如何从 RDA 图中排除参数

Question

我在 R 中操作绘图方面还比较缺乏经验，需要帮助。我运行在 R 中使用 rda() 函数进行冗余分析，但现在我需要简化图形以排除不必要的信息。我目前使用的代码是：

abio1516<-read.csv("1516 descriptors.csv")
attach(abio1516)
bio1516<-read.csv("1516habund.csv")
attach(bio1516)
rda1516<-rda(bio1516[,2:18],abio1516[,2:6])

anova(rda1516)
RsquareAdj(rda1516)
summary(rda1516)

  varpart(bio1516[,2:18],~Distance_to_source,~Depth, ~Veg._cover, ~Surface_area,data=abio1516)
plot(rda1516,bty="n",xaxt="n",yaxt="n",main="1516; P=, R^2=",
     ylab="Driven by , Var explained=",xlab="Driven by , Var explained=")

生成的情节如下所示：

请帮我修改我的代码：排除站点 (sit#)、所有轴和内部虚线。

我还想扩大字段的大小，或将矢量标签移动到所有适合绘图字段的位置。

已根据回复更新，此处下方的工作代码

plot(rda,bty="n",xaxt="n",yaxt="n",type="n",main="xxx",ylab="xxx",xlab="xxx
Overall best:xxx")

abline(h=0,v=0,col="white",lwd=3)
points(rda,display="species",col="blue")
points(rda,display="cn",col="black")
text(rda,display="cn",col="black")

Answer 1

首先使用 type = "n" 绘制 rda，它会生成一个空白图，您可以在其中添加您想要的内容。虚线被硬编码到 plot.cca 函数中，因此您需要制作自己的版本，或使用 abline 隐藏它们（然后使用 box 掩盖轴上的孔).

require(vegan)
data(dune, dune.env)
rda1516 <- rda(dune~., data = dune.env)

plot(rda1516, type = "n")
abline(h = 0, v = 0, col = "white", lwd = 3)
box()
points(rda1516, display = "species")
points(rda1516, display = "cn", col = "blue")
text(rda1516, display = "cn", col = "blue")

如果text标签不在正确的位置，你可以使用参数pos移动它们（制作一个向量，只要你有整数1的箭头数- 4 将标签向下、向左、向上或向右移动。（对此可能有更好的解决方案）

如何从 RDA 图中排除参数

How do I exclude parameters from an RDA plot

plot

r

rda