如何在 python 中合并随机数量的列表

Question

我正在开发一个程序，该程序通过 FASTQ 文件读取并给出该文件中每个序列的 N 数量。我设法得到每行 N 的数量，并将它们放在一个列表中。问题是我需要一个列表中的所有数字来计算文件中 N 的总数，但它们会打印在自己的列表中。

C:\Users\Zokids\Desktop>N_counting.py test.fastq
[4]
4
[3]
3
[5]
5

这是我的输出，列表中的列表和总金额。我已经看到了手动组合列表的方法，但是一个可以有数百个序列，所以这是不行的。

def Count_N(line):
    '''
    This function takes a line and counts the anmount of N´s in the line
    '''
    List = []
    Count = line.count("N") # Count the amount of N´s that are in the line returned by import_fastq_file
    List.append(int(Count))

    Total = sum(List)
    print(List)
    print(Total)

这是我的代码，另一个函数选择行。

我希望有人能帮我解决这个问题。提前谢谢你。

Answer 1

从您的代码看来，您每次调用 count_N() 时都会发送一行。您声明的列表是一个本地列表，每次调用该函数时都会重新初始化。您可以使用以下方式声明全局列表：

global List =[]

我认为您还需要在函数外部声明列表以便全局访问它。

另外如果在函数外对列表求和就更好了。现在你正在总结函数内的列表。为此，您需要将缩进与函数声明相匹配。

Answer 2

您在函数中定义的 List 永远不会获得超过一项，因此它不是很有用。相反，您可能应该 return 来自函数的计数，并让调用代码（在某种循环中大概是运行） append 将值添加到它自己的列表中。当然，由于功能不多，你也可以把它的内容移到循环中！

例如：

list_of_counts = []
for line in my_file:
    count = line.count("N")
    list_of_counts.append(count)
total = sum(list_of_counts)

如何在 python 中合并随机数量的列表

How do combine a random amount of lists in python

list

subtotal

python-3.x

fastq