运行 使用 anaconda 环境的 crontab 作业
run a crontab job using an anaconda env
我想让 cron 作业使用名为 my_env 的现有 anaconda python 环境执行 python 脚本。我唯一能想到的就是让 cron 作业 运行 一个名为 my_script.bash 的脚本激活环境，然后 运行s python 脚本。
#!/bin/bash
source activate my_env
python ~/my_project/main.py
尝试从命令行执行此脚本无效：
$ sh scripts/my_script.bash
scripts/my_script.bash: 9: scripts/my_script.bash: source: not found
我需要做什么来确保正确的环境被激活。像我5岁一样给我解释一下就好了
不要调用 sh，而是调用 bash。 source 是一个 bash 命令。
- sh scripts/my_script.bash
+ bash scripts/my_script.bash
或者只是
chmod +x scripts/my_script.bash
./scripts/my_script.bash
自从您添加了 bash shebang。
我最近从 canopy 切换到 Anaconda 正是为了摆脱必须在 cron 作业中激活 env。
Anaconda 基于 PATH 环境变量使这变得非常简单。 （我使用的是 miniconda 而不是完整的 Anaconds 安装，但我相信 anaconda 应该以同样的方式工作）
有两种不同的方法，我测试过；
在您的 python 脚本中添加一个 shebang，main.py
#!/home/users/user_name/miniconda2/envs/my_env/bin/python
将 PATH 添加到 crontab 的顶部
PATH=/home/users/user_name/miniconda2/envs/my_env/bin
更新：
Jérôme 的回答和 cbarrick 的评论是正确的。我刚刚在需要 pynco, 的 Conda env 中使用上述方法被烧毁，它需要完整的 conda 环境才能找到正确的 nco 命令，例如 ncks, ncrcat. 由 运行 解决来自 cron 的 bash 脚本首先调用 conda 激活。
就我而言，当我 运行 这行 shell 脚本时出现此错误：source activate my_env
activate: No such file or directory
所以我把source activate my_env改成了source /path/to/conda/bin/activate my_env。然后它开始工作。
经过多次摆弄后，我 crontab 使用 conda activate my_env 和 运行 在该环境中的 Python 解释器激活了我的 conda 环境。
注意我使用的是 Ubuntu 18.04.
背景
当 Anaconda 安装程序初始化 conda 时，它会在 ~/.bashrc 文件的末尾附加一个片段。每次用户以交互方式打开 bash 时都会执行此文件。该代码段允许用户从 bash.
conda 命令（即 conda activate my_env）
Anaconda 安装程序 v2020.02 在 ~/.bashrc 中附加了以下 conda 片段：
# >>> conda initialize >>>
# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
__conda_setup="$('/opt/anaconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
eval "$__conda_setup"
else
if [ -f "/opt/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
. "/opt/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh"
else
export PATH="/opt/anaconda3/bin:$PATH"
fi
fi
unset __conda_setup
# <<< conda initialize <<<
- 要替换为正确引用的路径
/opt/anaconda3/：通常为/home/USERNAME/anaconda3/.
问题
在 crontab -e 中采购 ~/.bashrc 将不起作用（至少在 Ubuntu 上不会）。
解释：
- 在 Ubuntu 上，
~/.bashrc 在文件开头有以下（或类似的）行：
# If not running interactively, don't do anything
[ -z "$PS1" ] && return
- 这意味着如果我们尝试在
crontab 中获取 ~/.bashrc 文件，.bashrc 文件的其余部分将不会执行，因为 crontab 不是 运行ning 交互（参见另一个 post on this topic）。 这意味着即使我们获取 ~/.bashrc. ，上面提到的 conda 片段也永远不会被 crontab 执行
_________ 工作解决方案 _________
我找到的解决方案是将 conda 片段复制到一个单独的文件中。
1.将 conda 片段从 ~/.bashrc 复制到 ~/.bashrc_conda
将上面提到的片段复制到另一个文件，例如~/.bashrc_conda。
确保：
- 执行 cronjob 的用户 运行 有权读取此文件。
- 其他用户无法写入此文件（存在安全风险）。
2。在 crontab -e 中插入 2 行到 运行 bash 而不是 sh 和来源 ~/.bashrc_conda
运行 crontab -e 并在 cronjob:
之前添加以下两行
SHELL=/bin/bash
BASH_ENV=~/.bashrc_conda
解释：
SHELL=/bin/bash 意味着 crontab 将 运行 通过 bash 而不是 sh （默认）的 cronjobs。 See post.
BASH_ENV=~/.bashrc_conda 通过 chrontab 将 conda 片段来源到 bash 运行。见 post and post.
