从 HDF5 文件中读取：3D 数据到内存中的 1D 向量

Question

是否可以使用特定的内存空间布局将 HDF5 文件中的 3D 数组读入 C++ 中的 1D array/vector？

我试过了：

H5File file(file_name, H5F_ACC_RDONLY);
DataSet dataset = file.openDataSet(dataset_name);
DataSpace dataspace = dataset.getSpace();
hsize_t dim[3];
dataspace.getSimpleExtentDims(dim, NULL);

hsize_t memdim[1];
memdim[0] = dim[0] * dim[1] * dim[2];
DataSpace memspace(1, memdim);

vector<float> data_out(memdim[0]);
// set the memory layout to 1D
dataset.read(data_out.data(), PredType::NATIVE_FLOAT, memspace, dataspace);

但是向量没有正确填充。我认为可能有默认映射。也许没有？如何指定一个？

Answer 1

事实证明，问题是即使您读入一维数组，您仍然将 3D 数据空间传递给 dataset 的 read 方法。

H5File file(file_name, H5F_ACC_RDONLY);
DataSet dataset = file.openDataSet(dataset_name);
DataSpace dataspace = dataset.getSpace();
hsize_t dim[3];
dataspace.getSimpleExtentDims(dim, NULL);

hsize_t memdim = dim[0] * dim[1] * dim[2];;

vector<float> data_out(memdim);
//use the same layout for file and memory
dataset.read(data_out.data(), PredType::NATIVE_FLOAT, dataspace, dataspace);

从 HDF5 文件中读取：3D 数据到内存中的 1D 向量

Reading from an HDF5 file: 3D data into 1D vector in memory

c++

hdf5