jNeuroML 在生成的 NEURON.MOD/NMODL 中将 LEMS 命令放在哪里？

Question

LEMS 中的以下标签如何映射到 NEURON .MOD/NMODL 文件中：

<OnEvent>
   <StateAssignment .. />
</OnEvent>

<OnCondition ... >
   <StateAssignment ... >
</OnCondition>

<DerivedVariable .. />
<ConditionalDerivedVariable .. />
<TimeDerivative .. />

Answer 1

LEMS 标签映射到 NEURON MOD 如下：

• OnEvent -> NET_RECEIVE: OnEvent 内的 StateAssignment 被放入 NET_RECEIVE 神经元块。MOD。作业按照它们在 LEMS 文件中出现的顺序排列。
• OnCondition -> BREAKPOINT：来自每个 OnCondition 标签的所有 if 语句聚集在一起并放置在 BREAKPOINT 部分，并按照它们在 LEMS 文件中出现的顺序执行。
• DerivedVariable、ConditionalDerivedVariable、TimeDerivative -> DERIVATIVE：这些也聚集在一起并出现在 DERIVATIVE 部分。首先是所有 DerivedVariable 语句，然后是所有 ConditionalDerivedVariable 语句，最后是所有 TimeDerivative 语句。与其他人一样，它们都是按照它们出现的顺序放置的。

备注：

• 如果您需要 OnCondition 使用的 DerivedVariable，请创建一个 始终执行 OnCondition 语句 test="1 .eq. 1"，加上一个新的 StateVariable，并将它放在将使用它的任何其他 OnCondition 语句之前。
• 同样，如果您需要一个依赖于 ConditionalDerivedVariable 的 DerivedVariable，请创建一个始终执行的 ConditionalDerivedVariable 并将其放置在使用它的其他 ConditionalDerivedVariable 之前.

• 一旦转换为 NEURON MOD，语句将按以下顺序在每个时间步内分组和执行：

  1. OnEvent
  2. OnCondition的
  3. DerivedVariable的
  4. ConditionalDerivedVariable的
  5. TimeDerivative的

参见：