在 nlme 中指定多个独立的随机效果

Question

我正在分析一些鲸鱼旅游数据，并尝试在 nlme 包中构建线性混合效应模型，以查看我的任何解释变量是否会影响鲸鱼与游客之间的相遇时间。（我也在lme4中对运行这个模型持开放态度。）

我的变量是：

mins：相遇时间（响应变量）
Id：个体鲸鱼ID（随机效果）
Vessel: vessel Id (随机效果)
Sex: 动物性别
Length: 动物的长度
Year
Month（嵌套在 Year 内）。

所以我的随机变量是 Id 和 Vessel 我还有 Year 和 Month 作为嵌套随机效应。

我想出了以下几点：

form1 <- formula(Min ~ length + Sex+ Encounter)
 model1 <- lme(form1, 
              random = list(Id = ~1, 
                            Vessel = ~1, 
                            Year=~1,
                            Month = ~1), data=wsdata, method="ML")

但是我所有的随机效果都嵌套在 Id 中。

有什么方法可以将 Id 和 Vessel 定义为单独的随机效应，将 Year 和 Month 定义为嵌套随机效应？

Answer 1

一般来说，在 lme4 中指定 crossed（我认为你所说的 "separate" 的意思）随机效应要容易得多，所以除非你需要时间或空间自相关或异方差模型（使用 nlme 更容易实现），我会继续使用

library(lme4)
fit <- lmer(mins ~ Length + Sex+ (1|Id) + (1|Vessel) +
                (1|Year/Month), data=wsdata, REML=FALSE)

其他一些评论：

什么是encounter？它在您的公式中但不在您对数据集的描述中
相遇时间（相遇的持续时间？）似乎很可能会发生偏差，在这种情况下，您可能希望对它们进行对数转换。

在 nlme 中指定多个独立的随机效果

specifying multiple separate random effects in nlme

r

lme4

mixed-models

nlme