如何让两个随机效果与 nlme 中的一个嵌套在另一个中交叉？
How to get two random effects crossed with one nested in the other in nlme?
我的非线性混合效应模型在 age 上回归体重 (bm)。我想考虑 brood 嵌套在 year 中，但由于育雏只能发生在数据集中七年之一，因此 year 和 [= 的随机效应15=]应该被划掉。
在 Pinheiro & Bates (2000)：“S 和 S-plus 中的混合效应模型”（http://link.springer.com/book/10.1007%2Fb98882）中，有一个具有交叉随机效应的示例：细胞培养的全因子模型bioassay 用于表示固定效应，三个随机效应用于解释块、行和列效应，最后两个随机效应嵌套在块内，但相互交叉。这是如下实现的（第 163 - 165 页）：
options( contrasts = c("contr.treatment", "contr.poly") )
fm1Assay <- lme( logDens ~ sample * dilut, Assay,
random = pdBlocked(list(pdIdent(~ 1), pdIdent(~ sample - 1), pdIdent(~ dilut - 1))) )
他们的示例是线性混合模型，但语法也适用于非线性混合模型。因此，我为我的模型尝试了以下方法（但是我不知道，为什么嵌套效果必须在协变量之后有 -1）：
fmbm1 <- nlme(bm ~ SSlogis(age, Asym, xmid, scal), data = bmgrp,
fixed = Asym + xmid + scal ~ 1,
random = pdBlocked(list(pdIdent(Asym + xmid + scal ~ 1),
pdIdent(Asym + xmid + scal ~ brood - 1))),
start = startvalues, na.action = na.omit)
但是这个语法似乎是错误的，因为它使 R 冻结（甚至没有错误消息，R 只是不再响应所以我需要强制退出 R）。
关于如何在 nlme.
中实现嵌套和交叉结构的提示，我会很高兴
这是我的数据结构，下面是之前的 R 代码：
> str(bmgrp)
Classes ‘nfnGroupedData’, ‘nfGroupedData’, ‘groupedData’ and 'data.frame': 428 obs. of 7 variables:
$ pop : Factor w/ 2 levels "NL","RUS": 1 2 2 2 2 2 1 2 2 2 ...
$ year : Ord.factor w/ 7 levels "2013"<"2012"<..: 5 1 1 7 1 1 2 1 1 1 ...
$ sex : Factor w/ 2 levels "f","m": 2 1 1 2 1 2 1 2 1 2 ...
$ age : int 0 0 7 8 10 10 10 12 12 12 ...
$ bm : int 80 85 137 165 225 227 132 215 183 195 ...
$ relhatch: num 4.06 4.22 4.22 4.29 1.22 ...
$ brood : Factor w/ 270 levels "","NL2004N1040054",..: 61 189 189 205 190 190 27 187 187 187 ...
bmdata <- read.table(header = TRUE, stringsAsFactors = TRUE, text = "
ID pop year sex age bm relhatch brood
1 NL 2015 m 0 80 4.06293706 NL2015E278
2 RUS 2013 f 0 85 4.22000000 RUS2013N350
7 RUS 2013 f 7 137 4.21888412 RUS2013N350
9 RUS 2014 m 8 165 4.28608247 RUS2014N1372
11 RUS 2013 f 10 225 1.21888412 RUS2013N396
12 RUS 2013 m 10 227 1.21888412 RUS2013N396
13 NL 2012 f 10 132 0.86649874 NL2012E262
17 RUS 2013 m 12 215 -0.78111588 RUS2013N120
18 RUS 2013 f 12 183 -0.78111588 RUS2013N120
19 RUS 2013 m 12 195 -0.78111588 RUS2013N120
21 RUS 2014 m 13 325 -0.71391753 RUS2014N235
22 RUS 2014 m 13 280 -0.71391753 RUS2014N235
27 RUS 2013 m 16 498 -4.78111588 RUS2013N60
28 RUS 2005 m 17 870 3.20000000 RUS2005N1030701
29 NL 2012 m 18 324 -11.13350126 NL2012E45
32 RUS 2003 f 19 880 1.20000000 RUS2003N1030266
33 RUS 2005 f 19 750 6.10000000 RUS2005N1051002
35 RUS 2004 f 20 670 3.20000000 RUS2004N1030477
36 RUS 2004 m 20 790 3.20000000 RUS2004N1030491
37 RUS 2004 m 20 940 3.20000000 RUS2004N1030476
39 RUS 2004 f 20 900 3.20000000 RUS2004N1030521
40 RUS 2004 f 20 740 3.20000000 RUS2004N1030473
41 RUS 2003 m 21 980 -0.80000000 RUS2003N1030429
42 NL 2012 f 21 260 -2.13350126 NL2012Wun23
44 RUS 2014 m 21 620 -3.71391753 RUS2014N248
45 RUS 2003 m 21 1080 -0.80000000 RUS2003N1030045
46 NL 2012 m 21 237 -0.13350126 NL2012E265
47 RUS 2004 m 21 572 2.80000000 RUS2004N1040648
48 RUS 2004 m 21 940 3.20000000 RUS2004N1030482
49 RUS 2004 m 21 450 4.20000000 RUS2004N1030645
53 RUS 2014 f 22 660 -0.71391753 RUS2014N866
54 RUS 2003 f 22 890 -1.80000000 RUS2003N1030415
55 RUS 2005 f 22 684 0.80000000 RUS2005N1040060
56 RUS 2005 f 22 652 0.80000000 RUS2005N1040060
57 RUS 2003 f 22 776 -1.80000000 RUS2003N1030418
58 RUS 2004 m 22 672 1.80000000 RUS2004N1042138
59 RUS 2004 f 22 622 1.80000000 RUS2004N1042138
61 RUS 2004 m 22 472 3.30000000 RUS2004N1042092
62 RUS 2004 f 22 438 3.30000000 RUS2004N1042092
63 NL 2012 m 22 222 7.86649874 NL2012W213
64 RUS 2003 m 22 1410 -1.80000000 RUS2003N1030417
65 RUS 2003 f 22 1010 -1.80000000 RUS2003N1030089
66 RUS 2004 f 22 612 1.20000000 RUS2004N1030470
67 RUS 2004 m 22 598 1.80000000 RUS2004N1042139
68 RUS 2004 f 22 316 1.30000000 RUS2004N1042114
69 RUS 2004 m 22 420 3.20000000 RUS2004N1030474
70 RUS 2004 m 22 370 3.30000000 RUS2004N1042095
76 RUS 2004 f 23 1080 0.20000000 RUS2004N1030467
77 RUS 2003 f 23 854 -2.80000000 RUS2003N1030196
78 RUS 2003 f 23 897 -1.80000000 RUS2003N1030402
79 RUS 2003 m 23 1210 -1.80000000 RUS2003N1030416
80 RUS 2003 f 23 1180 -1.80000000 RUS2003N1030416
81 RUS 2004 m 23 990 0.20000000 RUS2004N1030446
82 RUS 2004 f 23 990 0.20000000 RUS2004N1030446
83 RUS 2004 f 23 1110 0.20000000 RUS2004N1030461
84 RUS 2014 m 23 710 -5.71391753 RUS2014N160
85 RUS 2014 f 23 695 -1.71391753 RUS2014N600
86 RUS 2003 m 23 1230 -1.80000000 RUS2003N1030404
87 RUS 2004 m 23 870 0.20000000 RUS2004N1030465
88 RUS 2004 f 23 500 0.80000000 RUS2004N1040578
89 RUS 2004 m 23 598 0.80000000 RUS2004N1040288
90 RUS 2004 f 23 480 2.80000000 RUS2004N1040685
91 RUS 2004 m 23 444 2.80000000 RUS2004N1040688
92 RUS 2005 f 23 820 -0.80000000 RUS2005N1030706
99 RUS 2004 m 24 1120 -0.80000000 RUS2004N1030467
100 RUS 2004 m 24 612 -0.20000000 RUS2004N1040474
101 RUS 2004 m 24 642 -0.20000000 RUS2004N1040474
102 RUS 2004 m 24 634 -0.20000000 RUS2004N1040474
103 RUS 2014 f 24 740 2.28608247 RUS2014N49
104 RUS 2014 f 24 840 2.28608247 RUS2014N49
105 RUS 2014 m 24 900 2.28608247 RUS2014N49
106 RUS 2005 m 24 972 0.80000000 RUS2005N1040106
107 RUS 2005 f 24 820 0.80000000 RUS2005N1040106
108 RUS 2005 f 24 910 0.80000000 RUS2005N1040106
109 RUS 2014 m 24 980 2.28608247 RUS2014N759
110 RUS 2014 f 24 775 2.28608247 RUS2014N759
111 RUS 2004 f 24 870 0.20000000 RUS2004N1030457
112 RUS 2004 f 24 516 0.80000000 RUS2004N1040528
113 RUS 2004 f 24 672 1.80000000 RUS2004N1040828
114 RUS 2004 f 24 604 1.80000000 RUS2004N1040828
115 RUS 2004 m 24 790 3.20000000 RUS2004N1030491
116 RUS 2004 m 24 940 3.20000000 RUS2004N1030487
117 RUS 2004 m 24 1040 3.20000000 RUS2004N1030487
118 NL 2015 m 24 300 4.06293706 NL2015E278
119 NL 2012 m 24 258 -8.13350126 NL2012Eun7
120 NL 2012 f 24 190 3.86649874 NL2012E239
121 RUS 2014 m 24 1085 2.28608247 RUS2014N858
122 RUS 2003 m 24 1100 1.20000000 RUS2003N1030333
123 RUS 2004 m 24 610 -0.70000000 RUS2004N1040622
124 RUS 2004 m 24 674 -0.20000000 RUS2004N1040444
125 RUS 2004 m 24 772 -0.20000000 RUS2004N1040285
126 RUS 2004 m 24 760 -0.20000000 RUS2004N1040571
127 RUS 2005 m 24 1060 0.80000000 RUS2005N1040118
139 RUS 2014 f 25 860 4.28608247 RUS2014N766
140 RUS 2014 m 25 1040 4.28608247 RUS2014N766
142 NL 2015 f 25 490 -0.93706294 NL2015W224
143 RUS 2014 m 25 1002 1.28608247 RUS2014NT1
144 RUS 2014 f 25 880 1.28608247 RUS2014N812
145 RUS 2014 m 25 955 1.28608247 RUS2014N111
146 RUS 2014 m 25 985 1.28608247 RUS2014N111
147 RUS 2003 f 25 980 -0.80000000 RUS2003N1030045
148 RUS 2004 f 25 1070 0.20000000 RUS2004N1030466
149 RUS 2004 m 25 1050 0.20000000 RUS2004N1030439
150 RUS 2004 f 25 940 0.20000000 RUS2004N1030439
