cbind 1:nrows 相同 ID 变量值到原始 data.frame

Question

我有一个大数据框，其中变量 id（第一列）在第二列中以不同的值重复出现。我的想法是对数据帧进行排序，将其拆分为一个列表，然后 lapply 一个将序列 1:nrows(variable id) 绑定到每个组的函数。到目前为止我的代码：

DF <- DF[order(DF[,1]),]
DF <- split(DF,DF[,1])
DF <- lapply(1:length(DF), function(i) cbind(DF[[i]], 1:length(DF[[i]])))

但这给了我一个错误：参数意味着不同的行数。

能详细说说吗？

> head(DF, n=50)
   cell     area
1     1 121.2130
2     2  81.3555
3     3  81.5862
4     4  83.6345
...
33    1 121.3270
34    2  80.7832
35    3  81.1816
36    4  83.3340

DF <- DF[order(DF$cell),]

我要的是：

> head(DF, n=50)
     cell    area counter
1       1 121.213 1
33      1 121.327 2
65      1 122.171 3
97      1 122.913 4
129     1 123.697 5
161     1 124.474 6

...等等。

这是我的代码：

cell.areas.t <- function(file) {

    dat = paste(file)

    DF <- read.table(dat, col.names = c("cell","area"))
    DF <- splitstackshape::getanID(DF, "cell")[]  # thanks to akrun's answer


    ggplot2::ggplot(data = DF, aes(x = .id , y = area, color = cell)) +       
        geom_line(aes(group = cell)) + geom_point(size=0.1)
}

剧情是这样的：

大多数细胞的面积增加，只有一些减少。这只是第一次尝试可视化我的数据，所以您看不太清楚的是由于细胞分裂，这些区域会周期性下降。

补充问题：

有一个问题我事先没有考虑到，就是在细胞分裂后，一个新的细胞被添加到 data.frame 并被赋予初始索引 1（你在图中看到所有单元格都从 .id=1 开始，而不是以后），这不是我想要的 - 它需要继承其创建时间的索引。我想到的第一件事是我可以使用一种解析机制来为新添加的单元格变量完成这项工作：

DF$.id[DF$cell != temporary.cellindex] <- max(DF$.id[DF$cell != temporary.cellindex])

你有更好的主意吗？谢谢。

有一个边界条件可以缓解这个问题：开始时固定单元格数 (32)。另一种解决方案是在创建最后一个子单元格之前删除所有数据。

更新：附加问题已解决，代码如下：

cell.areas.t <- function(file) {
    dat = paste(file)
    DF <- read.table(dat, col.names = c("cell","area"))
    DF$.id <- c(0, cumsum(diff(DF$cell) < 0)) + 1L # Indexing

    title <- getwd()

    myplot <- ggplot2::ggplot(data = DF, aes(x = .id , y = area, color = factor(cell))) +
        geom_line(aes(group = cell)) + geom_line(size=0.1) + theme(legend.position="none") + ggtitle(title)

    #save the plot
    image=myplot
    ggsave(file="cell_areas_time.svg", plot=image, width=10, height=8)

}

Answer 1

有一种更简单的方法可以实现该目标。使用 ave 和 seq.int

 DF$group_seq <- ave(DF, DF[,1], FUN=function(x){ seq.int(nrow(x)) } )

Answer 2

我们可以使用 getanID 来自 splitstackshape

library(splitstackshape)
getanID(DF, "cell")[]

cbind 1:nrows 相同 ID 变量值到原始 data.frame

cbind 1:nrows of same ID variable value to original data.frame

r

ggplot2

dataframe

lapply

splitstackshape