R - 使用 Pheatmap 时的图例标题或单位
R - Legend title or units when using Pheatmap
我正在使用 pheatmap 创建值的热图，并想用矩阵中 z 值的单位来标记图例。在此示例中，我希望图例的顶部显示温度 [°C]。我已经阅读了 pheatmap 的 guidelines here，似乎对图例的唯一操作是添加要显示的默认数字列表以代替比例。我看不到任何添加图例标题的选项。
这是一个通用代码块，用于生成矩阵并使用 pheatmap 进行绘图。如果有任何关于如何为图例添加标题的建议，我将不胜感激。
test <- matrix(rexp(200, rate=.1), ncol=20)
colnames(test) = paste("Room", 1:20, sep = "")
rownames(test) = paste("Building", 1:10, sep = "")
pheatmap(test, legend = TRUE, cluster_rows = FALSE, cluster_cols = FALSE)
好的，因为还没有人回答这个问题，如果你绝对必须使用 pheatmap 功能，我会给你一个可能的选择。使用起来更容易
ggplot，但它是这样的：
首先我们要生成我们的图，这样我们就可以使用所有图 object 来创建我们自己的图，并带有经过编辑的图例。
#Edited to add in library names
library(gtable)
library(grid)
#Starting with data and generating initial plot
test <- matrix(rexp(200, rate=.1), ncol=20)
colnames(test) = paste("Room", 1:20, sep = "")
rownames(test) = paste("Building", 1:10, sep = "")
p<-pheatmap(test, legend = TRUE, cluster_rows = FALSE, cluster_cols = FALSE)
#Get grobs we want - will use these to create own plot later
plot.grob <- p$gtable$grob[[1]]
xlab.grob <- p$gtable$grob[[2]]
ylab.grob <- p$gtable$grob[[3]]
legend.grob <- p$gtable$grob[[4]]
现在一旦我们有了 objects，我们实际上想要将图例向下移动一点以为标题腾出空间。
#Shift both down by 1 inch
legend.grob$children[[1]]$y <- legend.grob$children[[1]]$y - unit(0.85,"inches")
legend.grob$children[[2]]$y <- legend.grob$children[[2]]$y - unit(0.85,"inches")
legend.grob$children[[1]]$x <- legend.grob$children[[1]]$x + unit(0.4,"inches")
legend.grob$children[[2]]$x <- legend.grob$children[[2]]$x + unit(0.4,"inches")
因为我们已经为图例腾出了空间，现在我们可以创建图例 textGrob 并将其添加到图例 grobTree（只是一组图形 objects 在我们想要的图例中）
#New legend label grob
leg_label <- textGrob("Temperature [°C]",x=0,y=0.9,hjust=0,vjust=0,gp=gpar(fontsize=10,fontface="bold"))
#Add label to legend grob
legend.grob2 <- addGrob(legend.grob,leg_label)
如果您想查看我们的图例会是什么样子，请尝试：
grid.draw(legend.grob2)
现在我们实际上需要构建我们的 gtable object。为此，我们将使用与 pheatmap 函数生成的图类似的布局（有一些修改）。另请注意，pheatmap 函数会生成一个 gtable object，可以通过以下方式访问：
p$gtable
为了在我们的 gtable object 中看到每个“扇区”的 widths/heights 我们需要做的是：
p$gtable$heights
p$gtable$widths
这些将作为我们的参考值。要获得更多图形显示，请尝试：
gtable_show_layout(p$gtable)
生成这张图片：
好的，现在我们有了我们想要的 grob，我们需要做的就是根据我们看到的由 pheatmap 构建的 gtable 来构建我们的 gtable。我写的一些示例代码是：
my_new_gt <- gtable(widths= unit.c(unit(0,"bigpts") + unit(5,"bigpts"),
unit(0,"bigpts"),
unit(1,"npc") - unit(1,"grobwidth",plot.grob) + unit(10,"bigpts") - max(unit(1.1,"grobwidth",plot.grob), (unit(12,"bigpts")+1.2*unit(1.1,"grobwidth",plot.grob))) + unit(5,"bigpts") - unit(3,"inches"),
unit(1,"grobwidth",ylab.grob) + unit(10,"bigpts"),
max(unit(1,"grobwidth",legend.grob2),unit(12,"bigpts")+1.2*unit(1.1,"grobwidth",legend.grob2)) + unit(1,"inches") ,
max(unit(0,"bigpts"),unit(0,"bigpts"))
),
height = unit.c(unit(0,"npc"),
unit(5,"bigpts"),
unit(0,"bigpts"),
unit(1,"npc") - unit(1,"grobheight",xlab.grob) + unit(15,"bigpts") - unit(0.2,"inches"),
unit(1,"grobheight",xlab.grob) + unit(15,"bigpts")
))
最后，我们可以将所有 object 添加到我们的新 gtable 中，以获得与 pheatmap 生成的具有添加的图例标题的非常相似的图。
#Adding each grob to the appropriate spot
gtable <- gtable_add_grob(my_new_gt,plot.grob,4,3)
