Python astropy：table 和列对象

Question

我正在使用 astropy.table 模块中的 Tables 对象。

下面的一段代码显示了我正在处理的数据类型：

In [44]: table             
Out[44]: 
<Table length=9>
defocus  source   Chi2  xcentroid ycentroid  FWHMx   FWHMy    Peak 
float32 float32 float32  float32   float32  float32 float32 float32
------- ------- ------- --------- --------- ------- ------- -------
   -0.3     0.0 346.648    2056.5     55.82 11.8635 11.8635 182.277
   -0.3     4.0 148.302   2056.49   1911.02 6.66554 6.66554 299.074
   -0.3     8.0 347.208   2056.51   3922.99 6.83129 6.83129 326.476
  -0.26     0.0 318.489    2056.5   55.8803  10.206  10.206 195.055
  -0.26     4.0 152.501   2056.51   1911.02  6.9012  6.9012 244.817
  -0.26     8.0 285.845   2056.49   3922.99  7.7939  7.7939 236.194
  -0.22     0.0 264.113    2056.5   55.9053 8.79704 8.79704 187.376
  -0.22     4.0 163.228    2056.5   1911.02 2.43716 2.43716 402.182
  -0.22     8.0 230.017    2056.5   3922.99 6.70312 6.70312 235.376

In [45]: type(table)       
Out[45]: astropy.table.table.Table

In [46]: cols=table.columns

In [47]: type(cols)
Out[47]: astropy.table.table.TableColumns

In [48]: type(cols[0])
Out[48]: astropy.table.column.Column 

In [50]: mylist_1 = [x for x in cols]

In [51]: mylist_2 = [cols[k] for k in range(len(cols))]

In [52]: type(mylist_1[0])
Out[52]: str

In [53]: type(mylist_2[0])
Out[53]: astropy.table.column.Column

In [54]: mylist_1[0]
Out[54]: 'defocus'

In [55]: mylist_2[0]
Out[55]: 
<Column name='defocus' dtype='float32' length=9>
 -0.3
 -0.3
 -0.3
-0.26
-0.26
-0.26
-0.22
-0.22
-0.22

我期待这两行：

mylist_1 = [x for x in cols]

和

mylist_2 = [cols[k] for k in range(len(cols))]

会得到完全相同的东西（第二个不太优雅），但事实并非如此，正如您在上面的输出中看到的那样（mylist_1 仅包含列名称，而不包含列他们自己）。为什么？关于我的 "cols" 对象，有什么我不太了解的地方吗？

感谢您的见解。

(我运行在尝试将我的 table 写入适合的文件时 - 使用 astropy.io.fits - 这需要构建一个适当的列列表，这不是很明显正如人们所期望的那样...)

Answer 1

astropy.table.table.TableColumns是astropy包的定义项。它是 class TableColumns 的一个实例，基本上您不应该使用迭代器 "cols[k]" 或 "in cols".

访问它

但是在 class 中你可以定义方法 contains() 和 getitem() 来描述行为这两个请求。参见 https://infohost.nmt.edu/tcc/help/pubs/python/web/special-methods.html

这里定义的行为似乎与class元素列表不相似。也许一些文档在 astropy classes 上可用。

Answer 2

您的循环在列上的迭代略有不同（但等效）。但是你在列表理解中附加了不同的东西。这些列类似于 dict，因此它们具有索引和关联元素：

考虑这样的 table：

from astropy.table import Table

data_rows = [(1, 2.0, 'x'),
             (4, 5.0, 'y'),
             (5, 8.2, 'z')]
t = Table(rows=data_rows, names=('a', 'b', 'c'), meta={'name': 'first table'},
          dtype=('i4', 'f8', 'S1'))
cols=t.columns

您使用以下方法遍历 列索引：

[x for x in cols]
# ['a', 'b', 'c']

或

[k for k in range(len(cols))]
# [0, 1, 2]

这些看起来不同，但 cols[0] == cols['a'] 所以这些只是为您的列编制索引的两种不同方式。

但是如果你想迭代实际列而不是它们的索引，你可以这样做：

[cols[x] for x in cols]
# [<Column name='a' dtype='int32' length=3>1   4   5, 
# <Column name='b' dtype='float64' length=3>2.0  5.0   8.2,
# <Column name='c' dtype='bytes1' length=3> x   y    z]

或：

[cols[k] for k in range(len(cols))]
# [<Column name='a' dtype='int32' length=3>1   4   5, 
# <Column name='b' dtype='float64' length=3>2.0  5.0   8.2,
# <Column name='c' dtype='bytes1' length=3> x   y    z]

这次我们实际插入的是索引列，而不是插入索引。

然而，这并不能解决您转换为 FITS 的问题，但您始终可以将 Table 直接保存为他们的任何格式，请参阅 their supported formats。

例如，写入 fits 就像使用一样简单：

t.write('new_table.fits')

或

t.write('new_table.fits', format='fits')

Answer 3

astropy.table.table.TableColumns 对象（通过 columns 属性访问）是一个 有序字典 ，而不是列表。这就是 [x for x in cols] 给出列名列表的原因（与遍历普通字典相同，给出的是键，而不是值）。

为了方便起见，它还支持索引访问和切片，如 col[0] 或 cols[1:3]。但即使它支持类似列表的访问，TableColumns 首先也是最重要的一个字典。

在 PR #4394 中将添加一个新的 itercols() 方法，它将支持 cols_list = [x for x in t.itercols()]。

Python astropy：table 和列对象

Python astropy: table and columns objects

python

list

fits

astropy