151 RUS 2004 f 25 900 0.20000000 RUS2004N1030461
152 RUS 2014 m 25 985 1.28608247 RUS2014N602
153 RUS 2004 m 25 560 -1.20000000 RUS2004N1040503
154 RUS 2004 f 25 680 0.20000000 RUS2004N1030437
155 RUS 2004 f 25 910 0.20000000 RUS2004N1030451
156 RUS 2004 m 25 484 0.80000000 RUS2004N1040541
158 RUS 2014 f 26 985 0.28608247 RUS2014N61
159 RUS 2014 f 26 882 0.28608247 RUS2014N61
160 RUS 2004 m 26 626 -0.20000000 RUS2004N1040474
161 RUS 2003 f 26 900 -0.80000000 RUS2003N1030429
162 RUS 2004 m 26 810 3.20000000 RUS2004N1030476
163 RUS 2014 f 26 860 0.28608247 RUS2014N706
164 RUS 2014 f 26 945 2.28608247 RUS2014N963
165 NL 2004 f 26 480 23.00000000 NL2004N1040293
166 RUS 2004 f 26 720 -0.70000000 RUS2004N1040832
167 RUS 2004 m 26 658 1.30000000 RUS2004N1042086
168 RUS 2004 f 26 634 1.80000000 RUS2004N1042149
171 RUS 2004 f 27 1300 -1.80000000 RUS2004N1030455
172 RUS 2014 f 27 800 -0.71391753 RUS2014N619
173 RUS 2014 m 27 1020 -0.71391753 RUS2014N411
174 RUS 2014 m 27 1040 -0.71391753 RUS2014N411
175 RUS 2014 f 27 980 3.28608247 RUS2014N1119
176 RUS 2014 m 27 990 3.28608247 RUS2014N1119
177 RUS 2014 m 27 925 3.28608247 RUS2014N1119
178 RUS 2003 f 27 762 -1.80000000 RUS2003N1030400
179 RUS 2003 f 27 880 -1.80000000 RUS2003N1030415
180 RUS 2003 f 27 1020 -1.80000000 RUS2003N1030406
181 RUS 2003 f 27 950 -1.80000000 RUS2003N1030406
182 RUS 2003 m 27 1060 -1.80000000 RUS2003N1030406
183 RUS 2003 m 27 772 0.20000000 RUS2003N1030400
184 NL 2015 m 27 525 1.06293706 NL2015E222
185 RUS 2014 f 27 830 2.28608247 RUS2014N769
186 RUS 2014 f 27 940 2.28608247 RUS2014N769
187 RUS 2003 m 27 976 -1.80000000 RUS2003N1030402
188 RUS 2003 f 27 1050 -1.80000000 RUS2003N1030413
189 RUS 2003 m 27 1090 -1.80000000 RUS2003N1030414
190 RUS 2003 f 27 1140 -1.80000000 RUS2003N1030413
191 RUS 2003 f 27 1080 -1.80000000 RUS2003N1030414
192 RUS 2004 f 27 630 3.20000000 RUS2004N1030475
193 NL 2012 m 27 290 0.86649874 NL2012W103
194 RUS 2014 m 27 1100 -0.71391753 RUS2014N519
195 RUS 2014 m 27 985 -0.71391753 RUS2014N629
196 RUS 2014 m 27 925 1.28608247 RUS2014N533
197 RUS 2014 f 27 950 2.28608247 RUS2014N452
198 RUS 2003 f 27 1060 -1.80000000 RUS2003N1030411
199 RUS 2005 f 27 990 3.10000000 RUS2005N1050621
204 NL 2012 f 28 237 -0.13350126 NL2012E262
206 RUS 2014 m 28 1085 -1.71391753 RUS2014N321
207 RUS 2014 m 28 1220 -1.71391753 RUS2014N321
208 RUS 2014 m 28 1010 -1.71391753 RUS2014N321
209 RUS 2014 f 28 1005 2.28608247 RUS2014N554
210 RUS 2014 m 28 1040 2.28608247 RUS2014N554
211 RUS 2014 f 28 1005 2.28608247 RUS2014N554
212 RUS 2003 f 28 960 -0.80000000 RUS2003N1030429
213 RUS 2003 m 28 1330 -0.80000000 RUS2003N1030100
214 RUS 2003 f 28 1140 -0.80000000 RUS2003N1030100
215 RUS 2003 m 28 1340 -0.80000000 RUS2003N1030100
216 RUS 2004 m 28 586 -2.20000000 RUS2004N1040279
217 RUS 2005 m 28 894 0.80000000 RUS2005N1040060
218 RUS 2014 m 28 980 -1.71391753 RUS2014N631
219 RUS 2014 f 28 790 1.28608247 RUS2014NT1
220 RUS 2003 f 28 902 -2.80000000 RUS2003N1030196
221 RUS 2004 f 28 744 -3.20000000 RUS2004N1040600
222 RUS 2005 m 28 576 0.80000000 RUS2005N1040130
223 RUS 2005 f 28 517 0.80000000 RUS2005N1040130
224 RUS 2014 f 28 855 2.28608247 RUS2014N1171
225 RUS 2003 f 28 740 -0.80000000 RUS2003N1030090
226 RUS 2004 m 28 792 -2.20000000 RUS2004N1040381
227 RUS 2005 m 28 1034 0.80000000 RUS2005N1040265
231 NL 2015 f 29 430 -0.93706294 NL2015W228
232 NL 2015 f 29 425 -0.93706294 NL2015W228
233 RUS 2014 m 29 843 -2.71391753 RUS2014N418
234 RUS 2014 f 29 1020 -2.71391753 RUS2014N418
235 RUS 2014 m 29 1100 -4.71391753 RUS2014N123
236 RUS 2014 f 29 1100 -4.71391753 RUS2014N123
237 RUS 2014 m 29 1000 -2.71391753 RUS2014N113
238 RUS 2014 m 29 1160 -2.71391753 RUS2014N113
239 RUS 2014 f 29 1000 -2.71391753 RUS2014N113
240 RUS 2014 f 29 1055 -2.71391753 RUS2014N286
241 RUS 2014 f 29 1100 -2.71391753 RUS2014N286
242 RUS 2014 f 29 1125 -0.71391753 RUS2014NT7
243 RUS 2014 f 29 985 -0.71391753 RUS2014N284
244 RUS 2004 f 29 612 0.80000000 RUS2004N1040528
245 RUS 2005 m 29 624 -0.20000000 RUS2005N1040150
246 RUS 2005 f 29 510 -0.20000000 RUS2005N1040150
247 RUS 2005 m 29 1000 -0.20000000 RUS2005N1040151
248 RUS 2005 f 29 902 -0.20000000 RUS2005N1040151
249 RUS 2014 f 29 1115 -2.71391753 RUS2014N672
250 RUS 2014 f 29 1245 -0.71391753 RUS2014N616
251 RUS 2014 m 29 1325 -0.71391753 RUS2014N239
252 RUS 2004 f 29 860 3.20000000 RUS2004N1030484
253 RUS 2005 m 29 708 -0.70000000 RUS2005N1040163
254 RUS 2005 m 29 618 -0.20000000 RUS2005N1040082
255 RUS 2005 f 29 910 -0.20000000 RUS2005N1040137
264 RUS 2014 m 30 1170 0.28608247 RUS2014N61
265 RUS 2004 f 30 1090 0.20000000 RUS2004N1030467
266 RUS 2014 f 30 1030 -0.71391753 RUS2014N866
267 RUS 2014 m 30 1025 -0.71391753 RUS2014N619
268 RUS 2014 m 30 1120 7.28608247 RUS2014N1016
269 RUS 2014 f 30 1000 7.28608247 RUS2014N1016
270 RUS 2014 f 30 890 7.28608247 RUS2014N1016
271 RUS 2004 m 30 954 -2.20000000 RUS2004N1040606
272 RUS 2004 f 30 965 -2.20000000 RUS2004N1040606
273 RUS 2004 m 30 948 -2.20000000 RUS2004N1040606
274 RUS 2005 m 30 1238 -1.20000000 RUS2005N1040217
275 RUS 2005 m 30 1260 -1.20000000 RUS2005N1040217
276 RUS 2005 f 30 1146 -1.20000000 RUS2005N1040217
277 RUS 2014 m 30 1182 -3.71391753 RUS2014N112
279 RUS 2014 m 30 1260 -3.71391753 RUS2014N112
281 RUS 2014 f 30 1200 -3.71391753 RUS2014N364
282 RUS 2014 m 30 1110 -0.71391753 RUS2014N221
283 RUS 2014 m 30 1235 -0.71391753 RUS2014N221
284 RUS 2004 m 30 880 0.20000000 RUS2004N1030442
285 RUS 2004 f 30 720 0.20000000 RUS2004N1030442
286 RUS 2014 m 30 1022 -3.71391753 RUS2014N238
287 RUS 2014 m 30 1120 -3.71391753 RUS2014N270
288 RUS 2014 m 30 1175 -3.71391753 RUS2014N647
289 RUS 2014 f 30 1100 -3.71391753 RUS2014N288
290 RUS 2014 f 30 980 1.28608247 RUS2014N1032
291 RUS 2004 f 30 840 0.20000000 RUS2004N1030449
292 RUS 2005 m 30 1080 -1.40000000 RUS2005N1050085
294 NL 2012 f 31 430 -3.13350126 NL2012W27
295 NL 2012 m 31 405 -3.13350126 NL2012W27
296 NL 2015 m 31 810 -2.93706294 NL2015E149
297 NL 2015 m 31 740 -2.93706294 NL2015E149
298 RUS 2014 f 31 1140 -0.71391753 RUS2014N914
299 RUS 2014 m 31 1255 -0.71391753 RUS2014N914
300 RUS 2014 f 31 1225 -0.71391753 RUS2014N914
301 RUS 2014 m 31 1020 -0.71391753 RUS2014N411
302 RUS 2014 m 31 1255 2.28608247 RUS2014N698
303 RUS 2014 m 31 1235 2.28608247 RUS2014N698
304 RUS 2014 m 31 1120 2.28608247 RUS2014N698
305 RUS 2004 m 31 1204 -0.70000000 RUS2004N1040833
306 RUS 2004 f 31 1024 -0.70000000 RUS2004N1040833
307 RUS 2004 m 31 790 3.20000000 RUS2004N1030475
308 RUS 2004 m 31 824 1.30000000 RUS2004N1042120
309 RUS 2004 f 31 704 1.30000000 RUS2004N1042142
318 NL 2012 f 32 418 -4.13350126 NL2012W70
