用 Xdmf 描述 5 维 hdf5 矩阵

Question

我在 hdf5 数据文件中有一个 5 维矩阵。我想使用 paraview 绘制这些数据。我想到的解决方案是通过 Xdmf 格式描述数据。

5维矩阵结构如下：

matrix[time][type][x][y][z]

'time' 索引指定了一个时间步长。 'type' select 是不同粒子类型的矩阵。 x,y,z 描述了网格的空间坐标。矩阵的值是我想要绘制的标量。

我的问题是：如何使用 xdmf 格式 select 给定时间步长的特定 3 维矩阵并键入绘图？理想情况下，时间步可以由 Xdmf 的 <time> 功能表示。

我尝试了 xdmf 的 'hyperslab' 功能，但这似乎没有将维数降低到我需要绘制网格的程度。

我也看过 'SubSet' 功能，但我不明白如何使用它，阅读 xdmf 上的官方文档。

Answer 1

在 Xdmf 邮件列表的帮助下，我找到了适合我的解决方案。

我的输入矩阵在 hdf5 文件中是 5-dim (1,2,12,6,6) "ana.h5" 并且我 select 时间步长 0 并输入 1。

<?xml version="1.0" ?>
<!DOCTYPE Xdmf SYSTEM "Xdmf.dtd" []>
<Xdmf xmlns:xi="http://www.w3.org/2003/XInclude" Version="2.2">

 <Domain>
  <Topology name="topo" TopologyType="3DCoRectMesh" Dimensions="12 6 6"></Topology>
  <Geometry name="geo" Type="ORIGIN_DXDYDZ">
   <!-- ORigin -->
   <DataItem Format="XML" Dimensions="3">
    0.0 0.0 0.0
   </DataItem>
   <!-- DxDyDz -->
   <DataItem Format="XML" Dimensions="3">
    1 1 1
   </DataItem>
  </Geometry>

  <Grid Name="TimeStep_0" GridType="Uniform">
   <Topology Reference="/Xdmf/Domain/Topology[1]"/>
   <Geometry Reference="/Xdmf/Domain/Geometry[1]"/>
   <Time Value="64"/>

   <Attribute Type="Scalar" Center="Cell" Name="Type1">
    <!-- Result will be 3 dimensions -->
    <DataItem ItemType="HyperSlab" Dimensions="12 6 6 ">
    <!-- The source is 5 dimensions -->
    <!-- Origin=0,1,0,0,0  Stride=1,1,1,1,1 Count=1,1,12,6,6 -->
    <DataItem Dimensions="3 5" Format="XML">
     0 1 0 0 0
     1 1 1 1 1
     1 1 12 6 6
    </DataItem> 
    <DataItem Format="HDF" NumberType="UInt" Precision="2" Dimensions="1 2 12 6 6 ">
     ana.h5:/density_field
    </DataItem>
   </DataItem>
  </Attribute>
</Grid>
</Domain>
</Xdmf>

生成的矩阵是 3 维 (12,6,6) 并且可以用 paraview 绘制。

用 Xdmf 描述 5 维 hdf5 矩阵

Describing 5 dimensional hdf5 matrix with Xdmf

hdf5

paraview