将 R 与 git 和 packrat 一起使用
Using R with git and packrat
我使用 git 有一段时间了，但最近才开始使用 packrat。我希望我的存储库是独立的，但同时我不想包含可用的 CRAN 包。似乎一旦在带有 packrat 的项目中打开 R，它就会尝试使用项目库中的包；如果它们不可用，那么它将尝试从项目库中的 src 安装；如果它们不可用，它将查看安装在该计算机中的库。如果计算机中没有图书馆；接下来会看 CRAN 吗？
我的 git 存储库中至少应包含哪些文件（例如 packrat.lock）？
您可以选择设置一个类似 CRAN 的外部存储库，其中包含您希望可用于您的项目的包源 tarballs 及其版本。但是，默认行为是接下来查看 CRAN，正如您在问题中所确定的那样。查看 packrat.lock 文件，您会看到对于您在 packrat 中使用的每个包，都有一个名为 source: CRAN 的选项（如果您是从 CRAN 下载文件的）。
当您有本地存储的包源文件时，所述包的锁定内容更改为以下内容：
Package: FooPackage
Source: source
Version: 0.4-4
Hash: 44foo4036fb68e9foo9027048d28
SourcePath: /Users/MyName/Documents/code/myrepo/RNetica
我对你的最后一个问题有点不清楚：What files should I include in my git repo as a minimum (e.g., packrat.lock)? 但我将把它作为 a) 应该为 packrat 提供哪些文件的组合 运行，以及 b ) 这些文件中的哪些应该提交给 git-repo。为了回答第一个问题，我通过在现有 R 项目上初始化 packrat 来说明。
当您 运行 packrat::init() 时，会发生两件重要的事情（除其他外）：
1. 所有 packrat 脚手架，包括源码 tarballs 等都创建于：PackageName/packrat/。
2. packrat/lib*/ 添加到您的 .git 忽略文件。
因此，我们可以看出 packrat/lib*/ 下的任何内容都不需要提交给您的 git-repo。这留下了以下 3 个文件要提交：
packrat/init.Rpackrat/packrat.lockpackrat/packrat.opts
packrat.lock 需要通过版本控制系统与他人协作；它有助于使您的私人图书馆保持同步。 packrat.opts 允许您为 packrat 指定不同的项目特定选项。该文件是使用 get_opts 和 set_opts 自动生成的。将此文件提交到 git-repo 将确保为所有协作者保留您指定的任何选项。要提交给回购的最终文件是 .Rprofile。该文件告诉 R 使用私有包库（当 R 是从项目目录中获取时tar）。
根据您的需要，您可以选择是否将源 tar 球提交到存储库。如果您不希望它们在您的 git-repo 中可用，您只需将 packrat/src/ 添加到 .gitignore。但是，这将意味着访问 git-repo 的任何人都无法访问包源代码，文件将从 CRAN 下载，或者从 packrat.lock 文件中源行指定的任何地方下载.
根据您的问题，听起来您可能需要将 packrat/src/ 文件夹内容提交到您的存储库。
我使用 git 有一段时间了，但最近才开始使用 packrat。我希望我的存储库是独立的，但同时我不想包含可用的 CRAN 包。似乎一旦在带有 packrat 的项目中打开 R，它就会尝试使用项目库中的包；如果它们不可用，那么它将尝试从项目库中的 src 安装；如果它们不可用，它将查看安装在该计算机中的库。如果计算机中没有图书馆；接下来会看 CRAN 吗？
我的 git 存储库中至少应包含哪些文件（例如 packrat.lock）？
您可以选择设置一个类似 CRAN 的外部存储库，其中包含您希望可用于您的项目的包源 tarballs 及其版本。但是，默认行为是接下来查看 CRAN，正如您在问题中所确定的那样。查看 packrat.lock 文件，您会看到对于您在 packrat 中使用的每个包，都有一个名为 source: CRAN 的选项（如果您是从 CRAN 下载文件的）。
当您有本地存储的包源文件时，所述包的锁定内容更改为以下内容：
Package: FooPackage
Source: source
Version: 0.4-4
Hash: 44foo4036fb68e9foo9027048d28
SourcePath: /Users/MyName/Documents/code/myrepo/RNetica
我对你的最后一个问题有点不清楚：What files should I include in my git repo as a minimum (e.g., packrat.lock)? 但我将把它作为 a) 应该为 packrat 提供哪些文件的组合 运行，以及 b ) 这些文件中的哪些应该提交给 git-repo。为了回答第一个问题，我通过在现有 R 项目上初始化 packrat 来说明。
当您 运行 packrat::init() 时，会发生两件重要的事情（除其他外）：
1. 所有 packrat 脚手架，包括源码 tarballs 等都创建于：PackageName/packrat/。
2. packrat/lib*/ 添加到您的 .git 忽略文件。
因此，我们可以看出 packrat/lib*/ 下的任何内容都不需要提交给您的 git-repo。这留下了以下 3 个文件要提交：
packrat/init.Rpackrat/packrat.lockpackrat/packrat.opts
packrat.lock 需要通过版本控制系统与他人协作；它有助于使您的私人图书馆保持同步。 packrat.opts 允许您为 packrat 指定不同的项目特定选项。该文件是使用 get_opts 和 set_opts 自动生成的。将此文件提交到 git-repo 将确保为所有协作者保留您指定的任何选项。要提交给回购的最终文件是 .Rprofile。该文件告诉 R 使用私有包库（当 R 是从项目目录中获取时tar）。
根据您的需要，您可以选择是否将源 tar 球提交到存储库。如果您不希望它们在您的 git-repo 中可用，您只需将 packrat/src/ 添加到 .gitignore。但是，这将意味着访问 git-repo 的任何人都无法访问包源代码，文件将从 CRAN 下载，或者从 packrat.lock 文件中源行指定的任何地方下载.
根据您的问题，听起来您可能需要将 packrat/src/ 文件夹内容提交到您的存储库。