有没有办法从 Apache UIMA 检索注释列表而不是使用 CAS GUI？

Question

我目前正在使用 Apache UIMA 检索出现的表型术语列表。然而，文档（为什么这么多生物信息学软件 API 缺乏好的文档！）似乎只指向 CAS 调试器 GUI 而不是能够 return 注释索引。

http://i.stack.imgur.com/giNoj.png - CAS GUI 的图片，我想要它 return 左下角的注释索引

就像我说的，文档并没有真正回答这个问题（https://uima.apache.org/documentation.html），但通常我希望能够在 Annotator class 中调用 process() 方法，并且为了一旦找到任何和所有事件，它就会 return 注释索引。

抱歉，如果这是一个答案很明显的愚蠢问题，到目前为止，我已经花了三个小时浏览文档，但还没有找到答案，如果有人尝试将它集成到一个项目中类似的方式，可以为我指明正确的方向，将不胜感激！

Answer 1

进程方法改变 CAS 内部的状态。调用 ae.process(cas) 或 ae.process(jcas) 后，注解存储在 CAS 中。只需从 (J)Cas 中获取注释索引即可。

Apache uimaFIT 也可能对您很方便，因为它提供了各种 "select" 方法来访问 (J)CAS 中的注释，例如：

// CAS version
Type tokenType = CasUtil.getType(cas, "my.Token");
for (AnnotationFS token : CasUtil.select(cas, tokenType)) {
  ...
}

// JCas version
for (Token token : JCasUtil.select(jcas, Token.class)) {
  ...
}

有关此 API 的更多详细信息可在 uimaFIT documentation 中找到，特别是在管道和 部分访问方法.

披露：我正在使用 Apache uimaFIT。

有没有办法从 Apache UIMA 检索注释列表而不是使用 CAS GUI？

Is there a way to retrieve a list of annotations from Apache UIMA rather than using the CAS GUI?

bioinformatics

uima