正则表达式：计算子字符串在字符串中出现的次数，包括重叠出现

Question

我在 rosalind 上做一道题，希望您 return 子字符串在较长字符串中出现的位置。唯一的问题是出现重叠，输出应该是：1、3、9（假设基于 0 的计数）但我只得到 1 和 9？这是我的代码。

import re

s='GATATATGCATATACTT'
t='ATAT'

substrings=re.compile('ATAT')
matches=substrings.finditer(s)

for match in matches:
     print(match.start()+1)  #doesn't find overlapping ones

任何帮助将不胜感激，谢谢！

Answer 1

如果您可以安装第三方模块，regex 模块具有 re 模块 API 的扩展版本，允许 overlapped=True 参数传递给 findall 和 finditer.

https://pypi.python.org/pypi/regex

否则，您也许可以适应。

Answer 2

您需要使用前瞻。

import re
s='GATATATGCATATACTT'
t='ATAT'
print([match.start() for match in re.finditer('(?=%s)' % t, s)])

输出：

[1, 3, 9]

Answer 3

10 秒搜索显示 this。

您基本上必须用“(?=”和“)”包围您的 RegEx。这是一个积极的前瞻，导致 RegEx 不会阻止未来匹配的部分字符串。

一定要抓到第1组。

希望能帮到你，

代号Lambda

正则表达式：计算子字符串在字符串中出现的次数，包括重叠出现

Regex: counting the amount of times substring occurs in string including overlapping occurrences

python

regex

string

overlapping