3.在 crontab -e 中，在所需的 .py 脚本执行之前插入 cronjob 行 conda activate my_env;
每天中午 12:30 在所需的 conda 环境中执行的脚本条目示例：
30 12 * * * conda activate my_env; python /path/to/script.py
注意 conda activate my_env; 在命令 运行 Python 解释器之前。
_______________
并且 voilà，成功了。
有什么缺点吗？
如果 .bashrc 中的 conda 片段被 conda 更新更新，它当然不会反映在单独的 .bashrc_conda 文件中。可能需要不时检查更新。
也可以在该 cronjob 的 末尾 附加 ; conda deactivate，但这可能是多余的。
截至 2022 年 5 月，我只是在 Windows 10 中使用 .bat 来激活 myenv，然后启动我的 localhost 或您需要的任何脚本：
@echo off
set CONDAPATH=C:\Users\MyName\anaconda3
set ENVNAME=myenv
if %ENVNAME%==base (set ENVPATH=%CONDAPATH%) else (set ENVPATH=%CONDAPATH%\envs\%ENVNAME%)
call %CONDAPATH%\Scripts\activate.bat %ENVPATH%
call cd /d d:/mysite
python manage.py runserver 0.0.0.0:8000
我想让 cron 作业使用名为 my_env 的现有 anaconda python 环境执行 python 脚本。我唯一能想到的就是让 cron 作业 运行 一个名为 my_script.bash 的脚本激活环境，然后 运行s python 脚本。
#!/bin/bash
source activate my_env
python ~/my_project/main.py
尝试从命令行执行此脚本无效：
$ sh scripts/my_script.bash
scripts/my_script.bash: 9: scripts/my_script.bash: source: not found
我需要做什么来确保正确的环境被激活。像我5岁一样给我解释一下就好了
不要调用 sh，而是调用 bash。 source 是一个 bash 命令。
- sh scripts/my_script.bash
+ bash scripts/my_script.bash
或者只是
chmod +x scripts/my_script.bash
./scripts/my_script.bash
自从您添加了 bash shebang。
我最近从 canopy 切换到 Anaconda 正是为了摆脱必须在 cron 作业中激活 env。 Anaconda 基于 PATH 环境变量使这变得非常简单。 （我使用的是 miniconda 而不是完整的 Anaconds 安装，但我相信 anaconda 应该以同样的方式工作）
有两种不同的方法，我测试过；
在您的 python 脚本中添加一个 shebang，main.py
#!/home/users/user_name/miniconda2/envs/my_env/bin/python将 PATH 添加到 crontab 的顶部
PATH=/home/users/user_name/miniconda2/envs/my_env/bin
更新：
Jérôme 的回答和 cbarrick 的评论是正确的。我刚刚在需要 pynco, 的 Conda env 中使用上述方法被烧毁，它需要完整的 conda 环境才能找到正确的 nco 命令，例如 ncks, ncrcat. 由 运行 解决来自 cron 的 bash 脚本首先调用 conda 激活。
就我而言，当我 运行 这行 shell 脚本时出现此错误：source activate my_env
activate: No such file or directory
所以我把source activate my_env改成了source /path/to/conda/bin/activate my_env。然后它开始工作。
经过多次摆弄后，我 crontab 使用 conda activate my_env 和 运行 在该环境中的 Python 解释器激活了我的 conda 环境。
注意我使用的是 Ubuntu 18.04.
背景
当 Anaconda 安装程序初始化 conda 时，它会在
~/.bashrc文件的末尾附加一个片段。每次用户以交互方式打开bash时都会执行此文件。该代码段允许用户从bash. 运行 Anaconda 安装程序 v2020.02 在
~/.bashrc中附加了以下conda片段：
conda 命令（即 conda activate my_env）
# >>> conda initialize >>>
# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
__conda_setup="$('/opt/anaconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
eval "$__conda_setup"
else
if [ -f "/opt/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
. "/opt/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh"
else
export PATH="/opt/anaconda3/bin:$PATH"
fi
fi
unset __conda_setup
# <<< conda initialize <<<
- 要替换为正确引用的路径
/opt/anaconda3/：通常为/home/USERNAME/anaconda3/.
问题
在 crontab -e 中采购 ~/.bashrc 将不起作用（至少在 Ubuntu 上不会）。
解释：
- 在 Ubuntu 上，
~/.bashrc在文件开头有以下（或类似的）行：
# If not running interactively, don't do anything
[ -z "$PS1" ] && return
- 这意味着如果我们尝试在
crontab中获取~/.bashrc文件，.bashrc文件的其余部分将不会执行，因为crontab不是 运行ning 交互（参见另一个 post on this topic）。 这意味着即使我们获取~/.bashrc. ，上面提到的
conda 片段也永远不会被 crontab 执行
_________ 工作解决方案 _________
我找到的解决方案是将 conda 片段复制到一个单独的文件中。
1.将 conda 片段从 ~/.bashrc 复制到 ~/.bashrc_conda
将上面提到的片段复制到另一个文件，例如~/.bashrc_conda。
确保：
- 执行 cronjob 的用户 运行 有权读取此文件。
- 其他用户无法写入此文件（存在安全风险）。
2。在 crontab -e 中插入 2 行到 运行 bash 而不是 sh 和来源 ~/.bashrc_conda
运行 crontab -e 并在 cronjob:
SHELL=/bin/bash
BASH_ENV=~/.bashrc_conda
解释：
SHELL=/bin/bash意味着crontab将 运行 通过bash而不是sh（默认）的 cronjobs。 See post.BASH_ENV=~/.bashrc_conda通过chrontab将conda片段来源到bash运行。见 post and post.
3.在 crontab -e 中，在所需的 .py 脚本执行之前插入 cronjob 行 conda activate my_env;
每天中午 12:30 在所需的 conda 环境中执行的脚本条目示例：
30 12 * * * conda activate my_env; python /path/to/script.py
注意 conda activate my_env; 在命令 运行 Python 解释器之前。
_______________
并且 voilà，成功了。
有什么缺点吗？如果 .bashrc 中的 conda 片段被 conda 更新更新，它当然不会反映在单独的 .bashrc_conda 文件中。可能需要不时检查更新。
也可以在该 cronjob 的 末尾 附加 ; conda deactivate，但这可能是多余的。
截至 2022 年 5 月，我只是在 Windows 10 中使用 .bat 来激活 myenv，然后启动我的 localhost 或您需要的任何脚本：
@echo off
set CONDAPATH=C:\Users\MyName\anaconda3
set ENVNAME=myenv
if %ENVNAME%==base (set ENVPATH=%CONDAPATH%) else (set ENVPATH=%CONDAPATH%\envs\%ENVNAME%)
call %CONDAPATH%\Scripts\activate.bat %ENVPATH%
call cd /d d:/mysite
python manage.py runserver 0.0.0.0:8000