未加权图的Graphlets计算

Question

我在 r 中使用 igraph 库。它提供了 graphlets 函数来计算 r 中图形的 graphlets。但它只适用于未加权的图。如果我想计算以下未加权图的小图怎么办？

library(igraph)
g2 <- graph.formula(A:B - A:C, X:Z - X:Y - X:B, C:Z , C:X )
g2
plot(g2)

然后如何找到未加权的图 g2 的小图和小图计数。

Answer 1

这是一个基于 ?graphlets 的示例：

library(igraph)
set.seed(1); par(mfrow=c(2,2))
g2 <- graph.formula(A:B - A:C, X:Z - X:Y - X:B, C:Z , C:X )
E(g2)$weight <- 1
lo <- layout.auto(g2)
gl2 <- graphlets(g2)

plot(g2, layout=lo)
for (i in 1:length(gl2$cliques)) {
  V(g2)$color <- "white"
  V(g2)[gl2$cliques[[i]]]$color <- "red"
  plot(g2, layout=lo)
}

您可能需要查看 ?graphlets 中的示例以添加例如边权重。

未加权图的Graphlets计算

Graphlets calculation of unweighted graphs

r

graph

igraph