在 Matlab 中对 dicom 图像进行排序

Question

我在 matlab 中处理肺部数据集，但我需要正确排序切片并显示它们。

我知道可以使用 Dicom header 中的 "instance number" 参数来完成，但我没能运行正确的代码。

我该怎么做？

这是我的一段代码：

Dicom_directory = uigetdir();
sdir = strcat(Dicom_directory,'\*.dcm');
files = dir(sdir);
I = strcat(Dicom_directory, '\',files(i).name);
x = repmat(double(0), [512 512 1 ]);
x(:,:,1) = double(dicomread(I));
axes(handles.axes1);
imshow(x,[]);

Answer 1

首先，要获得 DICOM header，您需要使用 dicominfo，它将 return 包含每个字段的 struct。如果你想使用InstanceNumber字段来排序，那么你可以这样做。

%// Get all of the files
directory = uigetdir();
files = dir(fullfile(directory, '*.dcm'));
filenames = cellfun(@(x)fullfile(directory, x), {files.name}, 'uni', 0);

%// Ensure that they are actually DICOM files and remove the ones that aren't
notdicom = ~cellfun(@isdicom, filenames);
files(notdicom) = [];

%// Now load all the DICOM headers into an array of structs
infos = cellfun(@dicominfo, filenames);

%// Now sort these by the instance number
[~, inds] = sort([infos.InstanceNumber]);
infos = infos(inds);

%// Now you can loop through and display them
dcm = dicomread(infos(1));
him = imshow(dcm, []);

for k = 1:numel(infos)
    set(him, 'CData', dicomread(infos(k)));
    pause(0.1)
end

也就是说，您必须小心使用 InstanceNumber 对 DICOM 进行排序。这不是一种可靠的方法，因为 "InstanceNumber" 可以指随时间获取的同一图像或整个 3D 体积的不同切片。如果你想要一个或另一个，我会选择更具体的东西。

如果要对物理切片进行排序，我建议按 SliceLocation 字段（如果可用）进行排序。如果按时间排序，您可以使用 TriggerTime（如果可用）。

此外，您还需要考虑到您的文件夹中可能还有多个系列，因此可以考虑使用 SeriesNumber 来区分它们。

在 Matlab 中对 dicom 图像进行排序

Sorting dicom images in Matlab

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