gtable <- gtable_add_grob(gtable,xlab.grob,5,3)
gtable <- gtable_add_grob(gtable,ylab.grob,4,4)
gtable <- gtable_add_grob(gtable,legend.grob2,4,5)
grid.draw(gtable)
最终生成的输出为：
希望这对您有所帮助。您可以 fiddle 使用不同的大小来尝试使布局更加动态，但我认为这是一个很好的设置并且可以让您得到您想要的 - 带有图例的 pheatmap。
编辑 - ggplot 选项：
因为我推荐 ggplot 作为替代品，这里有一些代码可以实现它：
library(ggplot2)
library(reshape)
test <- as.data.frame(matrix(rexp(200, rate=.1), ncol=20))
colnames(test) = paste("Room", 1:20, sep = "")
test$building = paste("Building", 1:10, sep = "")
#Get the sorting right
test$sort <- 1:10
#Melting data so we can plot it with GGplot
test.m <- melt(test,id.vars = c("building","sort"))
#Resetting factors
test.m$building <- factor(test.m$building, levels=(test.m$building)[order(test.m$sort)])
#Creating the plot itself
plot <- ggplot(test.m,aes(variable,building)) + geom_tile(aes(fill=value),color = "white") +
#Creating legend
guides(fill=guide_colorbar("Temperature [°C]")) +
#Creating color range
scale_fill_gradientn(colors=c("skyblue","yellow","tomato"),guide="colorbar") +
#Rotating labels
theme(axis.text.x = element_text(angle = 270, hjust = 0,vjust=-0.05))
plot
产生这个情节的是：
如您所见，ggplot2 方法要快得多。您所要做的就是将数据转换为数据框，然后将其融化。完成后，您可以轻松更改图例标题。
MikeyMike 的回答令人难以置信；通过阅读，我也学到了很多东西。
但是，我需要一个愚蠢、丑陋的 10 秒解决方案：
test <- matrix(rexp(200, rate=.1), ncol=20)
colnames(test) = paste("Room", 1:20, sep = "")
rownames(test) = paste("Building", 1:10, sep = "")
pheatmap(test, legend_breaks = c(10, 20, 30, 40, max(test)),
main = "", legend_labels = c("10", "20", "30", "40", "title\n"),
legend = TRUE, cluster_rows = FALSE, cluster_cols = FALSE)
生成此热图的对象：
我正在使用 pheatmap 创建值的热图，并想用矩阵中 z 值的单位来标记图例。在此示例中，我希望图例的顶部显示温度 [°C]。我已经阅读了 pheatmap 的 guidelines here，似乎对图例的唯一操作是添加要显示的默认数字列表以代替比例。我看不到任何添加图例标题的选项。
这是一个通用代码块，用于生成矩阵并使用 pheatmap 进行绘图。如果有任何关于如何为图例添加标题的建议，我将不胜感激。
test <- matrix(rexp(200, rate=.1), ncol=20)
colnames(test) = paste("Room", 1:20, sep = "")
rownames(test) = paste("Building", 1:10, sep = "")
pheatmap(test, legend = TRUE, cluster_rows = FALSE, cluster_cols = FALSE)
好的，因为还没有人回答这个问题，如果你绝对必须使用 pheatmap 功能，我会给你一个可能的选择。使用起来更容易 ggplot，但它是这样的：
首先我们要生成我们的图，这样我们就可以使用所有图 object 来创建我们自己的图，并带有经过编辑的图例。
#Edited to add in library names
library(gtable)
library(grid)
#Starting with data and generating initial plot
test <- matrix(rexp(200, rate=.1), ncol=20)
colnames(test) = paste("Room", 1:20, sep = "")
rownames(test) = paste("Building", 1:10, sep = "")
p<-pheatmap(test, legend = TRUE, cluster_rows = FALSE, cluster_cols = FALSE)
#Get grobs we want - will use these to create own plot later
plot.grob <- p$gtable$grob[[1]]
xlab.grob <- p$gtable$grob[[2]]
ylab.grob <- p$gtable$grob[[3]]
legend.grob <- p$gtable$grob[[4]]
现在一旦我们有了 objects，我们实际上想要将图例向下移动一点以为标题腾出空间。
#Shift both down by 1 inch
legend.grob$children[[1]]$y <- legend.grob$children[[1]]$y - unit(0.85,"inches")
legend.grob$children[[2]]$y <- legend.grob$children[[2]]$y - unit(0.85,"inches")
legend.grob$children[[1]]$x <- legend.grob$children[[1]]$x + unit(0.4,"inches")
legend.grob$children[[2]]$x <- legend.grob$children[[2]]$x + unit(0.4,"inches")
因为我们已经为图例腾出了空间，现在我们可以创建图例 textGrob 并将其添加到图例 grobTree（只是一组图形 objects 在我们想要的图例中）
