如何从目录树构建树状图？

Question

给定根绝对目录路径。如何生成其下方所有路径的树状图对象，以便我可以使用 R 可视化目录树？

假设以下调用返回以下叶节点。

list.files(path, full.names = TRUE, recursive = TRUE)

root/a/some/file.R
root/a/another/file.R
root/a/another/cool/file.R
root/b/some/data.csv
root/b/more/data.csv

我想在 R 中像 unix tree 程序的输出那样绘制一个图：

root
├── a
│   ├── another
│   │   ├── cool
│   │   │   └── file.R
│   │   └── file.R
│   └── some
│       └── file.R
└── b
    ├── more
    │   └── data.csv
    └── some
        └── data.csv

如果解决方案涉及将文件系统树分解为两个 data.frame：

一个 table 个节点（我可以用它包含修改日期等属性）
和 table 个边（也有属性）

然后从这两个 data.frame 构建树状图对象。

Answer 1

这里有一种可能的方法来获得您最初要求的系统，如树。这将提供一个非常灵活的 data.tree 对象，可以按照您想要的方式进行绘制，但我并不完全清楚您想要什么：

path <- c(
    "root/a/some/file.R", 
    "root/a/another/file.R", 
    "root/a/another/cool/file.R", 
    "root/b/some/data.csv", 
    "root/b/more/data.csv"
)


library(data.tree); library(plyr)

x <- lapply(strsplit(path, "/"), function(z) as.data.frame(t(z)))
x <- rbind.fill(x)
x$pathString <- apply(x, 1, function(x) paste(trimws(na.omit(x)), collapse="/"))
(mytree <- data.tree::as.Node(x))

1  root                  
2   ¦--a                 
3   ¦   ¦--some          
4   ¦   ¦   °--file.R    
5   ¦   °--another       
6   ¦       ¦--file.R    
7   ¦       °--cool      
8   ¦           °--file.R
9   °--b                 
10      ¦--some          
11      ¦   °--data.csv  
12      °--more          
13          °--data.csv  


plot(mytree)

你可以获得你想要的部分（我认为），但它需要你做腿部工作并弄清楚 data.tree 中数据类型之间的转换：https://cran.r-project.org/web/packages/data.tree/vignettes/data.tree.html#tree-conversion

当 use.data.tree = TRUE https://github.com/trinker/pathr#tree

时，我在我的 pathr 包的 tree 函数中使用了这种方法

编辑 Per@Luke 在下方的评论...data.tree::as.Node 直接采用路径：

(mytree <- data.tree::as.Node(data.frame(pathString = path)))

                levelName
1  root2                 
2   ¦--a                 
3   ¦   ¦--some          
4   ¦   ¦   °--file.R    
5   ¦   °--another       
6   ¦       ¦--file.R    
7   ¦       °--cool      
8   ¦           °--file.R
9   °--b                 
10      ¦--some          
11      ¦   °--data.csv  
12      °--more          
13          °--data.csv

Answer 2

如果你在 Windows，你可以使用我的包 dir2json，安装方式如下：

drat::addRepo("stlarepo")
install.packages("dir2json")

也可以在Linux上使用它，但是有一个链接到GHC动态库的DLL，必须安装在系统上（而这个DLL在Windows上是独立的） ).

> library(dir2json)
> cat(dir2tree("src"))
src
|
`- contrib
   |
   +- PACKAGES.gz
   |
   +- PACKAGES
   |
   +- jsonAccess_0.1.1.tar.gz
   |
   +- expansions_1.2.tar.gz
   |
   `- dir2json_2.1.0.tar.gz
> cat(dir2tree("src", vertical=TRUE))
                                            src                                             
                                             |                                              
                                          contrib                                           
                                             |                                              
      ---------------------------------------------------------------------------           
     /          |                 |                       |                      \          
PACKAGES.gz  PACKAGES  jsonAccess_0.1.1.tar.gz  expansions_1.2.tar.gz  dir2json_2.1.0.tar.gz

该软件包还包含一个 Shiny 应用程序，它生成文件夹的交互式 Reingold-Tilford 树表示：

> dir2json::shinyDirTree(".")

Answer 3

值得添加出色的 fs package offers dir_tree 函数，它以非常方便的方式将此功能提供给 R。

tmp_dir <- tempdir()
# Create some directories
for (i in 1:10) {
    dir.create(path = file.path(tmp_dir,
                                basename(tempfile(pattern = "dir")),
                                basename(tempfile(pattern = "sub_dir"))),
               recursive = TRUE)
}
# Create directory tree
fs::dir_tree(path = tmp_dir, recurse = TRUE)

结果

/tmp/RtmpEhB0ne
├── dir15213121dd5903
│   └── sub_dir1521315a5425ba
├── dir152131227b086f
│   └── sub_dir1521314255d96b
├── dir152131353e6603
│   └── sub_dir1521315b52aeed
├── dir15213136870535
│   └── sub_dir15213127b34f64
├── dir1521313bbf738b
│   └── sub_dir152131473939ea
├── dir152131403f4fd5
│   └── sub_dir152131115296e7
├── dir152131503d0d55
│   └── sub_dir15213114368572
├── dir1521316f0bb0c3
│   └── sub_dir1521314aea266b
├── dir1521317fe305e9
│   └── sub_dir152131bcfe8a
└── dir1521319800dfb
    └── sub_dir15213129defd4a

除了打印目录树之外，发现的路径还可以返回给一个对象。

sink(file = tempfile(fileext = ".log"))
res_fs_tree <- fs::dir_tree(path = tmp_dir, recurse = TRUE)
sink()
res_fs_tree[[1]]
# [1] "/tmp/RtmpEhB0ne/dir15213121dd5903/sub_dir1521315a5425ba"

如何从目录树构建树状图？

How to build a dendrogram from a directory tree?

r

dendrogram

结果