对于 EEGLAB 的不同数据集和条件的循环

Question

我必须分析一些 EEG 数据，并且我正在尝试使预处理过程自动化。

我有 40 位参与者。每个参与者都有 4 个不同的文件，用于 4 个条件。

所以文件保存为

1-1  
1-2  
1-3  
1-4  
2-1  
2-2  
2-3  
2-4  
...

最多 40-4

文件来自BioSemi (.bdf)

我已经能够自动化预处理程序，但每次我都必须选择不同的文件，运行脚本，然后保存它。

我想要运行一个 for 循环，它自己完成所有的事情（采取 1-1，运行预处理，保存，采取 1-2...等等） .

下面我将粘贴到目前为止的内容。

我一整天都在尝试编写一个 for 循环，但就是行不通。

非常感谢任何帮助。

这是当前的预处理脚本：

subject = '1-1.bdf'  

%Open EEGLAB and inizialize several EEGLAB variables (listed in the output
%function  
[ALLEEG EEG CURRENTSET ALLCOM] = eeglab;  

%Load a file  
%EEG=pop_loadset;  % pop up window to input arguments  

EEG = pop_biosig(subject)  %Reads in the dataset frin a BIOSEMI file  

% Stores the dataset into EEGLAB  
[ALLEEG EEG CURRENTSET ] = eeg_store(ALLEEG, EEG);  

%Change sampling rate to 512  
EEG = eeg_checkset( EEG );    
EEG = pop_resample( EEG, 512);    
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, CURRENTSET); %save it as a new dataset  

% Edit Channel Location  
EEG = eeg_checkset( EEG );  
EEG=pop_chanedit(EEG, 'lookup','D:\Matlab\eeglab_current\eeglab13_5_4b\plugins\dipfit2.3\standard_BESA\standard-10-5-cap385.elp');  
% Store the dataset into EEGLAB  
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 2,'overwrite','on','gui','off');  

% Add some comments  
EEG.comments = pop_comments(EEG.comments,'','Sampling rate was changed to 512.',1);  
% You can see the comments stored with the dataset either by typing >> EEG.comments or selecting the menu option Edit->About this dataset.  

%Select Data. Remove EXG5:EXG8   
EEG = eeg_checkset( EEG );  
EEG = pop_select( EEG,'nochannel',{'EXG5' 'EXG6' 'EXG7' 'EXG8'});  
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 2,'overwrite','on','gui','off');  


%HighPassFilter 0.5  
EEG = eeg_checkset( EEG );  
EEG = pop_eegfilt( EEG, 0.5, 0, [], [0], 0, 0, 'fir1', 0);  
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 2,'overwrite','on','gui','off');  

%LowPassFilter 50  
EEG = eeg_checkset( EEG );  
EEG = pop_eegfilt( EEG, 0, 50, [], [0], 0, 0, 'fir1', 0);  
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 2,'overwrite','on','gui','off');  


%ReReference to 35 36 (EXG3. EXG4)  
EEG = eeg_checkset( EEG );  
EEG = pop_reref( EEG, [35 36] );  
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 2,'overwrite','on','gui','off');   

% Reject Continuous By Eye  
EEG = eeg_checkset( EEG );  
pop_eegplot( EEG, 1, 0, 1);  

eeglab redraw % Update the EEGLAB window to view changes  

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

%Automatic Channel Rejection  
EEG = eeg_checkset( EEG );  
EEG = pop_rejchan(EEG, 'elec',[1:34]   ,'threshold',5,'norm','on','measure','prob');  
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 2,'overwrite','on','gui','off');  

eeglab redraw % Update the EEGLAB window to view changes

Answer 1

以下是循环访问文件名的方法，这样您就可以运行您的 MATLAB 脚本。最简单的做法是将 .bdf 文件单独放在一个文件夹中。然后写一个函数来包装你想要的功能，像这样：

function run_script_with_loop(pathname)

file_struct_list = dir([pathname filesep() '*.bdf']);  %% get list of .bdf files in the pathname specified

filename_list = {file_struct_list.name};  %% extract the filenames into a cellarray
for subject = filename_list  %% this iterates over the elements of the cell array, one-by-one, setting the `filename` variable like a loop variable
    [ALLEEG EEG CURRENTSET ALLCOM] = eeglab;  
    full_pathname = [pathname filesep() subject{1}];
    EEG = pop_biosig(full_pathname);  %% perform your processing
    ...
end

几点评论：

我正试图通过使用 filesep() 与平台无关所以这应该适用于 linux / mac/ windows。如果您正在运行编写代码在与数据文件相同的目录中，您当然可以简化这个
确保在取消引用 subject 时使用大括号 {}。如果您将标准 matlab 数组引用与 subject(1) 一起使用，那么您将获得一个包含文件名字符串的元胞数组，而不仅仅是普通文件名字符串
MATLAB中的dir()命令就像windows中的dir，或Linux中的ls，你可以使用通配符获取自定义文件列表，例如 dir('1-*.bdf') 仅获取主题 1 的数据文件列表

对于 EEGLAB 的不同数据集和条件的循环

For loop for different datasets and conditions for EEGLAB

matlab

for-loop

eeglab