如何使用 h5py 读取只有数据集（没有组）的 HDF5 文件？

Question

我有 HDF5 文件，我想使用 Python 模块 h5py（在 Python 2.7 中）打开这些文件。

当我有一个包含组和数据集的文件时，这很容易：

import h5py as hdf

with hdf.File(relative_path_to_file, 'r') as f:
    my_data = f['a_group']['a_dataset'].value

但是，以我目前的情况，我没有群。只有数据集。不幸的是，无论我尝试什么，我都无法访问我的数据。 None 以下工作（全部因 KeyErrors 或 ValueErrors 而中断）：

my_data = f['a_dataset'].value #KeyError

my_data = f['/a_dataset'].value #KeyError

my_data = f['/']['a_dataset'].value #KeyError

my_data = f['']['a_dataset'].value #ValueError

my_data = f['.']['a_dataset'].value #KeyError

如果没有解决方案，我可以重新制作我的文件以进行分组。看起来确实应该有一个解决方案，但是...

h5py 似乎没有看到任何键：

f.keys()
[]

Answer 1

我认为这应该可行：

f['.']['a_dataset']

你可能会尝试这样做：

dir(f['/']) 
dir(f['.'])

Answer 2

我发现了这个问题，我认为这是 h5py 应该解决的问题。

问题（我最初忘记在问题中详细说明，现在已编辑）是我用 relative 文件路径打开 hdf5 文件。当我使用 absolute 文件路径时，一切正常。

遗憾的是，这会给我带来麻烦，因为我的代码旨在运行可移植地在不同的机器上...

感谢 gspr 和 jimmyb 的帮助:-)

Answer 3

当我使用相对路径时它工作正常。

要写：

fileName = "data/hdf5/topo.hdf5"

with h5py.File(fileName, 'w') as f:
    dset = f.create_dataset('topography', data = z, dtype = 'float32')

读取数据：

with h5py.File(fileName, 'r') as f:
    my_data = f['.']['topography'].value

如何使用 h5py 读取只有数据集（没有组）的 HDF5 文件？

How to read HDF5 files that have only datasets (no groups) using h5py?

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