从命令行设置 python 版本

Question

我正在尝试使用 Rscript 从命令行运行 R 脚本。 R 脚本调用一些 python 代码并在运行交互时工作正常。但是，当我从 Rscript 调用它时，gdal 出现了一些错误。我相信这些错误与 python 3 vs 2 有关。例如，运行在交互式 R 会话中使用以下命令：

system("python --version)

产量

Python 2.7.9

同时运行从 shell 执行 "same" 命令：

$ python --version

产量

Python 3.5.1 :: Continuum Analytics, Inc.

如何将我的 $ Rscript "foo.R" 调用指向 python 2.7.9？

Answer 1

当您从 shell 命令行调用 $ python --version 或 $ Rscript -e 'system("python --version")' 时，您是在 Python 虚拟环境中操作，可能是由 virtualenv.具体来说，您正在执行 /home/foo/miniconda3/bin/python

当您从 RStudio 运行 system("python --version") 时，您将获得系统默认版本。具体来说，您正在执行 /usr/bin/python.

How can I point my $ Rscript "foo.R" calls to python 2.7.9?

这取决于您进入虚拟 Python 环境的方式。如果它是由 virtualenv 创建的，只需停用它：

$ deactivate
$ Rscript -e 'system("python --version")'
2.7.9

编辑：您似乎正在使用 miniconda 创建的虚拟环境。如果是这种情况，您可以通过编辑 PATH 环境变量来使用系统默认值 Python。如何编辑 PATH 取决于您希望更改生效多长时间。

如果您只用一个命令就丢失了，试试这个：

$ PATH="$(echo "$PATH" | sed -e s,:/usr/local/sbin,,)" Rscript -e 'system("python --version")'

要使更改持续单个 shell 会话的持续时间，请尝试以下操作：

$ PATH="$(echo "$PATH" | sed -e s,:/usr/local/sbin,,)"
$ python --version
$ Rscript -e 'system("python --version")'

要永久更改您的 PATH，请适当编辑文件 $HOME/.bashrc。您需要启动一个新的终端会话才能生效。

Answer 2

解决方案是在我的 R 脚本中插入对 methods 库的调用，并使用以下命令 create/load python 2 环境：

$ conda create --name python2 python=2
$ source activate python2

参见：
Rscript does not load methods package, R does -- why, and what are the consequences?
和
http://conda.pydata.org/docs/py2or3.html

从命令行设置 python 版本

Setting python version from command line

python

r

anaconda

gdal

rscript