319 NL 2012 m 32 410 -4.13350126 NL2012W70
320 RUS 2004 m 32 1340 -1.80000000 RUS2004N1030455
321 RUS 2005 f 32 1140 2.10000000 RUS2005N1050173
322 RUS 2005 m 32 1330 2.10000000 RUS2005N1050173
323 RUS 2005 m 32 1300 2.10000000 RUS2005N1050173
324 RUS 2005 m 32 1210 2.10000000 RUS2005N1050173
325 RUS 2005 f 32 1070 2.10000000 RUS2005N1050173
326 NL 2015 m 32 810 -3.93706294 NL2015W40
327 NL 2012 m 32 408 -4.13350126 NL2012E25
328 NL 2012 f 32 282 -4.13350126 NL2012E25
330 RUS 2005 f 32 1050 2.10000000 RUS2005N1050505
331 RUS 2005 f 32 1050 2.10000000 RUS2005N1050505
332 RUS 2005 f 32 930 2.10000000 RUS2005N1050505
333 RUS 2014 f 32 1125 -3.71391753 RUS2014N91
334 RUS 2014 m 32 1402 -3.71391753 RUS2014N91
335 RUS 2014 f 32 1085 -1.71391753 RUS2014N631
336 RUS 2003 f 32 1140 -0.80000000 RUS2003N1030424
337 RUS 2003 m 32 1100 -0.80000000 RUS2003N1030424
338 RUS 2004 m 32 1010 0.20000000 RUS2004N1030457
339 RUS 2005 m 32 1008 -3.20000000 RUS2005N1040180
340 RUS 2005 f 32 830 -3.20000000 RUS2005N1040180
342 RUS 2014 f 32 1140 -5.71391753 RUS2014N117
343 NL 2004 f 32 530 17.50000000 NL2004N1041011
344 RUS 2004 f 32 640 0.20000000 RUS2004N1030459
348 RUS 2014 m 33 1265 -3.71391753 RUS2014N293
349 RUS 2014 m 33 1190 -3.71391753 RUS2014N293
350 RUS 2014 m 33 1225 -3.71391753 RUS2014N293
351 RUS 2014 f 33 1090 -3.71391753 RUS2014N293
352 RUS 2004 m 33 1160 -0.80000000 RUS2004N1030467
354 RUS 2003 m 33 980 -1.80000000 RUS2003N1030415
355 RUS 2004 f 33 476 -2.20000000 RUS2004N1040279
356 RUS 2004 m 33 554 -2.20000000 RUS2004N1040279
357 RUS 2014 f 33 1310 4.28608247 RUS2014N1000
358 RUS 2014 f 33 1060 4.28608247 RUS2014N1000
359 RUS 2003 m 33 842 -1.80000000 RUS2003N1030418
360 RUS 2005 m 33 1050 -2.90000000 RUS2005N1050580
361 RUS 2005 m 33 1226 -2.90000000 RUS2005N1050580
362 RUS 2014 m 33 1190 -2.71391753 RUS2014N175
363 RUS 2014 f 33 1105 4.28608247 RUS2014N755
364 RUS 2014 m 33 1260 4.28608247 RUS2014N801
365 RUS 2003 f 33 850 -1.80000000 RUS2003N1030422
367 RUS 2004 m 33 1054 -2.20000000 RUS2004N1040478
368 RUS 2004 f 33 810 0.20000000 RUS2004N1030456
369 RUS 2004 m 33 944 1.80000000 RUS2004N1041049
370 RUS 2004 m 33 1102 1.30000000 RUS2004N1042127
371 RUS 2004 f 33 1050 1.80000000 RUS2004N1040821
372 RUS 2004 f 33 935 1.80000000 RUS2004N1042131
373 RUS 2005 m 33 868 -4.20000000 RUS2005N1040266
376 NL 2012 m 34 270 -6.13350126 NL2012W15
377 NL 2012 f 34 438 -6.13350126 NL2012W15
379 NL 2012 m 34 440 -6.13350126 NL2012Wun15
380 NL 2012 f 34 440 -6.13350126 NL2012Wun15
383 RUS 2014 f 34 990 -4.71391753 RUS2014N216
384 RUS 2014 f 34 1220 -3.71391753 RUS2014N106
385 RUS 2014 f 34 1090 -3.71391753 RUS2014N106
386 RUS 2014 m 34 1240 -0.71391753 RUS2014NT7
387 RUS 2014 f 34 1085 3.28608247 RUS2014N896
388 RUS 2014 m 34 1110 3.28608247 RUS2014N896
389 RUS 2004 m 34 1074 -1.20000000 RUS2004N1040269
390 RUS 2004 f 34 980 -1.20000000 RUS2004N1040269
391 RUS 2004 f 34 930 0.20000000 RUS2004N1030466
392 RUS 2004 f 34 1042 -3.20000000 RUS2004N1040455
393 RUS 2004 m 34 815 0.80000000 RUS2004N1040516
399 RUS 2014 m 35 1275 -1.71391753 RUS2014N332
400 RUS 2014 f 35 1210 -1.71391753 RUS2014N332
401 RUS 2014 m 35 1230 -1.71391753 RUS2014N332
402 RUS 2014 m 35 1380 2.28608247 RUS2014N733
403 RUS 2014 m 35 1410 2.28608247 RUS2014N733
404 RUS 2014 f 35 1270 2.28608247 RUS2014N733
405 RUS 2014 f 35 1040 2.28608247 RUS2014N1102
406 RUS 2014 f 35 1080 2.28608247 RUS2014N1102
407 RUS 2005 f 35 1150 -0.90000000 RUS2005N1051024
408 RUS 2005 m 35 1390 -0.90000000 RUS2005N1051024
409 NL 2012 m 35 455 -7.13350126 NL2012E121
410 RUS 2014 m 35 1250 -3.71391753 RUS2014N397
411 NL 2005 m 35 990 1.30000000 NL2005N1050244
412 RUS 2004 f 35 1020 -2.20000000 RUS2004N1040437
413 RUS 2005 m 35 1200 -6.40000000 RUS2005N1050422
418 RUS 2004 m 36 1320 -1.80000000 RUS2004N1030455
419 RUS 2004 m 36 1270 -1.80000000 RUS2004N1030455
420 RUS 2004 m 36 1430 -1.80000000 RUS2004N1030455
421 NL 2012 f 36 460 -8.13350126 NL2012Wun5
422 NL 2012 m 36 505 -8.13350126 NL2012Wun5
424 RUS 2004 m 36 916 -3.20000000 RUS2004N1040600
425 RUS 2014 m 36 1300 1.28608247 RUS2014N1451
426 RUS 2005 m 36 1420 -1.40000000 RUS2005N1050054
427 RUS 2005 f 36 1170 -1.90000000 RUS2005N1050270
432 RUS 2013 f 37 1030 -4.78111588 RUS2013N407
433 RUS 2013 f 37 1050 -4.78111588 RUS2013N407
434 RUS 2013 m 37 1140 -4.78111588 RUS2013N407
439 RUS 2014 f 37 1250 0.28608247 RUS2014N422
440 RUS 2004 f 37 1120 -2.20000000 RUS2004N1040480
447 RUS 2014 m 38 1615 -4.71391753 RUS2014N351
448 RUS 2014 f 38 1430 -4.71391753 RUS2014N351
449 RUS 2014 f 38 1225 -0.71391753 RUS2014N386
450 RUS 2014 f 38 1315 -0.71391753 RUS2014N386
451 NL 2015 m 38 940 -2.93706294 NL2015E117
452 NL 2012 m 38 1090 -5.13350126 NL2012E130
453 RUS 2014 f 38 1225 -0.71391753 RUS2014N668
454 RUS 2014 m 38 1430 -0.71391753 RUS2014N493
461 NL 2012 f 39 535 -11.13350126 NL2012E31
462 NL 2012 f 39 195 -11.13350126 NL2012Wun1
463 RUS 2014 m 39 1440 -1.71391753 RUS2014N202
464 RUS 2014 m 39 1250 -1.71391753 RUS2014N202
465 NL 2015 m 39 600 2.06293706 NL2015W280
466 NL 2012 f 39 1090 16.86649874 NL2012E323
467 RUS 2014 f 39 1325 -1.71391753 RUS2014N266
468 NL 2004 m 39 1050 9.00000000 NL2004N1040299
475 RUS 2014 m 40 1480 -2.71391753 RUS2014N300
476 RUS 2014 m 40 1450 -2.71391753 RUS2014N300
477 RUS 2014 m 40 1475 -2.71391753 RUS2014N300
478 RUS 2014 f 40 1230 -2.71391753 RUS2014N656
479 RUS 2014 f 40 1300 -2.71391753 RUS2014N207
480 RUS 2014 m 40 1480 -2.71391753 RUS2014N207
481 RUS 2014 m 40 1310 -2.71391753 RUS2014N656
482 NL 2012 m 40 805 -8.13350126 NL2012W39
483 RUS 2014 m 40 1428 -2.71391753 RUS2014N273
491 RUS 2014 m 41 1110 -3.71391753 RUS2014N615
492 NL 2004 f 41 1000 7.00000000 NL2004N1040255
502 NL 2012 f 44 700 -6.13350126 NL2012W15
503 NL 2005 m 44 1160 -7.20000000 NL2005N1050197
504 NL 2005 m 44 1020 -7.20000000 NL2005N1050197
505 NL 2005 m 44 1240 -7.20000000 NL2005N1050197
506 NL 2005 f 44 1050 -7.20000000 NL2005N1050197
508 NL 2012 m 45 710 -7.13350126 NL2012W9
509 NL 2012 f 45 680 -7.13350126 NL2012W9
510 NL 2012 m 47 1100 -2.13350126 NL2012W154
511 NL 2015 m 47 630 -5.93706294 NL2015W202
512 NL 2012 m 47 1130 -2.13350126 NL2012E197
513 NL 2004 f 47 1210 1.00000000 NL2004N1040149
514 NL 2004 f 47 1250 1.00000000 NL2004N1040157
519 NL 2004 f 50 1320 -2.00000000 NL2004N1040129
520 NL 2004 m 50 1380 -2.00000000 NL2004N1040129
521 NL 2012 f 50 1060 -8.13350126 NL2012E111
522 NL 2004 m 50 1510 -2.00000000 NL2004N1040119
523 NL 2004 f 50 940 -1.50000000 NL2004N1040102
524 NL 2012 m 51 625 -3.13350126 NL2012W27
525 NL 2012 f 51 1325 -6.13350126 NL2012E28
527 NL 2012 f 52 1220 -1.13350126 NL2012E154
