使用 'require' 包代码在 R 中即时获取数据包

Question

我正在编写一个使用各种生物导体注释数据包的 R 包。具体数据包因用例而异。因此，我有一个函数可以做这样的事情：

if (!require(biocpack_name, character.only=T)) {
    source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    BiocInstaller::biocLite(biocpack_name)
    require(biocpack_name , character.only=T)
}

biocpack_name 可以是根据正在分析的特定数据查找的 ~30 多个注释数据包中的几个。因此，我不想将每个都添加到 'Suggests'（我什至不确定这是否有效，因为错误不是针对包，而是针对指定包的字符串）。 R CMD CHK 给我这个错误：

'library' or 'require' call not declared from: ‘biocpack_name’
'library' or 'require' call to ‘biocpack_name’ in package code.

我该如何解决这个问题？

Answer 1

这不是错误，而是警告。如果你使用 character.only = TRUE 而不是 T 它就会消失（我猜是因为 TRUE 的值是已知的并且不能被重新分配，但是 T 是未知的并且可以是任何东西，包括 FALSE）。但另外请遵循警告中的建议使用 requireNamespace()（并且不要污染用户搜索路径）；也许 db = get(biocpack_name, getNamespace(biocpack_name)) 将允许您按照自己喜欢的方式使用注释包，例如 mapIds(db, ...).

如果有人学究气，将包添加到描述文件的 Enhances: 字段会表明您的包以某种方式与注释包一起工作，但不会导致包的安装（例如，用于构建小插图) 除非明确要求。

使用 'require' 包代码在 R 中即时获取数据包

Using 'require' package code to obtain datapackages on the fly in R

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