 非常适合这个:
$ awk 'NR%4==2 {gsub(/^.{6}/,"")} 1' file
@M03017:21:000000000
TCTCTCTCTCTCTCT
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111>>B1FDFFF
这将删除所有行中第 4k+2 个位置的前 6 个字符。
说明
NR%4==2 {}记录数（行数）为4k+2形式时做事gsub(/^.{6}/,"")将前 6 个字符替换为空字符串。1评估为 True，打印该行。
GNU sed 可以做到这一点：
sed -i~ '2~4s/^.\{6\}//' file
地址2~4表示"start on line 2, repeat each 4 lines"。
s表示替换，^匹配行首，.匹配任意字符，\{6\}指定长度（一个"quantifier"）。替换字符串为空 (//).
-i~ 替换原文件，留下文件名附加 ~ 的备份。