528 NL 2004 m 52 1160 -5.00000000 NL2004N1040134
529 NL 2012 m 53 1200 -2.13350126 NL2012W154
530 NL 2012 f 53 880 -5.13350126 NL2012Wun9
531 NL 2012 f 53 880 -5.13350126 NL2012Wun9
532 NL 2004 m 53 1290 -5.00000000 NL2004N1040106
533 NL 2004 m 53 1230 -5.00000000 NL2004N1040106
534 NL 2012 m 53 790 -5.13350126 NL2012Wun12
535 NL 2012 m 53 1130 -2.13350126 NL2012W57
536 NL 2012 f 53 1300 2.86649874 NL2012Wun24
537 NL 2004 m 53 1530 -5.00000000 NL2004N1040063
538 NL 2004 m 54 1450 -5.00000000 NL2004N1040054
539 NL 2004 m 54 1060 -5.00000000 NL2004N1040054
540 NL 2004 f 54 1110 -5.00000000 NL2004N1040054
541 NL 2012 f 54 695 -6.13350126 NL2012E131
542 NL 2012 m 54 935 -6.13350126 NL2012W115
543 NL 2012 f 54 640 -6.13350126 NL2012E131
544 NL 2012 f 54 830 -6.13350126 NL2012W115
545 NL 2004 m 54 1380 -5.00000000 NL2004N1040057
546 NL 2004 f 54 910 -5.00000000 NL2004N1041151
550 NL 2012 m 56 1325 -11.13350126 NL2012E45
551 NL 2012 m 56 900 -5.13350126 NL2012E32
552 NL 2012 f 56 1225 -5.13350126 NL2012E32
553 NL 2015 m 56 1510 0.06293706 NL2015E209
554 NL 2012 f 56 1280 -3.13350126 NL2012W203
555 NL 2012 f 57 1180 -4.13350126 NL2012E25
556 NL 2015 m 57 1180 -7.93706294 NL2015Wu
557 NL 2015 f 57 1080 -0.93706294 NL2015W348
559 NL 2015 f 58 980 -1.93706294 NL2015E93
560 NL 2015 f 58 1040 -1.93706294 NL2015Eu
562 NL 2015 f 59 1040 -2.93706294 NL2015W216
563 NL 2015 f 59 1030 -2.93706294 NL2015W216
564 NL 2015 f 59 1140 -2.93706294 NL2015W216
565 NL 2015 m 59 1440 -2.93706294 NL2015E66
566 NL 2012 f 59 1360 -8.13350126 NL2012W35
567 NL 2012 m 60 1070 -15.13350126 NL2012W49
569 NL 2012 m 62 1400 -11.13350126 NL2012E37")
bmgrp <- groupedData(bm ~ age | year, data = bmdata)
options(contrasts = c("contr.sum","contr.poly"))
contrasts(bmgrp$pop); contrasts(bmgrp$sex)
startvalues <- c(31.228925, 75.552237, 12.708210, 9.427097)
在互联网上进一步搜索后，我找到了以下文章：Zhou 等人。 (2007)：使用非线性交叉随机效应模型描述热应激荷斯坦奶牛血清催乳素浓度的昼夜节律模式
(http://newprairiepress.org/cgi/viewcontent.cgi?article=1113&context=agstatconference)。他们在 nlme 中写了以下关于交叉随机效应的内容：
拟合具有交叉和嵌套随机效应的非线性混合模型仍然是统计学中一个具有挑战性的新课题。 […] R 中的 NLME 包对于拟合多级非线性混合效应非常强大
具有嵌套随机效应的模型，但它不适合非线性混合效应模型
具有交叉随机效应（Pinheiro 和 Bates，2000）。拉斯巴什和戈尔茨坦 (1994)
显示如何将具有交叉随机效应的线性混合模型作为纯
嵌套随机效应的分层公式。 Zhou, Parkhurst, et al (2006) (http://newprairiepress.org/agstatconference/2006/proceedings/11/) 开发了一种方法，使 R 中的 NLME 能够拟合具有交叉随机的非线性混合效应模型effects 基于 Rasbash 和 Goldstein 的线性混合效应模型的想法。 此方法可用于拟合具有任意水平的交叉和嵌套随机效应的非线性混合效应模型。但是，只能估计交叉随机效应的一种相关性。用于拟合非线性混合效应模型的 NLME 代码 [...] 记录在附录中。
# Feeding Event is specified as the lowest hierarchical level grouping factor
# (hierarchical level 1 grouping factor)
# Specify Pig as a standard hierarchical level 2 grouping factor
# Create a new grouping factor as the highest hierarchical level
# (hierarchical level 3 grouping factor) with one level spanning the entire data set
newGF <- factor(rep(1,length(heat$Y)))
# Specify that each level of Period has a coefficient random at newGF
# “ -1” indicates that the specific term factor(Period ) does not have an intercept
# It is not possible to estimate the correlation associated with Period.
full.nlme <-
nlme(model = Y ~ Y0 + KG * (exp(-KD * X) - exp(-KG * X))/(KG - KD),
fixed = Y0 + KG + KD ~ factor(Trt),
random = list(newGF = pdIdent(Y0 ~ factor(Period) -1),
newGF = pdIdent(KG ~ factor(Period) -1),
newGF = pdIdent(KD ~ factor(Period) -1),
Pig = pdDiag(Y0 + KG + KD ~ 1),
Event = pdDiag(Y0 + KG + KD ~ 1)),
start = c(39, 0, 0, 60, 0, 0, 20, 0, 0), data = heat)
我将此语法应用到我的案例中 - 并且有效！
这是：
fmbm1 <- nlme(bm ~ SSlogis(age, Asym, xmid, scal), data = bmgrp,
fixed = Asym + xmid + scal ~ 1,
random = list(dummy = pdIdent(Asym ~ factor(year) - 1),
dummy = pdIdent(xmid ~ factor(year) - 1),
dummy = pdIdent(scal ~ factor(year) - 1),
brood = pdDiag(Asym + xmid + scal ~ 1)),
start = coef(fmbml), na.action = na.omit)
> summary(fmbm1)
Nonlinear mixed-effects model fit by maximum likelihood
Model: bm ~ SSlogis(age, Asym, xmid, scal)
Data: bmgrp
AIC BIC logLik
5505.905 5546.235 -2742.952
Random effects:
Formula: Asym ~ factor(year) - 1 | dummy
Structure: Multiple of an Identity
Asym.factor(year)2013 Asym.factor(year)2012 Asym.factor(year)2003 Asym.factor(year)2005 Asym.factor(year)2015 Asym.factor(year)2004
StdDev: 0.004011662 0.004011662 0.004011662 0.004011662 0.004011662 0.004011662
Asym.factor(year)2014
StdDev: 0.004011662
Formula: xmid ~ factor(year) - 1 | dummy %in% dummy
Structure: Multiple of an Identity
xmid.factor(year)2013 xmid.factor(year)2012 xmid.factor(year)2003 xmid.factor(year)2005 xmid.factor(year)2015 xmid.factor(year)2004
StdDev: 8.630687 8.630687 8.630687 8.630687 8.630687 8.630687
xmid.factor(year)2014
StdDev: 8.630687
Formula: scal ~ factor(year) - 1 | dummy %in% dummy %in% dummy
Structure: Multiple of an Identity
scal.factor(year)2013 scal.factor(year)2012 scal.factor(year)2003 scal.factor(year)2005 scal.factor(year)2015 scal.factor(year)2004
StdDev: 1.890416 1.890416 1.890416 1.890416 1.890416 1.890416
scal.factor(year)2014
StdDev: 1.890416
Formula: list(Asym ~ 1, xmid ~ 1, scal ~ 1)
Level: brood %in% dummy %in% dummy %in% dummy
Structure: Diagonal
Asym xmid scal Residual
StdDev: 2.176433e-05 5.079293 0.001926683 99.83194
Fixed effects: Asym + xmid + scal ~ 1
Value Std.Error DF t-value p-value
Asym.(Intercept) 1721.7518 123.05426 153 13.991810 0
xmid.(Intercept) 32.1919 3.83007 153 8.405047 0
scal.(Intercept) 11.5256 1.36451 153 8.446679 0
Correlation:
As.(I) xm.(I)
xmid.(Intercept) 0.495
scal.(Intercept) 0.734 0.369
Standardized Within-Group Residuals:
Min Q1 Med Q3 Max
-2.20621393 -0.43418898 0.01076569 0.40318446 2.34353430
Number of Observations: 417
Number of Groups:
dummy dummy.1 %in% dummy dummy.2 %in% dummy.1 %in% dummy
1 1 1
brood %in% dummy.2 %in% dummy.1 %in% dummy
262
>
我的非线性混合效应模型在 age 上回归体重 (bm)。我想考虑 brood 嵌套在 year 中，但由于育雏只能发生在数据集中七年之一，因此 year 和 [= 的随机效应15=]应该被划掉。
在 Pinheiro & Bates (2000)：“S 和 S-plus 中的混合效应模型”（http://link.springer.com/book/10.1007%2Fb98882）中，有一个具有交叉随机效应的示例：细胞培养的全因子模型bioassay 用于表示固定效应，三个随机效应用于解释块、行和列效应，最后两个随机效应嵌套在块内，但相互交叉。这是如下实现的（第 163 - 165 页）：
options( contrasts = c("contr.treatment", "contr.poly") )
fm1Assay <- lme( logDens ~ sample * dilut, Assay,
random = pdBlocked(list(pdIdent(~ 1), pdIdent(~ sample - 1), pdIdent(~ dilut - 1))) )
他们的示例是线性混合模型，但语法也适用于非线性混合模型。因此，我为我的模型尝试了以下方法（但是我不知道，为什么嵌套效果必须在协变量之后有 -1）：
fmbm1 <- nlme(bm ~ SSlogis(age, Asym, xmid, scal), data = bmgrp,
fixed = Asym + xmid + scal ~ 1,
random = pdBlocked(list(pdIdent(Asym + xmid + scal ~ 1),
pdIdent(Asym + xmid + scal ~ brood - 1))),
start = startvalues, na.action = na.omit)
但是这个语法似乎是错误的，因为它使 R 冻结（甚至没有错误消息，R 只是不再响应所以我需要强制退出 R）。
关于如何在 nlme.