#New legend label grob
leg_label <- textGrob("Temperature [°C]",x=0,y=0.9,hjust=0,vjust=0,gp=gpar(fontsize=10,fontface="bold"))
#Add label to legend grob
legend.grob2 <- addGrob(legend.grob,leg_label)
如果您想查看我们的图例会是什么样子，请尝试：
grid.draw(legend.grob2)
现在我们实际上需要构建我们的 gtable object。为此，我们将使用与 pheatmap 函数生成的图类似的布局（有一些修改）。另请注意，pheatmap 函数会生成一个 gtable object，可以通过以下方式访问：
p$gtable
为了在我们的 gtable object 中看到每个“扇区”的 widths/heights 我们需要做的是：
p$gtable$heights
p$gtable$widths
这些将作为我们的参考值。要获得更多图形显示，请尝试：
gtable_show_layout(p$gtable)
生成这张图片：
好的，现在我们有了我们想要的 grob，我们需要做的就是根据我们看到的由 pheatmap 构建的 gtable 来构建我们的 gtable。我写的一些示例代码是：
my_new_gt <- gtable(widths= unit.c(unit(0,"bigpts") + unit(5,"bigpts"),
unit(0,"bigpts"),
unit(1,"npc") - unit(1,"grobwidth",plot.grob) + unit(10,"bigpts") - max(unit(1.1,"grobwidth",plot.grob), (unit(12,"bigpts")+1.2*unit(1.1,"grobwidth",plot.grob))) + unit(5,"bigpts") - unit(3,"inches"),
unit(1,"grobwidth",ylab.grob) + unit(10,"bigpts"),
max(unit(1,"grobwidth",legend.grob2),unit(12,"bigpts")+1.2*unit(1.1,"grobwidth",legend.grob2)) + unit(1,"inches") ,
max(unit(0,"bigpts"),unit(0,"bigpts"))
),
height = unit.c(unit(0,"npc"),
unit(5,"bigpts"),
unit(0,"bigpts"),
unit(1,"npc") - unit(1,"grobheight",xlab.grob) + unit(15,"bigpts") - unit(0.2,"inches"),
unit(1,"grobheight",xlab.grob) + unit(15,"bigpts")
))
最后，我们可以将所有 object 添加到我们的新 gtable 中，以获得与 pheatmap 生成的具有添加的图例标题的非常相似的图。
#Adding each grob to the appropriate spot
gtable <- gtable_add_grob(my_new_gt,plot.grob,4,3)
gtable <- gtable_add_grob(gtable,xlab.grob,5,3)
gtable <- gtable_add_grob(gtable,ylab.grob,4,4)
gtable <- gtable_add_grob(gtable,legend.grob2,4,5)
grid.draw(gtable)
最终生成的输出为：
希望这对您有所帮助。您可以 fiddle 使用不同的大小来尝试使布局更加动态，但我认为这是一个很好的设置并且可以让您得到您想要的 - 带有图例的 pheatmap。
编辑 - ggplot 选项：
因为我推荐 ggplot 作为替代品，这里有一些代码可以实现它：
library(ggplot2)
library(reshape)
test <- as.data.frame(matrix(rexp(200, rate=.1), ncol=20))
colnames(test) = paste("Room", 1:20, sep = "")
test$building = paste("Building", 1:10, sep = "")
#Get the sorting right
test$sort <- 1:10
#Melting data so we can plot it with GGplot
test.m <- melt(test,id.vars = c("building","sort"))
#Resetting factors
test.m$building <- factor(test.m$building, levels=(test.m$building)[order(test.m$sort)])
#Creating the plot itself
plot <- ggplot(test.m,aes(variable,building)) + geom_tile(aes(fill=value),color = "white") +
#Creating legend
guides(fill=guide_colorbar("Temperature [°C]")) +
#Creating color range
scale_fill_gradientn(colors=c("skyblue","yellow","tomato"),guide="colorbar") +
#Rotating labels
theme(axis.text.x = element_text(angle = 270, hjust = 0,vjust=-0.05))
plot
产生这个情节的是：
如您所见，ggplot2 方法要快得多。您所要做的就是将数据转换为数据框，然后将其融化。完成后，您可以轻松更改图例标题。
MikeyMike 的回答令人难以置信；通过阅读，我也学到了很多东西。
但是，我需要一个愚蠢、丑陋的 10 秒解决方案：
test <- matrix(rexp(200, rate=.1), ncol=20)
colnames(test) = paste("Room", 1:20, sep = "")
rownames(test) = paste("Building", 1:10, sep = "")
pheatmap(test, legend_breaks = c(10, 20, 30, 40, max(test)),
main = "", legend_labels = c("10", "20", "30", "40", "title\n"),
legend = TRUE, cluster_rows = FALSE, cluster_cols = FALSE)
生成此热图的对象：