这是我的数据结构，下面是之前的 R 代码：
> str(bmgrp)
Classes ‘nfnGroupedData’, ‘nfGroupedData’, ‘groupedData’ and 'data.frame': 428 obs. of 7 variables:
$ pop : Factor w/ 2 levels "NL","RUS": 1 2 2 2 2 2 1 2 2 2 ...
$ year : Ord.factor w/ 7 levels "2013"<"2012"<..: 5 1 1 7 1 1 2 1 1 1 ...
$ sex : Factor w/ 2 levels "f","m": 2 1 1 2 1 2 1 2 1 2 ...
$ age : int 0 0 7 8 10 10 10 12 12 12 ...
$ bm : int 80 85 137 165 225 227 132 215 183 195 ...
$ relhatch: num 4.06 4.22 4.22 4.29 1.22 ...
$ brood : Factor w/ 270 levels "","NL2004N1040054",..: 61 189 189 205 190 190 27 187 187 187 ...
bmdata <- read.table(header = TRUE, stringsAsFactors = TRUE, text = "
ID pop year sex age bm relhatch brood
1 NL 2015 m 0 80 4.06293706 NL2015E278
2 RUS 2013 f 0 85 4.22000000 RUS2013N350
7 RUS 2013 f 7 137 4.21888412 RUS2013N350
9 RUS 2014 m 8 165 4.28608247 RUS2014N1372
11 RUS 2013 f 10 225 1.21888412 RUS2013N396
12 RUS 2013 m 10 227 1.21888412 RUS2013N396
13 NL 2012 f 10 132 0.86649874 NL2012E262
17 RUS 2013 m 12 215 -0.78111588 RUS2013N120
18 RUS 2013 f 12 183 -0.78111588 RUS2013N120
19 RUS 2013 m 12 195 -0.78111588 RUS2013N120
21 RUS 2014 m 13 325 -0.71391753 RUS2014N235
22 RUS 2014 m 13 280 -0.71391753 RUS2014N235
27 RUS 2013 m 16 498 -4.78111588 RUS2013N60
28 RUS 2005 m 17 870 3.20000000 RUS2005N1030701
29 NL 2012 m 18 324 -11.13350126 NL2012E45
32 RUS 2003 f 19 880 1.20000000 RUS2003N1030266
33 RUS 2005 f 19 750 6.10000000 RUS2005N1051002
35 RUS 2004 f 20 670 3.20000000 RUS2004N1030477
36 RUS 2004 m 20 790 3.20000000 RUS2004N1030491
37 RUS 2004 m 20 940 3.20000000 RUS2004N1030476
39 RUS 2004 f 20 900 3.20000000 RUS2004N1030521
40 RUS 2004 f 20 740 3.20000000 RUS2004N1030473
41 RUS 2003 m 21 980 -0.80000000 RUS2003N1030429
42 NL 2012 f 21 260 -2.13350126 NL2012Wun23
44 RUS 2014 m 21 620 -3.71391753 RUS2014N248
45 RUS 2003 m 21 1080 -0.80000000 RUS2003N1030045
46 NL 2012 m 21 237 -0.13350126 NL2012E265
47 RUS 2004 m 21 572 2.80000000 RUS2004N1040648
48 RUS 2004 m 21 940 3.20000000 RUS2004N1030482
49 RUS 2004 m 21 450 4.20000000 RUS2004N1030645
53 RUS 2014 f 22 660 -0.71391753 RUS2014N866
54 RUS 2003 f 22 890 -1.80000000 RUS2003N1030415
55 RUS 2005 f 22 684 0.80000000 RUS2005N1040060
56 RUS 2005 f 22 652 0.80000000 RUS2005N1040060
57 RUS 2003 f 22 776 -1.80000000 RUS2003N1030418
58 RUS 2004 m 22 672 1.80000000 RUS2004N1042138
59 RUS 2004 f 22 622 1.80000000 RUS2004N1042138
61 RUS 2004 m 22 472 3.30000000 RUS2004N1042092
62 RUS 2004 f 22 438 3.30000000 RUS2004N1042092
63 NL 2012 m 22 222 7.86649874 NL2012W213
64 RUS 2003 m 22 1410 -1.80000000 RUS2003N1030417
65 RUS 2003 f 22 1010 -1.80000000 RUS2003N1030089
66 RUS 2004 f 22 612 1.20000000 RUS2004N1030470
67 RUS 2004 m 22 598 1.80000000 RUS2004N1042139
68 RUS 2004 f 22 316 1.30000000 RUS2004N1042114
69 RUS 2004 m 22 420 3.20000000 RUS2004N1030474
70 RUS 2004 m 22 370 3.30000000 RUS2004N1042095
76 RUS 2004 f 23 1080 0.20000000 RUS2004N1030467
77 RUS 2003 f 23 854 -2.80000000 RUS2003N1030196
78 RUS 2003 f 23 897 -1.80000000 RUS2003N1030402
79 RUS 2003 m 23 1210 -1.80000000 RUS2003N1030416
80 RUS 2003 f 23 1180 -1.80000000 RUS2003N1030416
81 RUS 2004 m 23 990 0.20000000 RUS2004N1030446
82 RUS 2004 f 23 990 0.20000000 RUS2004N1030446
83 RUS 2004 f 23 1110 0.20000000 RUS2004N1030461
84 RUS 2014 m 23 710 -5.71391753 RUS2014N160
85 RUS 2014 f 23 695 -1.71391753 RUS2014N600
86 RUS 2003 m 23 1230 -1.80000000 RUS2003N1030404
87 RUS 2004 m 23 870 0.20000000 RUS2004N1030465
88 RUS 2004 f 23 500 0.80000000 RUS2004N1040578
89 RUS 2004 m 23 598 0.80000000 RUS2004N1040288
90 RUS 2004 f 23 480 2.80000000 RUS2004N1040685
91 RUS 2004 m 23 444 2.80000000 RUS2004N1040688
92 RUS 2005 f 23 820 -0.80000000 RUS2005N1030706
99 RUS 2004 m 24 1120 -0.80000000 RUS2004N1030467
100 RUS 2004 m 24 612 -0.20000000 RUS2004N1040474
101 RUS 2004 m 24 642 -0.20000000 RUS2004N1040474
102 RUS 2004 m 24 634 -0.20000000 RUS2004N1040474
103 RUS 2014 f 24 740 2.28608247 RUS2014N49
104 RUS 2014 f 24 840 2.28608247 RUS2014N49
105 RUS 2014 m 24 900 2.28608247 RUS2014N49
106 RUS 2005 m 24 972 0.80000000 RUS2005N1040106
107 RUS 2005 f 24 820 0.80000000 RUS2005N1040106
108 RUS 2005 f 24 910 0.80000000 RUS2005N1040106
109 RUS 2014 m 24 980 2.28608247 RUS2014N759
110 RUS 2014 f 24 775 2.28608247 RUS2014N759
111 RUS 2004 f 24 870 0.20000000 RUS2004N1030457
112 RUS 2004 f 24 516 0.80000000 RUS2004N1040528
113 RUS 2004 f 24 672 1.80000000 RUS2004N1040828
114 RUS 2004 f 24 604 1.80000000 RUS2004N1040828
115 RUS 2004 m 24 790 3.20000000 RUS2004N1030491
116 RUS 2004 m 24 940 3.20000000 RUS2004N1030487
117 RUS 2004 m 24 1040 3.20000000 RUS2004N1030487
118 NL 2015 m 24 300 4.06293706 NL2015E278
119 NL 2012 m 24 258 -8.13350126 NL2012Eun7
120 NL 2012 f 24 190 3.86649874 NL2012E239
121 RUS 2014 m 24 1085 2.28608247 RUS2014N858
122 RUS 2003 m 24 1100 1.20000000 RUS2003N1030333
123 RUS 2004 m 24 610 -0.70000000 RUS2004N1040622
124 RUS 2004 m 24 674 -0.20000000 RUS2004N1040444
125 RUS 2004 m 24 772 -0.20000000 RUS2004N1040285
126 RUS 2004 m 24 760 -0.20000000 RUS2004N1040571
127 RUS 2005 m 24 1060 0.80000000 RUS2005N1040118
139 RUS 2014 f 25 860 4.28608247 RUS2014N766
140 RUS 2014 m 25 1040 4.28608247 RUS2014N766
142 NL 2015 f 25 490 -0.93706294 NL2015W224
143 RUS 2014 m 25 1002 1.28608247 RUS2014NT1
144 RUS 2014 f 25 880 1.28608247 RUS2014N812
145 RUS 2014 m 25 955 1.28608247 RUS2014N111
146 RUS 2014 m 25 985 1.28608247 RUS2014N111
147 RUS 2003 f 25 980 -0.80000000 RUS2003N1030045
148 RUS 2004 f 25 1070 0.20000000 RUS2004N1030466
149 RUS 2004 m 25 1050 0.20000000 RUS2004N1030439
150 RUS 2004 f 25 940 0.20000000 RUS2004N1030439
151 RUS 2004 f 25 900 0.20000000 RUS2004N1030461
152 RUS 2014 m 25 985 1.28608247 RUS2014N602
153 RUS 2004 m 25 560 -1.20000000 RUS2004N1040503
154 RUS 2004 f 25 680 0.20000000 RUS2004N1030437
155 RUS 2004 f 25 910 0.20000000 RUS2004N1030451
156 RUS 2004 m 25 484 0.80000000 RUS2004N1040541
158 RUS 2014 f 26 985 0.28608247 RUS2014N61
159 RUS 2014 f 26 882 0.28608247 RUS2014N61
160 RUS 2004 m 26 626 -0.20000000 RUS2004N1040474
161 RUS 2003 f 26 900 -0.80000000 RUS2003N1030429
162 RUS 2004 m 26 810 3.20000000 RUS2004N1030476
163 RUS 2014 f 26 860 0.28608247 RUS2014N706
164 RUS 2014 f 26 945 2.28608247 RUS2014N963
165 NL 2004 f 26 480 23.00000000 NL2004N1040293
166 RUS 2004 f 26 720 -0.70000000 RUS2004N1040832
167 RUS 2004 m 26 658 1.30000000 RUS2004N1042086
168 RUS 2004 f 26 634 1.80000000 RUS2004N1042149
171 RUS 2004 f 27 1300 -1.80000000 RUS2004N1030455
172 RUS 2014 f 27 800 -0.71391753 RUS2014N619
173 RUS 2014 m 27 1020 -0.71391753 RUS2014N411
174 RUS 2014 m 27 1040 -0.71391753 RUS2014N411
175 RUS 2014 f 27 980 3.28608247 RUS2014N1119
176 RUS 2014 m 27 990 3.28608247 RUS2014N1119
177 RUS 2014 m 27 925 3.28608247 RUS2014N1119
178 RUS 2003 f 27 762 -1.80000000 RUS2003N1030400
179 RUS 2003 f 27 880 -1.80000000 RUS2003N1030415
180 RUS 2003 f 27 1020 -1.80000000 RUS2003N1030406
181 RUS 2003 f 27 950 -1.80000000 RUS2003N1030406
182 RUS 2003 m 27 1060 -1.80000000 RUS2003N1030406
183 RUS 2003 m 27 772 0.20000000 RUS2003N1030400
184 NL 2015 m 27 525 1.06293706 NL2015E222
185 RUS 2014 f 27 830 2.28608247 RUS2014N769
186 RUS 2014 f 27 940 2.28608247 RUS2014N769
187 RUS 2003 m 27 976 -1.80000000 RUS2003N1030402
188 RUS 2003 f 27 1050 -1.80000000 RUS2003N1030413
189 RUS 2003 m 27 1090 -1.80000000 RUS2003N1030414
190 RUS 2003 f 27 1140 -1.80000000 RUS2003N1030413
191 RUS 2003 f 27 1080 -1.80000000 RUS2003N1030414
192 RUS 2004 f 27 630 3.20000000 RUS2004N1030475
193 NL 2012 m 27 290 0.86649874 NL2012W103
194 RUS 2014 m 27 1100 -0.71391753 RUS2014N519
195 RUS 2014 m 27 985 -0.71391753 RUS2014N629
196 RUS 2014 m 27 925 1.28608247 RUS2014N533
197 RUS 2014 f 27 950 2.28608247 RUS2014N452
198 RUS 2003 f 27 1060 -1.80000000 RUS2003N1030411
199 RUS 2005 f 27 990 3.10000000 RUS2005N1050621
204 NL 2012 f 28 237 -0.13350126 NL2012E262
206 RUS 2014 m 28 1085 -1.71391753 RUS2014N321
207 RUS 2014 m 28 1220 -1.71391753 RUS2014N321
208 RUS 2014 m 28 1010 -1.71391753 RUS2014N321
209 RUS 2014 f 28 1005 2.28608247 RUS2014N554
210 RUS 2014 m 28 1040 2.28608247 RUS2014N554
211 RUS 2014 f 28 1005 2.28608247 RUS2014N554
212 RUS 2003 f 28 960 -0.80000000 RUS2003N1030429
213 RUS 2003 m 28 1330 -0.80000000 RUS2003N1030100
214 RUS 2003 f 28 1140 -0.80000000 RUS2003N1030100
215 RUS 2003 m 28 1340 -0.80000000 RUS2003N1030100
216 RUS 2004 m 28 586 -2.20000000 RUS2004N1040279
217 RUS 2005 m 28 894 0.80000000 RUS2005N1040060
218 RUS 2014 m 28 980 -1.71391753 RUS2014N631
219 RUS 2014 f 28 790 1.28608247 RUS2014NT1
220 RUS 2003 f 28 902 -2.80000000 RUS2003N1030196
221 RUS 2004 f 28 744 -3.20000000 RUS2004N1040600
222 RUS 2005 m 28 576 0.80000000 RUS2005N1040130
223 RUS 2005 f 28 517 0.80000000 RUS2005N1040130
224 RUS 2014 f 28 855 2.28608247 RUS2014N1171
225 RUS 2003 f 28 740 -0.80000000 RUS2003N1030090
226 RUS 2004 m 28 792 -2.20000000 RUS2004N1040381
227 RUS 2005 m 28 1034 0.80000000 RUS2005N1040265
231 NL 2015 f 29 430 -0.93706294 NL2015W228
232 NL 2015 f 29 425 -0.93706294 NL2015W228
233 RUS 2014 m 29 843 -2.71391753 RUS2014N418
234 RUS 2014 f 29 1020 -2.71391753 RUS2014N418
235 RUS 2014 m 29 1100 -4.71391753 RUS2014N123
236 RUS 2014 f 29 1100 -4.71391753 RUS2014N123
237 RUS 2014 m 29 1000 -2.71391753 RUS2014N113
238 RUS 2014 m 29 1160 -2.71391753 RUS2014N113
239 RUS 2014 f 29 1000 -2.71391753 RUS2014N113
240 RUS 2014 f 29 1055 -2.71391753 RUS2014N286
241 RUS 2014 f 29 1100 -2.71391753 RUS2014N286
242 RUS 2014 f 29 1125 -0.71391753 RUS2014NT7
243 RUS 2014 f 29 985 -0.71391753 RUS2014N284
244 RUS 2004 f 29 612 0.80000000 RUS2004N1040528
245 RUS 2005 m 29 624 -0.20000000 RUS2005N1040150
246 RUS 2005 f 29 510 -0.20000000 RUS2005N1040150
247 RUS 2005 m 29 1000 -0.20000000 RUS2005N1040151
248 RUS 2005 f 29 902 -0.20000000 RUS2005N1040151
249 RUS 2014 f 29 1115 -2.71391753 RUS2014N672
250 RUS 2014 f 29 1245 -0.71391753 RUS2014N616
251 RUS 2014 m 29 1325 -0.71391753 RUS2014N239
252 RUS 2004 f 29 860 3.20000000 RUS2004N1030484
253 RUS 2005 m 29 708 -0.70000000 RUS2005N1040163
254 RUS 2005 m 29 618 -0.20000000 RUS2005N1040082
255 RUS 2005 f 29 910 -0.20000000 RUS2005N1040137
264 RUS 2014 m 30 1170 0.28608247 RUS2014N61
265 RUS 2004 f 30 1090 0.20000000 RUS2004N1030467
266 RUS 2014 f 30 1030 -0.71391753 RUS2014N866
267 RUS 2014 m 30 1025 -0.71391753 RUS2014N619
268 RUS 2014 m 30 1120 7.28608247 RUS2014N1016
269 RUS 2014 f 30 1000 7.28608247 RUS2014N1016
270 RUS 2014 f 30 890 7.28608247 RUS2014N1016
271 RUS 2004 m 30 954 -2.20000000 RUS2004N1040606
272 RUS 2004 f 30 965 -2.20000000 RUS2004N1040606
273 RUS 2004 m 30 948 -2.20000000 RUS2004N1040606
274 RUS 2005 m 30 1238 -1.20000000 RUS2005N1040217
275 RUS 2005 m 30 1260 -1.20000000 RUS2005N1040217
276 RUS 2005 f 30 1146 -1.20000000 RUS2005N1040217
277 RUS 2014 m 30 1182 -3.71391753 RUS2014N112
279 RUS 2014 m 30 1260 -3.71391753 RUS2014N112
281 RUS 2014 f 30 1200 -3.71391753 RUS2014N364
282 RUS 2014 m 30 1110 -0.71391753 RUS2014N221
283 RUS 2014 m 30 1235 -0.71391753 RUS2014N221
284 RUS 2004 m 30 880 0.20000000 RUS2004N1030442
285 RUS 2004 f 30 720 0.20000000 RUS2004N1030442
286 RUS 2014 m 30 1022 -3.71391753 RUS2014N238
287 RUS 2014 m 30 1120 -3.71391753 RUS2014N270
288 RUS 2014 m 30 1175 -3.71391753 RUS2014N647
289 RUS 2014 f 30 1100 -3.71391753 RUS2014N288
290 RUS 2014 f 30 980 1.28608247 RUS2014N1032
291 RUS 2004 f 30 840 0.20000000 RUS2004N1030449
292 RUS 2005 m 30 1080 -1.40000000 RUS2005N1050085
294 NL 2012 f 31 430 -3.13350126 NL2012W27
295 NL 2012 m 31 405 -3.13350126 NL2012W27
296 NL 2015 m 31 810 -2.93706294 NL2015E149
297 NL 2015 m 31 740 -2.93706294 NL2015E149
298 RUS 2014 f 31 1140 -0.71391753 RUS2014N914
299 RUS 2014 m 31 1255 -0.71391753 RUS2014N914
300 RUS 2014 f 31 1225 -0.71391753 RUS2014N914
301 RUS 2014 m 31 1020 -0.71391753 RUS2014N411
302 RUS 2014 m 31 1255 2.28608247 RUS2014N698
303 RUS 2014 m 31 1235 2.28608247 RUS2014N698
304 RUS 2014 m 31 1120 2.28608247 RUS2014N698
305 RUS 2004 m 31 1204 -0.70000000 RUS2004N1040833
306 RUS 2004 f 31 1024 -0.70000000 RUS2004N1040833
307 RUS 2004 m 31 790 3.20000000 RUS2004N1030475
308 RUS 2004 m 31 824 1.30000000 RUS2004N1042120
309 RUS 2004 f 31 704 1.30000000 RUS2004N1042142
318 NL 2012 f 32 418 -4.13350126 NL2012W70
319 NL 2012 m 32 410 -4.13350126 NL2012W70
320 RUS 2004 m 32 1340 -1.80000000 RUS2004N1030455
321 RUS 2005 f 32 1140 2.10000000 RUS2005N1050173
322 RUS 2005 m 32 1330 2.10000000 RUS2005N1050173
323 RUS 2005 m 32 1300 2.10000000 RUS2005N1050173
324 RUS 2005 m 32 1210 2.10000000 RUS2005N1050173
325 RUS 2005 f 32 1070 2.10000000 RUS2005N1050173
326 NL 2015 m 32 810 -3.93706294 NL2015W40
327 NL 2012 m 32 408 -4.13350126 NL2012E25
328 NL 2012 f 32 282 -4.13350126 NL2012E25
330 RUS 2005 f 32 1050 2.10000000 RUS2005N1050505
331 RUS 2005 f 32 1050 2.10000000 RUS2005N1050505
332 RUS 2005 f 32 930 2.10000000 RUS2005N1050505
333 RUS 2014 f 32 1125 -3.71391753 RUS2014N91
334 RUS 2014 m 32 1402 -3.71391753 RUS2014N91
335 RUS 2014 f 32 1085 -1.71391753 RUS2014N631
336 RUS 2003 f 32 1140 -0.80000000 RUS2003N1030424
337 RUS 2003 m 32 1100 -0.80000000 RUS2003N1030424
338 RUS 2004 m 32 1010 0.20000000 RUS2004N1030457
339 RUS 2005 m 32 1008 -3.20000000 RUS2005N1040180
340 RUS 2005 f 32 830 -3.20000000 RUS2005N1040180
342 RUS 2014 f 32 1140 -5.71391753 RUS2014N117
343 NL 2004 f 32 530 17.50000000 NL2004N1041011
344 RUS 2004 f 32 640 0.20000000 RUS2004N1030459
348 RUS 2014 m 33 1265 -3.71391753 RUS2014N293
349 RUS 2014 m 33 1190 -3.71391753 RUS2014N293
350 RUS 2014 m 33 1225 -3.71391753 RUS2014N293
351 RUS 2014 f 33 1090 -3.71391753 RUS2014N293
352 RUS 2004 m 33 1160 -0.80000000 RUS2004N1030467
354 RUS 2003 m 33 980 -1.80000000 RUS2003N1030415
355 RUS 2004 f 33 476 -2.20000000 RUS2004N1040279
356 RUS 2004 m 33 554 -2.20000000 RUS2004N1040279
357 RUS 2014 f 33 1310 4.28608247 RUS2014N1000
358 RUS 2014 f 33 1060 4.28608247 RUS2014N1000
359 RUS 2003 m 33 842 -1.80000000 RUS2003N1030418
360 RUS 2005 m 33 1050 -2.90000000 RUS2005N1050580
361 RUS 2005 m 33 1226 -2.90000000 RUS2005N1050580
362 RUS 2014 m 33 1190 -2.71391753 RUS2014N175
363 RUS 2014 f 33 1105 4.28608247 RUS2014N755
364 RUS 2014 m 33 1260 4.28608247 RUS2014N801
365 RUS 2003 f 33 850 -1.80000000 RUS2003N1030422
367 RUS 2004 m 33 1054 -2.20000000 RUS2004N1040478
368 RUS 2004 f 33 810 0.20000000 RUS2004N1030456
369 RUS 2004 m 33 944 1.80000000 RUS2004N1041049
370 RUS 2004 m 33 1102 1.30000000 RUS2004N1042127
371 RUS 2004 f 33 1050 1.80000000 RUS2004N1040821
372 RUS 2004 f 33 935 1.80000000 RUS2004N1042131
373 RUS 2005 m 33 868 -4.20000000 RUS2005N1040266
376 NL 2012 m 34 270 -6.13350126 NL2012W15
377 NL 2012 f 34 438 -6.13350126 NL2012W15
379 NL 2012 m 34 440 -6.13350126 NL2012Wun15
380 NL 2012 f 34 440 -6.13350126 NL2012Wun15
383 RUS 2014 f 34 990 -4.71391753 RUS2014N216
384 RUS 2014 f 34 1220 -3.71391753 RUS2014N106
385 RUS 2014 f 34 1090 -3.71391753 RUS2014N106
386 RUS 2014 m 34 1240 -0.71391753 RUS2014NT7
387 RUS 2014 f 34 1085 3.28608247 RUS2014N896
388 RUS 2014 m 34 1110 3.28608247 RUS2014N896
389 RUS 2004 m 34 1074 -1.20000000 RUS2004N1040269
390 RUS 2004 f 34 980 -1.20000000 RUS2004N1040269
391 RUS 2004 f 34 930 0.20000000 RUS2004N1030466
392 RUS 2004 f 34 1042 -3.20000000 RUS2004N1040455
393 RUS 2004 m 34 815 0.80000000 RUS2004N1040516
399 RUS 2014 m 35 1275 -1.71391753 RUS2014N332
400 RUS 2014 f 35 1210 -1.71391753 RUS2014N332
401 RUS 2014 m 35 1230 -1.71391753 RUS2014N332
402 RUS 2014 m 35 1380 2.28608247 RUS2014N733
403 RUS 2014 m 35 1410 2.28608247 RUS2014N733
404 RUS 2014 f 35 1270 2.28608247 RUS2014N733
405 RUS 2014 f 35 1040 2.28608247 RUS2014N1102
406 RUS 2014 f 35 1080 2.28608247 RUS2014N1102
407 RUS 2005 f 35 1150 -0.90000000 RUS2005N1051024
408 RUS 2005 m 35 1390 -0.90000000 RUS2005N1051024
409 NL 2012 m 35 455 -7.13350126 NL2012E121
410 RUS 2014 m 35 1250 -3.71391753 RUS2014N397
411 NL 2005 m 35 990 1.30000000 NL2005N1050244
412 RUS 2004 f 35 1020 -2.20000000 RUS2004N1040437
413 RUS 2005 m 35 1200 -6.40000000 RUS2005N1050422
418 RUS 2004 m 36 1320 -1.80000000 RUS2004N1030455
419 RUS 2004 m 36 1270 -1.80000000 RUS2004N1030455
420 RUS 2004 m 36 1430 -1.80000000 RUS2004N1030455
421 NL 2012 f 36 460 -8.13350126 NL2012Wun5
422 NL 2012 m 36 505 -8.13350126 NL2012Wun5
424 RUS 2004 m 36 916 -3.20000000 RUS2004N1040600
425 RUS 2014 m 36 1300 1.28608247 RUS2014N1451
426 RUS 2005 m 36 1420 -1.40000000 RUS2005N1050054
427 RUS 2005 f 36 1170 -1.90000000 RUS2005N1050270
432 RUS 2013 f 37 1030 -4.78111588 RUS2013N407
433 RUS 2013 f 37 1050 -4.78111588 RUS2013N407
434 RUS 2013 m 37 1140 -4.78111588 RUS2013N407
439 RUS 2014 f 37 1250 0.28608247 RUS2014N422
440 RUS 2004 f 37 1120 -2.20000000 RUS2004N1040480
447 RUS 2014 m 38 1615 -4.71391753 RUS2014N351
448 RUS 2014 f 38 1430 -4.71391753 RUS2014N351
449 RUS 2014 f 38 1225 -0.71391753 RUS2014N386
450 RUS 2014 f 38 1315 -0.71391753 RUS2014N386
451 NL 2015 m 38 940 -2.93706294 NL2015E117
452 NL 2012 m 38 1090 -5.13350126 NL2012E130
453 RUS 2014 f 38 1225 -0.71391753 RUS2014N668
454 RUS 2014 m 38 1430 -0.71391753 RUS2014N493
461 NL 2012 f 39 535 -11.13350126 NL2012E31
462 NL 2012 f 39 195 -11.13350126 NL2012Wun1
463 RUS 2014 m 39 1440 -1.71391753 RUS2014N202
464 RUS 2014 m 39 1250 -1.71391753 RUS2014N202
465 NL 2015 m 39 600 2.06293706 NL2015W280
466 NL 2012 f 39 1090 16.86649874 NL2012E323
467 RUS 2014 f 39 1325 -1.71391753 RUS2014N266
468 NL 2004 m 39 1050 9.00000000 NL2004N1040299
475 RUS 2014 m 40 1480 -2.71391753 RUS2014N300
476 RUS 2014 m 40 1450 -2.71391753 RUS2014N300
477 RUS 2014 m 40 1475 -2.71391753 RUS2014N300
478 RUS 2014 f 40 1230 -2.71391753 RUS2014N656
479 RUS 2014 f 40 1300 -2.71391753 RUS2014N207
480 RUS 2014 m 40 1480 -2.71391753 RUS2014N207
481 RUS 2014 m 40 1310 -2.71391753 RUS2014N656
482 NL 2012 m 40 805 -8.13350126 NL2012W39
483 RUS 2014 m 40 1428 -2.71391753 RUS2014N273
491 RUS 2014 m 41 1110 -3.71391753 RUS2014N615
492 NL 2004 f 41 1000 7.00000000 NL2004N1040255
502 NL 2012 f 44 700 -6.13350126 NL2012W15
503 NL 2005 m 44 1160 -7.20000000 NL2005N1050197
504 NL 2005 m 44 1020 -7.20000000 NL2005N1050197
505 NL 2005 m 44 1240 -7.20000000 NL2005N1050197
506 NL 2005 f 44 1050 -7.20000000 NL2005N1050197
508 NL 2012 m 45 710 -7.13350126 NL2012W9
509 NL 2012 f 45 680 -7.13350126 NL2012W9
510 NL 2012 m 47 1100 -2.13350126 NL2012W154
511 NL 2015 m 47 630 -5.93706294 NL2015W202
512 NL 2012 m 47 1130 -2.13350126 NL2012E197
513 NL 2004 f 47 1210 1.00000000 NL2004N1040149
514 NL 2004 f 47 1250 1.00000000 NL2004N1040157
519 NL 2004 f 50 1320 -2.00000000 NL2004N1040129
520 NL 2004 m 50 1380 -2.00000000 NL2004N1040129
521 NL 2012 f 50 1060 -8.13350126 NL2012E111
522 NL 2004 m 50 1510 -2.00000000 NL2004N1040119
523 NL 2004 f 50 940 -1.50000000 NL2004N1040102
524 NL 2012 m 51 625 -3.13350126 NL2012W27
525 NL 2012 f 51 1325 -6.13350126 NL2012E28
527 NL 2012 f 52 1220 -1.13350126 NL2012E154
528 NL 2004 m 52 1160 -5.00000000 NL2004N1040134
529 NL 2012 m 53 1200 -2.13350126 NL2012W154
530 NL 2012 f 53 880 -5.13350126 NL2012Wun9
531 NL 2012 f 53 880 -5.13350126 NL2012Wun9
532 NL 2004 m 53 1290 -5.00000000 NL2004N1040106
533 NL 2004 m 53 1230 -5.00000000 NL2004N1040106
534 NL 2012 m 53 790 -5.13350126 NL2012Wun12
535 NL 2012 m 53 1130 -2.13350126 NL2012W57
536 NL 2012 f 53 1300 2.86649874 NL2012Wun24
537 NL 2004 m 53 1530 -5.00000000 NL2004N1040063
538 NL 2004 m 54 1450 -5.00000000 NL2004N1040054
539 NL 2004 m 54 1060 -5.00000000 NL2004N1040054
540 NL 2004 f 54 1110 -5.00000000 NL2004N1040054
541 NL 2012 f 54 695 -6.13350126 NL2012E131
542 NL 2012 m 54 935 -6.13350126 NL2012W115
543 NL 2012 f 54 640 -6.13350126 NL2012E131
544 NL 2012 f 54 830 -6.13350126 NL2012W115
545 NL 2004 m 54 1380 -5.00000000 NL2004N1040057
546 NL 2004 f 54 910 -5.00000000 NL2004N1041151
550 NL 2012 m 56 1325 -11.13350126 NL2012E45
551 NL 2012 m 56 900 -5.13350126 NL2012E32
552 NL 2012 f 56 1225 -5.13350126 NL2012E32
553 NL 2015 m 56 1510 0.06293706 NL2015E209
554 NL 2012 f 56 1280 -3.13350126 NL2012W203
555 NL 2012 f 57 1180 -4.13350126 NL2012E25
556 NL 2015 m 57 1180 -7.93706294 NL2015Wu
557 NL 2015 f 57 1080 -0.93706294 NL2015W348
559 NL 2015 f 58 980 -1.93706294 NL2015E93
560 NL 2015 f 58 1040 -1.93706294 NL2015Eu
562 NL 2015 f 59 1040 -2.93706294 NL2015W216
563 NL 2015 f 59 1030 -2.93706294 NL2015W216
564 NL 2015 f 59 1140 -2.93706294 NL2015W216
565 NL 2015 m 59 1440 -2.93706294 NL2015E66
566 NL 2012 f 59 1360 -8.13350126 NL2012W35
567 NL 2012 m 60 1070 -15.13350126 NL2012W49
569 NL 2012 m 62 1400 -11.13350126 NL2012E37")
bmgrp <- groupedData(bm ~ age | year, data = bmdata)
options(contrasts = c("contr.sum","contr.poly"))
contrasts(bmgrp$pop); contrasts(bmgrp$sex)
startvalues <- c(31.228925, 75.552237, 12.708210, 9.427097)
在互联网上进一步搜索后，我找到了以下文章：Zhou 等人。 (2007)：使用非线性交叉随机效应模型描述热应激荷斯坦奶牛血清催乳素浓度的昼夜节律模式
(http://newprairiepress.org/cgi/viewcontent.cgi?article=1113&context=agstatconference)。他们在 nlme 中写了以下关于交叉随机效应的内容：
拟合具有交叉和嵌套随机效应的非线性混合模型仍然是统计学中一个具有挑战性的新课题。 […] R 中的 NLME 包对于拟合多级非线性混合效应非常强大
具有嵌套随机效应的模型，但它不适合非线性混合效应模型
具有交叉随机效应（Pinheiro 和 Bates，2000）。拉斯巴什和戈尔茨坦 (1994)
显示如何将具有交叉随机效应的线性混合模型作为纯
嵌套随机效应的分层公式。 Zhou, Parkhurst, et al (2006) (http://newprairiepress.org/agstatconference/2006/proceedings/11/) 开发了一种方法，使 R 中的 NLME 能够拟合具有交叉随机的非线性混合效应模型effects 基于 Rasbash 和 Goldstein 的线性混合效应模型的想法。 此方法可用于拟合具有任意水平的交叉和嵌套随机效应的非线性混合效应模型。但是，只能估计交叉随机效应的一种相关性。用于拟合非线性混合效应模型的 NLME 代码 [...] 记录在附录中。
# Feeding Event is specified as the lowest hierarchical level grouping factor
# (hierarchical level 1 grouping factor)
# Specify Pig as a standard hierarchical level 2 grouping factor
# Create a new grouping factor as the highest hierarchical level
# (hierarchical level 3 grouping factor) with one level spanning the entire data set
newGF <- factor(rep(1,length(heat$Y)))
# Specify that each level of Period has a coefficient random at newGF
# “ -1” indicates that the specific term factor(Period ) does not have an intercept
# It is not possible to estimate the correlation associated with Period.
full.nlme <-
nlme(model = Y ~ Y0 + KG * (exp(-KD * X) - exp(-KG * X))/(KG - KD),
fixed = Y0 + KG + KD ~ factor(Trt),
random = list(newGF = pdIdent(Y0 ~ factor(Period) -1),
newGF = pdIdent(KG ~ factor(Period) -1),
newGF = pdIdent(KD ~ factor(Period) -1),
Pig = pdDiag(Y0 + KG + KD ~ 1),
Event = pdDiag(Y0 + KG + KD ~ 1)),
start = c(39, 0, 0, 60, 0, 0, 20, 0, 0), data = heat)
我将此语法应用到我的案例中 - 并且有效！ 这是：
fmbm1 <- nlme(bm ~ SSlogis(age, Asym, xmid, scal), data = bmgrp,
fixed = Asym + xmid + scal ~ 1,
random = list(dummy = pdIdent(Asym ~ factor(year) - 1),
dummy = pdIdent(xmid ~ factor(year) - 1),
dummy = pdIdent(scal ~ factor(year) - 1),
brood = pdDiag(Asym + xmid + scal ~ 1)),
start = coef(fmbml), na.action = na.omit)
> summary(fmbm1)
Nonlinear mixed-effects model fit by maximum likelihood
Model: bm ~ SSlogis(age, Asym, xmid, scal)
Data: bmgrp
AIC BIC logLik
5505.905 5546.235 -2742.952
Random effects:
Formula: Asym ~ factor(year) - 1 | dummy
Structure: Multiple of an Identity
Asym.factor(year)2013 Asym.factor(year)2012 Asym.factor(year)2003 Asym.factor(year)2005 Asym.factor(year)2015 Asym.factor(year)2004
StdDev: 0.004011662 0.004011662 0.004011662 0.004011662 0.004011662 0.004011662
Asym.factor(year)2014
StdDev: 0.004011662
Formula: xmid ~ factor(year) - 1 | dummy %in% dummy
Structure: Multiple of an Identity
xmid.factor(year)2013 xmid.factor(year)2012 xmid.factor(year)2003 xmid.factor(year)2005 xmid.factor(year)2015 xmid.factor(year)2004
StdDev: 8.630687 8.630687 8.630687 8.630687 8.630687 8.630687
xmid.factor(year)2014
StdDev: 8.630687
Formula: scal ~ factor(year) - 1 | dummy %in% dummy %in% dummy
Structure: Multiple of an Identity
scal.factor(year)2013 scal.factor(year)2012 scal.factor(year)2003 scal.factor(year)2005 scal.factor(year)2015 scal.factor(year)2004
StdDev: 1.890416 1.890416 1.890416 1.890416 1.890416 1.890416
scal.factor(year)2014
StdDev: 1.890416
Formula: list(Asym ~ 1, xmid ~ 1, scal ~ 1)
Level: brood %in% dummy %in% dummy %in% dummy
Structure: Diagonal
Asym xmid scal Residual
StdDev: 2.176433e-05 5.079293 0.001926683 99.83194
Fixed effects: Asym + xmid + scal ~ 1
Value Std.Error DF t-value p-value
Asym.(Intercept) 1721.7518 123.05426 153 13.991810 0
xmid.(Intercept) 32.1919 3.83007 153 8.405047 0
scal.(Intercept) 11.5256 1.36451 153 8.446679 0
Correlation:
As.(I) xm.(I)
xmid.(Intercept) 0.495
scal.(Intercept) 0.734 0.369
Standardized Within-Group Residuals:
Min Q1 Med Q3 Max
-2.20621393 -0.43418898 0.01076569 0.40318446 2.34353430
Number of Observations: 417
Number of Groups:
dummy dummy.1 %in% dummy dummy.2 %in% dummy.1 %in% dummy
1 1 1
brood %in% dummy.2 %in% dummy.1 %in% dummy
262
>